浙江省教育厅科研计划项目(Y200906336)
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
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- 基于图形硬件加速的生物序列比对算法研究被引量：1
- 2011年
- 生物序列比对是生物信息学的基础,是当今功能基因组学研究中最常用、最重要的研究方法之一。本文对各类序列比对算法优缺点进行分析,对图形硬件的优势进行挖掘。在此基础上,将各类序列比对算法中准确性最高的动态规划算法予以实现,并将其映射到图形硬件上,以实现算法加速。通过实例进行性能评测,结果表明该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。
- 张林柴惠沃立科袁小凤黄燕芬
- 关键词：动态规划算法图形硬件
- MiRNAs差异表达和Wnt/Notch通路异常在婴儿心室间隔缺损生成中的作用
- 2017年
- 探索miRNAs在心室间隔缺损发生机制中的作用.利用表达谱芯片技术筛选患儿与正常婴儿全血样本中差异表达的miRNAs,生物信息学软件与数据库预测其靶基因及相关信号通路,通过q RT-PCR和Western Blot法检测关键信号通路中的关键靶基因的转录水平和蛋白表达水平.实验共得到22例差异表达miRNAs,10677个预测靶基因以及131条信号通路,进一步分析得到Notch与Wnt通路与心脏发育密切相关.参与Wnt与Notch通路的12个靶基因(Wnt5A、SFRP1、APC、PPP3CB、CAMK2B、NOTCH1、NOTCH4、JAG1、DLL1、DLL3、KAT2B、HEY2)的转录水平和蛋白表达水平均显著升高.实验表明,表达量异常下调的12个miRNAs(hsa-mi R-3936、hsa-mi R-6858-3p、hsa-mi R-372-5p、hsa-mi R-548j-3p、hsa-mi R-6864-5p、hsa-mi R-6838-3p、hsa-mi R-4530、hsa-mi R-4518、hsa-mi R-4506、hsa-mi R-6828-5p、hsa-mi R-769-3p、hsa-mi R-488-5p)通过上调其12个靶基因的表达,过度激活Wnt与Notch通路从而抑制心肌细胞的分化与发育,是导致VSD发生的重要机制.
- 蒋苑青张林
- 关键词：室间隔缺损WNT通路NOTCH通路
- 生物序列比对算法与图形硬件加速研究被引量：1
- 2011年
- 探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法。将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性最高的动态规划算法在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上,以实现算法加速;通过数据库比对搜索实例,进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测。结果表明,该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度。与目前最快的启发式算法相比,比对平均加速为18倍,最高加速可达28倍。
- 张林柴惠沃立科沃兴德
- 关键词：生物分子动态规划算法图形硬件
