中国科学院知识创新工程(KSCX2-EW-J-6)
- 作品数：8 被引量：23H指数：4
- 相关作者：庄文颖赵鹏罗晶刘杏忠曾昭清更多>>
- 相关机构：中国科学院中国科学院研究生院长江大学更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程国家自然科学基金国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生化学工程环境科学与工程更多>>
- 基于真菌全基因组的丛赤壳科DNA条形码研究
- 随着基因扩增技术和测序方法的成熟,在分类学上产生了一种崭新的物种分类手段——生物DNA条形码技术.DNA条形码是通过一个短的基因片段(500-600 bp),实现对物种的快速、准确、标准化鉴定；它必须具有适合的种内、种间...
- 曾昭清赵鹏罗晶庄文颖
- 关键词：同源序列
- 农杆菌介导的粘帚菌遗传转化被引量：4
- 2013年
- 【目的】建立分离自西藏林芝的能够产生一系列具有抗肿瘤活性的二酮哌嗪类化合物(epipolythiodioxopiperazine,ETP)的一株冬虫夏草定殖真菌——粘帚菌(Gliocladium sp.)6.102的遗传转化体系。【方法】利用农杆菌介导的方式建立了粘帚菌的遗传转化体系;用正交试验研究了影响转化效率的因素,包括共培养所用农杆菌与真菌孢子的比例、共培养的时间、pH值和乙酰丁香酮的浓度。【结果】成功建立了农杆菌介导的粘帚菌的遗传转化体系,得到了转化的最佳条件,其转化效率为50-100个转化子/106真菌孢子。通过农杆菌介导的方式分别将潮霉素B磷酸转移酶基因(hph)和绿色荧光蛋白基因(egfp)转入粘帚菌中,实现了表达并且可以稳定存在。【结论】首次建立了农杆菌介导的粘帚菌遗传转化体系,为研究ETP化合物的生物合成及其调控机制奠定了基础。
- 王艳玲胡鹏杰李二伟刘杏忠车永胜刘钢
- 关键词：绿色荧光蛋白
- COI基因作为丛赤壳科真菌DNA条形码的测试被引量：4
- 2012年
- 以丛赤壳科33种76个菌株为材料,探讨COI基因作为该科DNA条形码的可能性。结果表明,该DNA片段存在较多内含子,为了获取某些种的短片段,需设计许多引物,PCR扩增与测序成功率低,难以达到便捷、快速的物种鉴定的目的。因此,COI不宜作为丛赤壳科的DNA条形码。对已获得的少数片段进行分析表明,该基因对丛赤壳科部分种具有较强的物种鉴别力。
- 赵鹏罗晶庄文颖
- 从真菌全基因组中筛选丛赤壳科的DNA条形码被引量：6
- 2012年
- 将粗糙脉孢菌(Neurospora crassa)的注释基因分别与30种丝状子囊菌基因组比较,根据E值大小预测同源序列,从中选择Hsp90,AAC,CDC48和EF3作为候选基因,以丛赤壳科(Nectriaceae)13个属34个概念清晰的种为材料,对215个序列片段采用不同方法进行分析,筛选适合于该科的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,Hsp90和AAC基因虽然具有较高的PCR扩增与测序成功率,但种内、种间距离频率分布存在重叠,可能导致部分种的鉴定错误;CDC48基因可以恰当地区分种内与种间差异,但扩增与测序成功率相对较低;EF3基因不存在种内、种间遗传距离重叠,序列容易获得,适合作为该科真菌的DNA条形码.
- 曾昭清赵鹏罗晶庄文颖余知和
- 结核分枝杆菌中的泛素样蛋白-蛋白酶体系统研究进展被引量：2
- 2011年
- 结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis,Mtb）是引起结核病这一严重威胁全球人类健康的灾难性传染病的病原体。它具有很强的生存能力,可在巨噬细胞中以一种潜伏的状态长期存在;并且其细胞壁厚,抗菌药物难以透过,加之其生长缓慢,
- 刘翠华黄红娜王琪郑焙文朱宝利
- 关键词：结核分枝杆菌蛋白酶体系统TUBERCULOSIS泛素巨噬细胞抗菌药物
- 石果衣真菌(Endocarpon pusillum)比较转录组分析揭示其抗旱特性被引量：1
- 2015年
- 从沙漠地区地衣石果衣中分离得到的地衣型真菌(Endocarpon pusillum)具有极强的抗旱能力.为了研究石果衣真菌的抗旱机制,本研究利用转录组测序和荧光定量的方法分别对纯培养和共生状态的真菌进行分析和比较.比较转录组分析是针对纯培养的石果衣真菌,比较其在正常培养和胁迫培养条件下的2个样品,得到1781个差异表达基因.以抗旱植物和非地衣型真菌的抗旱机制作为参照,一些普遍存在机制中所涉及的基因在石果衣真菌中也是差异表达的.然而不同的是,石果衣真菌的抗旱机制中不涉及有关渗透压调节基因的差异表达,这一特点为揭示石果衣真菌为干旱适应物种提供了证据.此外,石果衣真菌不同于其他生物,还有一系列差异基因被归类于其特有的干旱适应机制.为了确定共生与纯培养状态下的石果衣真菌的抗旱机制是否一致,本研究挑选了23个候选基因,利用荧光定量的方法在脱水地衣体中进行验证.本研究为下一步地衣型真菌的研究提供有价值的数据支持,同时也会有助于抗旱基因的功能研究.
- 王延延张新宇周启明张晓灵魏江春
- 关键词：地衣共生菌脱水
- 西南印度洋深海热液羽流海水细菌的多样性
- 2012年
- 【目的】分析西南印度洋深海热液羽流细菌的多样性特点,为认识该特殊环境微生物对大洋生态系统的影响,以及获得特殊的微生物资源奠定基础。【方法】将西南印度洋深海热液羽流海水进行原位浓缩,对获得的1000倍浓缩海水样品进行富集培养和微生物纯培养;通过构建原始海水浓缩样品和富集培养物的16S rRNA基因克隆文库,结合纯培养获得的微生物菌株的16S rRNA基因,分析该样品的细菌多样性结构和特点。【结果】共获得104个16S rRNA基因,其中50个来自原始热液羽流浓缩海水样品,40个来自富集培养物,14个来自分离获得的纯培养,它们分属于γ-变形菌群(γ-Proteobacteria)(74个),α-变形菌群(α-Proteobacteria)(14个),β-变形菌群(β-Proteobacteria)(5个),拟杆菌群(Bacteroidetes)(4个),厚壁菌群(Firmicutes)(2个),浮霉状菌(Planctomycetes)(2个),疣微菌(Verrucomicrobia)(2个)以及放线菌(Actinobacteria)(1个),共29个不同的操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs)。26个序列与已知微生物16S rRNA基因相似性低于97%,最低的只有86%。【结论】西南印度洋热液羽流存在较丰富的微生物多样性,以γ-Proteobacteria为优势类群,其次为α-Proteobacteria;该环境中存在较多尚未获得分离培养的微生物新属种。
- 任菲郗丽君宋磊朱雅新董志扬黄英黄力戴欣
- 关键词：西南印度洋16SRRNA基因细菌多样性
- 新丛赤壳属真菌DNA条形码研究被引量：5
- 2011年
- 以新丛赤壳属19个种为材料,选择ITSrDNA,β-tubulin,EF-1α和RPB2作为候选基因,对获得的205个序列片段采用不同方法进行分析,筛选该属的DNA条形码.将种内与种间序列差异以及序列获得的难易程度作为评价指标.结果表明,任何一个单独的基因都不宜作为其DNA条形码,EF-1α与RPB2基因组合可以准确识别种内与种间差异,建议作为该类真菌的DNA条形码.研究过程中,将形态学与序列分析相结合,发现顶环新丛赤壳和小孢新从赤壳两个隐存种.
- 赵鹏罗晶庄文颖刘杏忠吴冰
- 关键词：形态学
- 转氨酶催化不对称合成芳香族L-氨基酸被引量：2
- 2012年
- 芳香族L-氨基酸是合成许多药物、农药、精细化学品和食品添加剂的重要手性砌块(Chiral buildingblocks)。利用酶催化具有高活性和高立体选择性的特点合成手性砌块是目前不对称合成领域重要的研究方向。通过对不同来源转氨酶的进化分析,选择分别源自原核生物大肠杆菌Escherichia coli和真核生物酿酒酵母Saccharomyces cerevisia中的两种具有代表性Ⅰ型芳香族转氨酶TyrB和Aro8,比较研究了两种转氨酶通过平衡逆转不对称氨化催化合成芳香族L-氨基酸的反应过程和催化效率。重组转氨酶TyrB和Aro8都能有效地合成天然芳香族氨基酸苯丙氨酸和酪氨酸以及非天然氨基酸苯甘氨酸。手性HPLC分析表明,合成的氨基酸都是L-构型的,e.e值等于100%。L-丙氨酸是适宜的氨基供体,转氨酶TyrB和Aro8都不能利用D-型氨基酸作为氨基供体。反应体系中氨基供体L-丙氨酸和氨基受体芳香族α-酮酸的最适摩尔比为4∶1。底物芳香族α-酮酸分子结构中芳香环上的取代基以及脂肪酸碳链部分的长度都对酶催化的转氨效率有显著的影响。在制备规模试验中,TyrB催化不对称转氨反应合成L-苯甘氨酸、L-苯丙氨酸和L-酪氨酸的比生产速率为0.28 g/(g.h)、0.31 g/(g.h)和0.60 g/(g.h),Aro8催化上述反应的比生产速率分别为0.61 g/(g.h)、0.48 g/(g.h)和0.59 g/(g.h)。研究结果对利用转氨酶通过平衡逆转不对称催化合成芳香族L-氨基酸的工业化应用具有指导意义。
- 夏温娜孙雨闵聪韩威吴胜
- 关键词：转氨酶手性
