为探讨不同品种金鱼的系统进化关系，利用PCR技术扩增了金鱼的7个代表品种红龙睛（Red dragon goldfish）、红帽子（Red cap goldfish）、虎头（Tiger head goldfish）、琉金（Gold plating goldfish）、墨龙睛（Black dragon goldfish）、水泡眼（Water vesicle goldfish）、珍珠（Genuine pearl goldfish）的线粒体DNA上细胞色素b的部分核苷酸序列，长度为597bp。结合GenBank中红鲫、野鲫、日本白鲫、银鲫、鲤鱼的序列进行比较分析，结果显示，这7个金鱼品种之间的同源性都很高，在99．5％-100％之间；7种金鱼和红鲫的同源性也很高，为99．5％～99．8％，与野鲫的同源性在96．8％～97．2％，与日本白鲫、银鲫的同源性为93．1％～94．3％，与鲤鱼的同源性相对较低，为88．3％-88．6％。利用DNAstar软件构建了不同品种金鱼和鲫鱼的分子系统树，从分子水平进一步证实了金鱼起源于野鲫。
