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单侧延长臂分子信标探针芯片在结核杆菌检测中的运用研究: 2007年; 目的分子信标探针在芯片表面的固定结合是限制其在芯片技术领域运用的难题。本研究拟寻找一种将分子信标探针固定在芯片表面的新方法,同时对其中重要影响因素进行优化探讨。方法本实验设计一种带单侧延长臂分子信标探针,固定在芯片表面进行杂交、扫描等后续实验。提高杂交效率部分优化包括:分子信标探针浓度;杂交温度、杂交时间;杂交液配方;4种分子对分子信标荧光信号比较。结果较理想区分阴阳性信号强度理想的探针浓度:Cy3-BDH分子信标探针浓度约10μmol/L,FAM-DABCLYE约15μmol/L。讨论单侧延长臂分子信标特异性高、敏感性高、技术难度低,对中、高密度芯片杂交可做到“点对点杂交”。; 陈庆海边志衡府伟灵匡红敖琳王易伟; 关键词：芯片结核杆菌

分子信标探针荧光芯片检测结核分支杆菌的实验研究被引量：8: 2007年; 目的研究运用分子信标探针荧光芯片检测结核杆菌的一种新方法并优化杂交条件。方法设计出针对结核杆菌检测的特异性分子信标探针并运用于荧光芯片,提高杂交效率部分优化包括分子信标探针浓度及纯度;杂交温度、杂交时间、杂交液配方;4种分子对分子信标荧光信号比较。结果Mg2+终浓度为5 mmol/L时,PCR扩增效率最高,分子信标荧光强度最强;单侧延长臂分子信标采用淬灭分子中间标记,能很好的结合在芯片上;3种杂交液的杂交结果比较:0.15%SDS效果好于0.2%SDS,10×SSC效果好于5×SSC;Cy3-BDH分子信标探针浓度约15μmol/L、FAM-DABCLYE探针浓度约9μmol/L时,杂交反应达到7 h可检测到较强信号;Cy3-BDH组成分子信标荧光-淬灭效率较Cy3-DABCLYE高。结论单侧延长臂分子信标探针设计较巧妙地把分子信标高特异性、高敏感性的优势自然运用到芯片技术上,结核杆菌分子信标荧光芯片检测具有良好的检出率、特异性与敏感性。; 匡红陈庆海府伟灵; 关键词：分子信标结核杆菌 PCR

荧光显微观测Rpsl基因突变DNA分子探针杂交研究被引量：1: 2009年; 目的选择结核杆菌耐链霉素(Sm)Rpsl基因包含88codon突变位点的序列设计分子信标,建立扩增体系及分子信标芯片检测方法。方法运用软件:Beacon designer设计Rpsl基因包含88codon突变位点的分子信标及及其单侧延长臂分子信标,建立其扩增体系及分子信标芯片检测方法,应用荧光显微镜观测荧光信号。结果通过荧光显微镜观测到标准株及耐SM株PCR产物与分子信标杂交后荧光信号区别明显;51株耐链霉素(SM)与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,P(0.05和P(0.01的耐SM组Rpsl基因88codon突变检出率为61%。结论分子信标技术是一种具有高灵敏核酸点突变检测技术。单侧延长臂分子信标对解决分子信标在芯片表面固定难题提供了一种有效方法,采用荧光显微镜观测荧光信号具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。; 陈庆海匡红府伟灵华兴边志衡向阳; 关键词：分子信标荧光显微镜

运用荧光分光光度仪观测结核杆菌耐链霉素耐药rpsL 43密码子发夹探针液相杂交信号: 2009年; 目的设计针对结核杆菌耐链霉素(SM)rpsL43密码子的发夹型DNA探针,尝试运用荧光分光光度仪直接观测液相中发夹探针与rpsL43密码子扩增产物杂交后荧光信号,从而检出该位点突变。方法运用软件Beacon designer设计针对rpsL43密码子的发夹探针,应用荧光分光光度仪检测rpsL43密码子扩增片段与探针杂交后荧光信号,并比较扩增产物测序结果。结果通过荧光分光光度仪观测到结核杆菌标准株及SM耐药rpsL43密码子扩增产物杂交荧光信号存在显著差异;20株SM耐药组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,SM耐药组rpsL43密码子突变检出率为70%,测序法突变检出率为65%,发夹探针杂交法假阳性株1例(504S)。结论应用荧光分光光度仪直接观测发夹探针液相杂交荧光信号具有简单、灵敏等优特点;rpsL43密码子点突变是重庆地区SM耐药的主要因素之一。; 陈庆海华兴张波张雪黄君富匡红府伟灵

超广谱β-内酰胺酶阳性革兰阴性杆菌在血培养中的分布及耐药性分析被引量：15: 2009年; 目的了解医院住院患者血培养中分离的超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)阳性革兰阴性杆菌的分布及耐药情况。方法2005年10月-2008年10月住院患者的血液细菌培养标本经BacT/Alert3D血液细菌培养仪培养,分离所得菌株用法国生物梅里埃公司API系统和德灵的Microscan进行鉴定和K-B法做药敏。结果在13766份标本中,1468份标本培养阳性,阳性率为10.6%;其中革兰阴性杆菌734株,占50.0%,革兰阳性球菌476株,占32.4%,真菌233株,占15.9%,其他25株,占1.7%;分离率居前3位的革兰阴性杆菌是大肠埃希菌149株(20.2%)、肺炎克雷伯菌119株(16.2%)和铜绿假单胞菌85株(11.6%);ESBLs阳性的大肠埃希菌80株和肺炎克雷伯菌36株分别占大肠埃希菌和肺炎克雷伯菌的53.7%和30.3%,其药敏结果耐药率较高。结论3年医院的血液感染病原菌以革兰阴性菌为主,其中ESBLs阳性革兰阴性杆菌的耐药率严重,对血培养中产ESBLs的革兰阴性杆菌感染及耐药性监测,是防治医院感染的重要手段。; 杨帆刘智勇韩林妍罗阳陆家栋府伟灵; 关键词：超广谱Β-内酰胺酶革兰阴性杆菌血培养耐药性

91例汶川地震受伤患者病原菌感染情况及药物敏感性分析被引量：3: 2009年; 目的探讨转送入医院的91例地震受伤患者病原菌感染及药物敏感情况,为指导地震受伤患者的后续抗感染治疗提供试验依据。方法地震受伤患者的伤口分泌物、痰液、尿液、血液、组织、粪便等标本分别接种相应培养基进行需氧、厌氧和真菌培养,分离菌株用VITEKGN或GP测试卡进行鉴定,真菌用API20C鉴定系统进行鉴定,用K-B法进行药物敏感性试验。结果转送入医院的155例地震受伤患者中91例发生感染,感染发生率58.7%,以>60岁老年人居多;感染部位以呼吸道感染(49.5%)、伤口感染(30.0%)和尿路感染(6.6%)为主;分离的91株病原菌中,革兰阴性菌56株(61.5%)、革兰阳性菌20株(22.0%)、真菌12株(13.2%);分离阳性率较高的病原菌依次为:大肠埃希菌(13.2%)、真菌(13.2%)、不动杆菌属(11.0%)、洋葱伯克霍尔德菌(11.0%)、肠球菌属(9.9%)和金黄色葡萄球菌(9.9%);药敏分析结果显示,革兰阴性菌除铜绿假单胞菌和洋葱伯克霍尔德菌外,对亚胺培南及含酶抑制剂的抗菌药物敏感,而对一、二代头孢菌素类大多耐药;革兰阳性菌对万古霉素、利奈唑胺、喹奴普汀/达福普汀等新型抗菌药物均敏感;真菌药敏情况比较理想,对大多数常用抗真菌药物敏感。结论病原菌培养和药物敏感性分析对指导地震受伤患者抗感染治疗具有重要作用。; 刘智勇王丽馨杨帆府伟灵刘星张波; 关键词：地震病原菌药物敏感试验

应用分子信标检测MTB耐异烟肼katG基因315codon点突变的实验研究: 2008年; 目的:选择结核杆菌耐异烟肼katG基因包含315codon点突变序列,设计分子信标探针,建立扩增体系及分子信标芯片检测方法。方法:运用软件Beacon designer设计katG基因包含315codon的分子信标,建立其扩增体系及分子信标芯片检测方法,应用荧光显微镜观测荧光信号。结果:标准株及耐异烟肼PCR产物与分子信标杂交后荧光信号区别明显;28株耐异烟肼组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,耐异烟肼组315codon突变检出率为44%。结论:分子信标技术是一种高灵敏的核酸点突变检测技术;采用荧光显微镜观测荧光信号,具有更强的荧光信号识别、放大功能及结果判断更准确等优点。; 陈庆海张波华兴匡红边志衡府伟灵; 关键词：分子信标荧光显微镜芯片

应用表面等离子体共振生物传感器快速检测厌氧菌的研究被引量：1: 2011年; 目的建立基于表面等离子体共振(SPR)生物传感器的核酸检测技术,为实时、在线检测微生物奠定技术基础。方法应用SPR生物传感器实时在线分析系统,在传感器表面固定探针分子,对溶液中的靶序列进行杂交检测,研究该检测方法的灵敏度、特异性及可重复性等。结果试验中建立的核酸检测方法能够实现对靶序列的实时检测,检测下限达4×102CFU/ml。结论该试验建立的核酸检测方法,具有灵敏度高、特异性强、可重复性好等优点,SPR传感器技术在核酸杂交检测工作中有着广阔的应用前景。; 王珏夏涵王丰王云霞罗阳黄庆张立群张波黄君富; 关键词：表面等离子体特异性检测限

结核分支杆菌扩增体系的建立、优化及评价被引量：1: 2009年; 目的建立并优化结核分支杆菌PCR反应扩增体系,并对所建立的体系进行评价。方法根据GenBank找到结核分支杆菌基因序列,在Primer Premier V5.0软件上设计结核分支杆菌特异性引物。并对反应体系中MgCl2、引物、dNTP浓度以及引物退火温度优化后建立结核分支杆菌PCR反应扩增体系。通过对TB标准株、TB临床分离株和临床阳性标本扩增产物的直接测序、灵敏性试验以及特异性试验对PCR反应体系进行综合评估。结果TBPCR反应体系阳性扩增结果为在琼脂糖凝胶电泳上出现245bp的条带。MgCl2、引物以及dNTP在TBPCR体系中优化后最佳终浓度分别为:4mmol/L、0.04μmol/L以及0.3mmol/L。TBPCR体系的退火温度优化后为55℃。TB标准株及TB临床分离株和临床阳性标本扩增产物的直接测序结果与GenBank中公布的序列完全一致。TBPCR反应体系对其它细菌无交叉反应。检测限度为10拷贝/μl的DNA。结论TBPCR反应体系能够快速对TB标准株、TB临床分离株及临床标本进行结核分支杆菌的鉴别。; 匡红孙薏张聪府伟灵陈庆海冯怀志李硕李玉红; 关键词：结核分支杆菌聚合酶链反应

结核分枝杆菌Emb330codon分子信标杂交及荧光显微观测被引量：1: 2009年; 目的设计结核分枝杆菌耐乙胺丁醇embB330codon位点分子信标,运用荧光显微镜观测分子DNA探针与embB330codon扩增产物杂交后的荧光信号,比较该位点突变株与标准株。方法运用软件Beacondesigner设计embB基因包含330codon的分子信标,应用荧光显微镜检测embB330codon扩增片段与探针杂交后荧光信号,比较扩增产物测序结果。结果通过荧光显微镜观测到结核标准株及embB330codon突变株PCR产物与探针杂交后荧光信号差异有统计学意义;33株耐乙胺丁醇组与10株H37RV标准株对照组荧光信号强度比较,耐乙胺丁醇组embB330codon突变检出率为3%,测序法突变检出率为3%。结论分子信标技术可以有效检测embB330codon单碱基靶点突变;应用荧光显微镜观测荧光杂交信号非常灵敏。; 陈庆海刘星黄君富罗阳匡红府伟灵; 关键词：分子信标荧光显微镜

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