国家自然科学基金(81001608)
- 作品数：8 被引量：120H指数：6
- 相关作者：韩建萍宋经元姚辉李美妮陈晓辰更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院西北农林科技大学北京协和医学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省农业良种工程项目山东省科技发展计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基于ITS2序列鉴定金樱子及其伪品被引量：3
- 2013年
- 目的：本文选用金樱子作为研究对象验证DNA条形码鉴定中药材的稳定性及准确性。方法：通过改良的CTAB法提取10份样品的基因组DNA,扩增得到ITS2片段。将得到的片段进行双向测序,运用软件CodonCode Aligner进行拼接,其它6份样品来源于GenBank。将金樱子与混伪品ITS2序列应用MEGA 5.0软件进行序列比对,计算种内、种间距离,构建邻接树（neighbor-joining tree,NJTree）。结果：金樱子药材ITS2序列长度为219~221 bp,存在两个Poly C结构。金樱子种内平均Kimura 2-parameter（K-2-P）遗传距离为0.005,远小于与混伪品的种间平均K-2-P遗传距离0.574。NJ树结果表明金樱子与混伪品分为两枝,Bootstrap支持率为99%,表现出良好的单系性。结论：ITS2序列作为DNA条形码能准确稳定的鉴别金樱子药材,本研究为保证金樱子临床用药安全提供了技术保障。
- 焦文静张鹏陈晓辰廖保生王丽丽韩建萍
- 关键词：金樱子DNA条形码ITS2物种鉴定
- 基于ITS2序列的女贞子原植物及其混伪品的分子鉴定被引量：5
- 2011年
- 目的:通过分析女贞子原植物及其混用品和伪品的ITS2序列,探究鉴定女贞及其混伪品的新方法。方法:采用CodonCode Aligner进行序列拼接,MEGA4.1计算女贞及其混伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树,最后应用Schultz等建立的ITS2数据库和网站预测二级结构。结果:女贞的最小种间K2P距离(3.2%)大于种内最大K2P距离(0.90%),NJ树中女贞的不同来源样品聚为一支。女贞与其混伪品的二级结构的分子形态均有差异。结论I:TS2序列可以作为鉴定女贞子原植物及其混伪品的条形码序列,并且该序列在中药材原植物的鉴定中具有很大的潜力。
- 李美妮韩蕊莲韩建萍刘美子姚辉宋经元
- 关键词：女贞混伪品分子鉴定
- DNA条形码鉴定洋金花及其伪品
- 目的建立有毒药用植物洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法。方法试验选用洋金花及其伪品共4个种（包括洋金花、毛曼陀罗、曼陀罗、木本曼陀罗）的20份材料,对ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL的条形码序列进行比较研...
- 韩建萍李美妮罗焜刘美子陈晓辰陈士林
- 关键词：DNA条形码分子鉴定
- 文献传递
- 基于SNP位点鉴定砂仁药材物种被引量：14
- 2014年
- 目的:为建立基于单核苷酸多态性(SNP)技术鉴别砂仁3个基原(阳春砂Amomum villosum、海南砂Amomum longiligulare、绿壳砂Amomum villosum var.xanthioides)的方法,对这3个种共计60份材料ITS2序列进行分析比较。方法:将实验所得砂仁ITS2序列,应用CodonCode Aligner软件进行序列拼接比对。用MEGA 5.0导出各序列变异位点,并对变异位点进行分析。为验证结果准确性,下载砂仁3个基原GenBank的所有ITS2序列,共计34条,对结果进行验证。结果:砂仁ITS2序列比对后长度为230 bp,3个不同基原在135 bp和199 bp处存在稳定SNP(s)变异位点。结论:本研究开发的两个稳定的SNP(s)位点可以快速准确地鉴定砂仁药材3个基原。
- 焦文静张鹏廖保生王丽丽韩建萍
- 关键词：砂仁ITS2SNP位点
- DNA条形码鉴定洋金花及其伪品被引量：27
- 2011年
- 为建立有毒中药洋金花及其伪品DNA条形码鉴定方法,采用国际通用的条形码序列ITS2、psbA-trnH、matK和rbcL对洋金花原植物白花曼陀罗及其伪品毛曼陀罗、曼陀罗和木本曼陀罗4个种共计20份材料进行了比较研究。PCR及测序成功率分别为ITS2(100%)、matK(100%)、psbA-trnH(90%)、rbcL(85%)。采用CodonCode Aligner进行序列拼接,采用MEGA 4.1计算白花曼陀罗及其伪品的种内、种间的K2P距离,并基于K2P模型构建NJ树。结果显示ITS2序列共有30个单核苷酸多态性(SNPs)位点、psbA-trnH序列有33个单碱基的插入和缺失I。TS2和psbA-trnH序列种间遗传距离大于种内,matK和rbcL种内和种间没有明显"Barcoding Gap"。4个条形码序列及其组合获得的分子系统树(ITS2、psbA-trnH、matK、rbcL、matK+rbcL)均分成了两大支,木本曼陀罗单聚为一支,该分子证据支持将Brugmansia提升为属水平。实验结果表明ITS2及psbA-trnH序列可以作为洋金花及其伪品鉴定用的条形码序列。
- 韩建萍李美妮罗焜刘美子陈晓辰陈士林
- 关键词：DNA条形码分子鉴定
- 中药材DNA条形码鉴定的基因序列比较被引量：40
- 2012年
- 该文综述了中药材DNA条形码的研究现状,在此基础上分析了叶绿体基因和核基因在中药材系统进化及鉴定中的优缺点。ITS序列在植物中进化速率较快,适合属、种等较低分类阶元的系统关系研究,而ITS2更适合于中药材的鉴定。因此,中药材系统进化与鉴定研究应当根据研究问题选择相应DNA条形码序列。随着测序成本不断下降,叶绿体全基因组条形码在药用植物鉴定中的应用将更卓有成效。
- 韩建萍宋经元姚辉陈晓辰陈士林
- 关键词：中药材DNA条形码
- 大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定
- 目的:分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法:提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结...
- 李美妮韩蕊莲韩建萍罗焜姚辉宋经元陈士林
- 关键词：混伪品
- 文献传递
- 基于叶绿体psbA-trnH基因间区序列鉴定山东丹参为新种被引量：12
- 2013年
- 为从分子水平鉴定山东丹参(Salvia shandongensis)及其近缘物种,本研究采用psbA-trnH序列对山东丹参、丹参(S.miltiorrhiza)和白花丹参(S.miltiorrhiza f.alba)共计33份材料进行了PCR扩增并测序,获得了该间隔区的完整序列。采用CodonCodeAligner进行序列拼接,应用MEGA5.0计算山东丹参及其近缘种的种内、种间的K2P距离,构建UPGMA树。结果显示,山东丹参psbA-trnH序列长度约为391 bp,丹参和白花丹参psbA-trnH序列长度约为386 bp,psbA-trnH序列在山东丹参及其近缘种种间存在丰富的变异,山东丹参种内平均K2P遗传距离为0,丹参和白花丹参种内平均K2P遗传距离分别为0.002和0.001,山东丹参与丹参种间遗传距离为0.034～0.04,与白花丹参种间遗传距离为0.005～0.008,山东丹参种内平均K2P遗传距离均远远小于丹参和白花丹参种间平均K2P遗传距离;聚类结果显示山东丹参与丹参、白花丹参(变型)可明显区分,这与形态分类特征相符。本研究首次从分子水平确立了山东丹参在植物分类学上的地位,揭示了山东丹参与近缘种之间的亲缘关系,为山东丹参药用植物新资源的开发提供DNA遗传分子鉴定的科学依据。研究结果表明psbA-trnH基因间区可作为条形码来鉴定山东丹参及其近缘种。
- 李晓娟韩建萍李建秀陈晓辰张龙霏李佳顾正位张永清
- 关键词：丹参白花丹参
- 大黄与易混伪品土大黄、虎杖原植物的ITS2序列鉴定被引量：10
- 2012年
- 目的分析大黄与其易混伪品原植物的rDNA上的ITS2序列信息,探索鉴定大黄及其混伪品的新方法。方法提取DNA模板后对其ITS2区进行PCR扩增、测序;拼接序列;计算种内种间K2P距离,最后基于K2P距离建立NJ树。结果大黄与其混伪品的最小种间K2P距离(38.6%)大于最大种内K2P距离(8.0%),NJ树中大黄三个基原的不同来源样品聚为一支。结论因此ITS2序列可以作为鉴定大黄与易混伪品土大黄、虎杖的候选条形码序列,DNA条形码技术在中药鉴定中具有极大的前景。
- 李美妮韩蕊莲韩建萍姚辉罗焜宋经元
- 关键词：混伪品
- 砂仁及其混淆品的ITS2序列鉴定被引量：25
- 2011年
- 目的应用内转录第二间隔区(ITS2)序列及其二级结构对砂仁混淆品进行鉴定。方法应用CLUSTALX1.83软件进行序列比对,比对后的长度为252bp。用MEGA4.1计算种间、种内遗传距离,并构建系统进化树。结果 ITS2序列可以将砂仁的三个来源阳春砂Amomum villosum、绿壳砂Amomum villosum var.xanthioides或海南砂Amomum longiligulare互相区分开,并与伪品艳山姜Alpinia zerumbet、山姜Alpinia japonica、草果Amomum tsao-ko及同属其它近缘种区分开。结论推荐ITS2作为砂仁及其伪品鉴定用条形码序列。
- 韩建萍李美妮石林春姚辉宋经元
- 关键词：砂仁DNA条形码
