国家自然科学基金(61202127)
- 作品数：4 被引量：8H指数：2
- 相关作者：夏飞朱强华金国庆聂晶王文涛更多>>
- 相关机构：中国人民解放军海军工程大学国防科学技术大学中国人民解放军91033部队更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术电子电信更多>>
- 基于CPU-GPU混合计算平台的RNA二级结构预测算法并行化研究被引量：5
- 2013年
- RNA二级结构预测是生物信息学领域重要的研究方向,基于最小自由能模型的Zuker算法是目前该领域最典型使用最广泛的算法之一。本文基于CPU+GPU的混合计算平台实现了对Zuker算法的并行和加速。根据CPU和GPU计算性能的差异,通过合理的任务分配策略,实现二者之间的并行协作计算和处理单元间的负载平衡;针对CPU和GPU的不同硬件特性,对Zuker算法在CPU和GPU上的实现分别采取了不同的并行优化方法,提高了混合加速系统的计算性能。实验结果表明,CPU处理单元在混合系统中承担了14%以上的计算任务,与传统的多核CPU并行方案相比,采用混合并行加速方法可获得15.93的全局加速比;与最优的单纯GPU加速方案相比,可获得16%的性能提升,并且该混合计算方案可用于对其它生物信息学序列分析应用的并行和加速。
- 夏飞朱强华金国庆
- 关键词：生物信息学RNA二级结构预测
- 现场可编程门阵列参数化多标准高吞吐率基4Viterbi译码器被引量：2
- 2016年
- 为了同时达到高性能和灵活性的目标,提出一种基于现场可编程门阵列的参数化多标准自适应基4 Viterbi译码器。译码器采用3~9可变约束长度,1/2、1/3可变码率,支持任意截断长度的纠错译码,并采用码字无符号量化、加比选单元设计优化和归一化判断逻辑分离策略优化关键路径设计,提高译码器工作频率。实验结果表明,该译码器能根据用户设定的参数改变结构,在多种通信标准之间实现动态切换;性能达到了541 Mbps,明显优于相关工作;对GPRS,Wi MAX,LTE,CDMA,3G等通信标准都取得了良好的误码性能,可满足多种通信标准的译码需求。
- 夏飞聂晶李荣春王文涛
- 关键词：现场可编程门阵列VITERBI译码器参数化
- 基于频繁传播模式的影响群落发现方法被引量：1
- 2013年
- 针对传统研究大多基于影响个体挖掘而忽略了影响群落的发现,本文考虑用户之间的频繁传播模式,提出了一种基于频繁传播模式的影响群落挖掘方法。针对群落内部传播模式的多样化,给出了一种信息传播树扩展方法,通过松弛信息传播树有向特性与图扩展方法,将信息传播树转换为连通无向无环图。结合支持度与影响强度,提出了一种新的频繁子图挖掘算法Tribe-FGM,减小模式增长的规模,提高频繁子图挖掘效率。实验采用新浪微博真实数据,在约90万条博文以及对应约64万左右用户的'地震'话题与约31万条博文以及对应约21万左右用户的'两会'话题的数据集上验证了算法的性能和有效性。
- 刘丽娜沈继红朱强华丁兆云
- 关键词：计算机应用社会网络
- 具有同时多种子检测与并行扩展能力的BLAST算法加速器研究
- 2015年
- 本文针对目前流行的BLAST算法存在的种子检测效率不高的问题,提出了一种不同于常规查询策略的并行多种子检测算法,并基于脉动阵列结构设计和实现了一种具备同时多种子检测与并行扩展能力的算法加速器,实现了对NCBI BLAST程序前两个阶段的加速。加速器阵列采用流水工作模式,能够动态计算所有单词的匹配点位置,避免了索引结构的存储开销;采用了阵列分组和并行种子收集策略减少了有效种子数量;采用组内种子合并策略避免了冗余扩展操作;采用多种子并行扩展策略实现了无阻塞的数据库搜索,显著提高了数据库搜索效率。实验结果表明,本设计在阵列规模和时钟频率上都优于相关研究工作,相对于目前主流的通用微处理器可获得20倍以上的加速效果。
- 夏飞金国庆张春雷
- 关键词：硬件加速FPGA
