国家自然科学基金(30170821)
- 作品数：4 被引量：16H指数：2
- 相关作者：芮勇宇高守一高守一阚飙许锐恒更多>>
- 相关机构：南方医科大学南方医院中国疾病预防控制中心中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 霍乱弧菌JS9803株CTX^(EI Tor)φ和nct-CTX^(newO139)φ基因组克隆、测序及序列分析被引量：3
- 2006年
- 目的霍乱弧菌JS9803株CTXEITorφ和nct-CTXnewO139φ基因组克隆、测序及序列分析。方法基因亚克隆、测序及序列生物信息学分析。结果霍乱弧菌9803株CTXEITorφ基因组与EITor类型的高度同源,RS区为双拷贝,核心区为单拷贝,RS侧和核心区侧染色体部分序列分别为TLC和RTX基因簇。nct-CTXnewO139φ基因组与已报道的其它类型比较,rstR基因及推测的氨基酸序列同源性分别为27.6%～50.5%和14.1%～48.4%,间隔区ig-2基因同源性25.2%～29.6%,表明rstR-ig2为新类型,该基因组附近染色体部分序列也为新发现的基因。结论在霍乱弧菌中发现新类型rstR-ig2的nct-CTXnewO139φ基因组,并和CTXEITorφ基因组共存。
- 芮勇宇阚飙高守一刘延清祁国明
- 关键词：霍乱弧菌
- 霍乱弧菌主要毒力和管家基因序列分析被引量：11
- 2006年
- 目的分析广东霍乱弧菌（VC）代表菌株主要毒力基因和管家基因序列。方法PCR扩增霍乱弧菌的主要毒力基因（ctxAB和tcpA）和管家基因（dnaE、hlyA、mdh和recA）、基因测序、对序列进行生物信息学分析。结果不同年代分离的2株埃尔托型（EVC）产毒株和1株0139群VC产毒株的主要毒力基因序列与国内外相关报告比较，ctxA基因及推测的氨基酸序列的同源性分别为99．7％～100％和98．8％～100％．ctxB基因及推测的氨基酸序列的同源性分别为98．8％～100％和96．8％～100％，tcpA基因序列与EVC国际标准株N16961 100％同源。3株产毒株的dnaE、hlyA、mdh和recA基因序列同源性分别为99．8％～100％，100％，99．5％～99．8％和100％，氨基酸序列同源性分别为100％．100％，98．5％～99．3％和100％；3株产毒株和O139群VC非产毒株的管家基因序列同源性分别为97．0％～97．2％，91．8％，94．1％～94．4％，96．9％，氨基酸序列同源性分别为100％，94．6％，94．3％～98．5％和99．7％。结论广东省不同年代EVC产毒株和O139群VC产毒株的群体遗传学关系高度密切，而与O139群VC非产毒株较远，O139群VC产毒株可能起源于EVC产毒株。
- 芮勇宇许锐恒阚飙高守一俞守义
- 关键词：霍乱弧菌管家基因
- 霍乱弧菌新类型溶源性噬菌体基因组结构研究被引量：2
- 2007年
- 目的研究霍乱弧菌埃尔托型（EVC）新类型溶源性噬菌体（CTXφ）和核心区不含ctxAB基因的溶源性噬菌体（nct-CTXφ）基因组的结构。方法采用基因扩增、测序及序列生物信息学等方法进行观察与分析。结果在我国EVC中,存在仅携带古典型（class）nct-CTXφ、CTXφ或埃尔托型（ET）CTXφ基因组类型,并发现nct-CTXclassφ和CTXETφ共存、nct-CTXnewETφ和CTXclassφ共存的新类型。CTXφ和nct-CTXφ基因组zot基因3′末端,60bp序列中40%位点不同,推测的氨基酸序列中60%位点不同。class、ET和newET类型ig 1、rstR和ig 2基因序列同源性分别为77.0%~97.4%,10.4%~17.9%,9.6%~64.8%,RstR同源性9.2%~24.1%。CTXφ基因组均位于染色体TLC基因簇附近。上述不同类型EVC的tcpA、TcpA、ctxA、ctxB、CtxA和CtxB与GenBank中EVC和O139群产毒株的同源性分别〉99%,99%,99%,98%,98%和96%。结论首次在EVC中发现nct-CTXclassφ和CTXETφ、nct-CTX^newET φ和CTX^classφ共存的新类型。
- 芮勇宇阚飙高守一刘延清祁国明
- 关键词：霍乱弧菌噬菌体
- 霍乱弧菌抑制子基因及间隔区(rstR-ig2)多态性研究被引量：1
- 2007年
- 目的研究霍乱弧菌CTXφ基因组抑制子基因及间隔区(rstR-ig2)多态性。方法聚合酶链反应(PCR)及限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)、型特异性引物PCR分型。结果霍乱弧菌(VC)O1群古典型(CVC)5株均为class类型。VCO1群埃尔托型(EVC)155株共分为4个类型:class、ET、class+ET、class+newET,后2个类型为首次发现。不同地区分离的EVC均以ET类型为主,以class和class+ET类型为辅。O139群VC82株共分为4个类型:ET、ET+newO139、ET+calc、ET+calc+newO139,后3个类型为首次发现;福建省分离的菌株以ET+newO139类型为主,其它地区分离的均以ET类型为主。结论EVC和O139群VC的rstR-ig2基因均以ET类型为主,首次发现5种不同类型rstR-ig2基因共存的新类型。
- 芮勇宇阚飙高守一王前裘宇容
- 关键词：霍乱弧菌抑制基因限制性片段长度多态性
