吉林省自然科学基金(201115090)
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
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- 影响禽流感病毒(H3N2/H4N6)感染机制的生物信息学分析被引量：1
- 2013年
- 目的通过生物信息学分析禽流感病毒WDK/ST/27/03（H3N2）和Dk/ST/472/03（H4N6）HA、NA氨基酸序列,进一步探讨影响禽流感病毒感染血液肿瘤细胞株K-562和HL-60的机制。方法 RT-PCR扩增WDK/ST/27/03（H3N2）和Dk/ST/472/03（H4N6）HA、NA基因,经1%琼脂糖凝胶电泳鉴定,对纯化的PCR产物进行测序。在GenBank中选取登录的H3N2和H4N6序列,利用在线生物信息工具ClustalW2（http：//www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/）对这些序列和WDK/ST/27/03（H3N2）和Dk/ST/472/03（H4N6）HA、NA氨基酸序列进行比对分析。结果 RT-PCR扩增产物的大小与预期相符。生物信息学分析显示,WDK/ST/27/03（H3N2）HA的裂解位点是QNR＊GLFG,Dk/ST/472/03（H4N6）HA的裂解位点是KAAR＊GLFG,此位置的氨基酸无变化。HA的226位氨基酸为Gln（Q）,228位氨基酸为Gly（G）,具有禽流感病毒HA受体结合位点的特征,影响受体结合的位点98Y、136S、152W、183H、190E、194L、222W、225G、227S未见变异。NA活性位点及影响酶活的位点均无变异,但WDK/ST/27/03（H3N2）NA在接近N-末端的茎部61~79位缺失19个氨基酸,致使NA茎部变短,且丢失2个潜在的糖基化位点。结论 WDK/ST/27/03（H3N2）的NA茎部缺失突变可能是造成其吸附、繁殖和复制能力低于Dk/ST/472/03（H4N6）的一个因素。
- 张红梅赵丹吴玫牟旭鹏周伯平
- 关键词：流感病毒血细胞凝集素神经氨酸酶生物信息学
