宁波市自然科学基金(2013A610240)
- 作品数：6 被引量：18H指数：3
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- 相关机构：大榭出入境检验检疫局宁波出入境检验检疫局更多>>
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- 鼠类携带淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立被引量：3
- 2014年
- 目的建立检测鼠类携带淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒(lymphocytic choriomeningitis virus,LCMV)的实时荧光定量RT-PCR方法。方法根据LCMV核蛋白编码基因序列设计合成特异性引物对和TaqMan荧光探针,经优化反应体系和条件,建立LCMV实时荧光定量RT-PCR检测方法,然后进行灵敏度、特异性和重复性试验,并对79份宁波口岸捕获的鼠样品进行检测。结果建立实时荧光定量RT-PCR方法对鼠肺总RNA检测的灵敏度为20pg,是常规PCR方法的100倍;试验的重复性良好,CV值为0.85%;试验的特异性为100%。用该方法检测79份鼠样品有3份LCMV阳性,与常规RT-PCR结果一致。结论成功建立了鼠LCMV实时荧光定量RT-PCR检测方法,对于监测和防控鼠传LCM有重要意义。
- 胡群邹春颖马思杰童淑梅
- 关键词：实时荧光定量RT-PCR鼠类
- 宁波野生鼠类携带的沙粒病毒检测和种系进化分析
- 2015年
- 目的对宁波地区野生鼠类携带的沙粒病毒进行检测并分析病毒基因序列特征。方法设计沙粒病毒L、S基因的简并引物,采用RT-PCR方法对宁波口岸捕获的鼠类样品进行沙粒病毒检测,分离病毒,对PCR产物进行测序及系统发生分析。结果共检测73份鼠类样品,其中12份褐家鼠经检测为阳性,分离获得沙粒病毒株DX1401,该病毒株S片段扩增片段大小为413bp,L片段扩增大小1 204bp。S片段的系统发生分析显示DX1401与Mobala病毒株ACAR3080位于同一分支,与Mobala病毒株ACAR3080遗传距离最为接近,值为0.467;L片段的系统发生分析显示DX1401与Lassa病毒株Josiah、NL、Z148、Bamba-R114、Soromba-R、Nig08-A37、Nig08-A47,Mobala病毒株ACAR3080,Morogoro病毒株13017/2004,Mopeia病毒株Mozambique、AN 21366-BNI位于同一组,与Mobala病毒株ACAR 3080遗传距离最为接近,值为6.953。结论本研究证实了宁波地区野生鼠类中存在沙粒病毒流行。
- 胡群马思杰邹春颖童淑梅梅勇
- 关键词：鼠类系统发生分析
- 沙粒病毒属四步法一致-简并杂合寡核苷酸引物实时荧光PCR检测体系的建立被引量：1
- 2016年
- 目的建立沙粒病毒属四步法一致-简并杂合寡核苷酸引物（CODEHOP）实时荧光PCR（Real-time PCR）检测体系。方法设计1对沙粒病毒属的一致-简并引物,分析Real-time PCR的扩增曲线和熔解曲线,根据引物二聚体（PDs）和扩增产物的熔解温度（Tm）值,在通用的三步法延伸步骤之后,增加5 s的恒温荧光检测步骤,在PDs和特异性扩增产物的熔解温度之间进行荧光检测温度的优化,建立四步法CODEHOP Real-time PCR方法,评价其灵敏度、特异性和重复性。结果 PDs的Tm值为75.32-76.86℃,特异性扩增产物的Tm值为86.84℃,增加一步温度为84℃,荧光检测步骤可有效去除PDs对检测结果的影响,该方法特异性为100%,病毒RNA检测灵敏度为59.6 pg,重复性良好,变异系数〈5%,12份鼠肺盲样的检测结果符合预期。结论建立的沙粒病毒四步法CODEHOP Real-time PCR检测方法敏感、特异,可用于鼠类沙粒病毒感染检测。
- 胡群邹春颖马思杰
- 关键词：实时荧光PCR
- 鼠类感染淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒的RTPCR检测与N基因序列分析被引量：4
- 2013年
- 目的了解宁波市梅山口岸鼠类中淋巴细胞脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）流行情况和基因序列特征。方法以LCMVN基因设计2对引物，采用RT—PCR方法对2012年宁波市梅山口岸捕获的鼠类样品进行LCMV检测，并对阳性样品的PCR产物进行测序及同源性和系统进化树分析。结果共检测53份鼠类样品，其中2份小家鼠样品为LCMV核酸阳性，分离的2株LCMV与国外LCMV分离株的同源性在75％~87％之间，与WHI株同源性最高（87％）并在系统发生树上属于同一组。结论证实当地鼠类中存在LCMV流行，新检测到的2株病毒与国外LCMV分离株存在一定差异。
- 胡群裘炯良马思杰马研李骏
- 关键词：啮齿动物反转录-聚合酶链反应
- 鼠类感染沙粒病毒CODEHOP RT-PCR检测方法的建立被引量：4
- 2013年
- 目的建立鼠类感染沙粒病毒的CODEHOPRT—PCR检测方法。方法依据沙粒病毒N蛋白氨基酸序列设计1对CODEHOP引物，建立沙粒病毒一步RT—PCR检测方法，分析该引物在对不同种沙粒病毒基因序列上的结合位点及所能获得的产物序列大小；通过检测分离自鼠类的沙粒病毒属淋巴细胞脑膜炎病毒（LCMV）株MS111013，评价方法的特异性和灵敏度；对MS111013扩增产物进行Blast同源性比对。结果从GenBank获得的22种沙粒病毒均存在CODEHOP引物结合位点，扩增产物大小在406～429bp之间。建立的CODEHOPRT—PCR方法可特异性扩增LCMV病毒核酸，目的片段大小与预期结果相符，核酸的最小检出量为11．8Pg。经Blast比对，MS111013与LCMV病毒株Douglas strain（4707）同源性较高，为86％。结论建立的沙粒病毒CODEHOPRT—PCR检测方法敏感、特异，可用于鼠类沙粒病毒感染检测。
- 胡群马思杰裘炯良邹春颖童淑梅
- 关键词：CODEHOP
- 4种DNA条形码在黄毛鼠种类鉴定中的比较被引量：7
- 2015年
- 目的比较COⅠ、Cytb、16S rRNA、D-loop四个DNA条形码对黄毛鼠鼠种的鉴定效果。方法将大榭港区捕获的1只黄毛鼠样本HX41,提取基因组DNA,使用特异性引物对线粒体COⅠ、Cytb、16S rRNA、D-loop基因进行扩增并对扩增产物进行测序。将测序结果与GenBank中的相似鼠种DNA构建分子进化树进行同源性分析。结果以COⅠ、Cytb、D-loop基因所构建分子进化树中,黄毛鼠均能独立形成分支,且HX41均处于黄毛鼠分支上。HX41的COⅠ基因序列与黄毛鼠HN158株遗传距离最为接近,值为0.0034;Cytb基因序列与黄胸鼠HN99株遗传距离最为接近,值为0.0355,但HN99鼠种数据存在错误;D-loop基因序列与黄毛鼠HN105株遗传距离最为接近,值为0.0439。由于现有GenBank中缺少黄毛鼠16SrRNA基因序列,无法构建进化树。结论对鼠种进行分子鉴定时,有必要根据GenBank数据库的完整性和准确性选择合适的DNA条形码。
- 胡群马思杰裘炯良
- 关键词：黄毛鼠DNA条形码
