浙江省自然科学基金(Y2110204)
- 作品数：4 被引量：4H指数：1
- 相关作者：李劲松周铁丽包其郁陆红云齐云玲更多>>
- 相关机构：温州医学院桐乡市第二人民医院温州医学院附属第一医院更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金温州市科技计划项目浙江省大学生科技创新活动计划(新苗人才计划)项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 高通量混合基因测序预测志贺菌属新型耐药基因研究
- 2014年
- 目的通过高通量测序结合生物信息学分析,预测110株志贺菌属中与耐药基因库序列相似度差异较大的潜在新型耐药基因。方法 110株志贺菌属来源于2006年6月-2011年6月温州地区不同医院腹泻患者粪便标本,采用碱裂解法提取志贺菌属的混合基因DNA,Illumina HiSeq 2000高通量测序;通过基于同源比对核心算法的基因分析,挖掘与已知耐药基因遗传变异较大、相似性较低的潜在新型耐药基因。结果 110株志贺菌属中福氏志贺菌30株、宋氏志贺菌80株,福氏、宋氏志贺菌高通量测序总碱基数分别为4.9和3.5Gb;志贺菌属高通量测序数据信息挖掘,分别获得潜在的耐药片段宋氏志贺菌255个和福氏志贺菌272个,分布于712条Unigene中;GO和COG蛋白功能数据库注释,发现其分子功能绝大多数与转运(21.3%)、催化(25.2%)、结合(25.2%)和转录调控(9.3%),福氏志贺菌denovo组装后预测发现外排泵基因mdt操纵子。结论研究提出的基于同源比对的核心算法,可以有效地预测与参考耐药基因序列相似性较低的基因,为新型耐药基因的发现提供了思路。
- 靳春雷宋智健周铁丽包其郁李劲松
- 关键词：志贺菌属测序
- 大肠杆菌质粒解离后致死基因分布及多态性分析
- 2011年
- 目的通过对来自小同年份大肠杆菌质粒DNA序列进行商通量测序，从质粒基因组水平分析大肠杆菌质粒DNA所携带的解离后致死基因的种类、数量以及多态性。方法收集4年临床分离非重复的320株大肠杆菌。菌株分为两个部分，碱裂解法提取全部质粒DNA，Solexa测序获得大规模的短序列。采用比较基因组学方法分析两个样本所含的解离后致死基因类型及丰度的差异，研究解离后致死基因存在的核苷酸多态位点。结果测序法获得两批数据，E1短序列总数为11077768，叮以定位到参照序列上为5019（0．045％）。E2短序列总数为9377792，可以定位到参照序列上是4952（0．053％）。两个样本中共有9个解离后致死基因型，其中hok基阕丰度最高。5个基因型共发现29个单核苷酸多态性（SNPs）位点，约33％为非同义突变。同一个位点的A、G二核苷酸多态现象常见。结论已知的大肠杆菌解离后致死基因的9个基因型，在温州地区分离的大肠杆菌质粒上均有发现，其中hok基因出现频率最高，共5个基因型存在多态性。
- 高国辉齐云玲孙倩宋智健宋玉龙李劲松王慧利包其郁丁力
- 关键词：大肠杆菌质粒单核苷酸多态性
- 大肠埃希菌质粒氨基糖苷类耐药基因分布及多态性研究
- 2011年
- 目的 通过大规模测序研究临床分离的大肠埃希菌的质粒基因组所携带的氨基糖苷类耐药基因分布及其多态性.方法 收集4年临床分离非重复的320株大肠埃希菌.菌株分为两个部分,碱裂解法提取全部质粒,Solexa测序获得大规模的短序列.采用比较基因组学和分子进化方法分析两个样本所含的氨基糖苷类耐药基因类型及丰度的差异,研究氨基糖苷类耐药基因存在的核苷酸多态位点.结果 测序法获得两批数据,E1短序列总数为11 077 768,可以定位到参照序列上为71 528（0.646%）.E2短序列总数为9 377 792,可以定位到参照序列上是49 944（0.532%）.两个样本中共有9个氨基糖苷类耐药基因型,strB基因最多,其次是strA、aacC2.两个样本中9个氨基糖苷类耐药基因共发现67个单核苷酸多态性（SNPs）位点,约50%为非同义突变.同一个位点的A、G二核苷酸多态现象常见.结论 此次样本中大肠埃希菌质粒上分布多种氨基糖苷类耐药基因.存在着大量的SNPs.
- 陆红云王善振齐云玲李佩珍应俊周铁丽王慧丽包其郁李劲松
- 关键词：大肠埃希菌质粒氨基糖苷类抗生素单核苷酸多态性
- 大肠埃希菌CTX-M-9组超广谱β-内酰胺酶耐药基因研究被引量：4
- 2011年
- 目的了解CTX-M-9组超广谱β-内酰胺酶(ESBLs),在温州地区分离的产ESBLs大肠埃希菌中的分布,分析CTX-M-9组基因的种类、数量以及多态性。方法收集2005-2006年临床分离非重复的145株ESBLs大肠埃希菌,纸片扩散法检测ESBLs,聚合酶链反应(PCR)检测CTX-M-9组ESBLs基因,对PCR产物进行测序以确定基因型,核酸序列比对分析SNPs位点。结果 145株ESBLs大肠埃希菌中,114株携带CTX-M-9组基因,阳性率78.6%;其中2005年73株中CTX-M-9组基因阳性60株占82.2%,2006年72株中阳性54株占75.0%,各阳性菌株的ESBLs基因均与CTX-M-9组中的CTX-M-14型相似,25株菌的CTX-M-14基因5个位点发生点突变,造成80、158、242、275位氨基酸改变。结论温州地区大肠埃希菌CTX-M-9组ESBLs耐药基因传播情况严重,检测到的均与CTX-M-14型相似,部分样本有点突变,并引起相应的氨基酸的改变。
- 陆红云兰晓霞彭丽张谦卢丹赵支松张洪勤周铁丽李劲松
- 关键词：大肠埃希菌耐药基因产超广谱Β-内酰胺酶
