中国科学院知识创新工程(KGCX1-YW-13) 作品数:3 被引量:18 H指数:1 相关作者: 张艳 孙飞 张凯 胡仲军 季刚 更多>> 相关机构: 中国科学院 中国人民解放军后勤工程学院 香港浸会大学 更多>> 发文基金: 中国科学院知识创新工程 国家自然科学基金 国家重点基础研究发展计划 更多>> 相关领域: 生物学 自动化与计算机技术 更多>>
ATOM 1.0:基于GPU的电子断层重构软件 被引量:1 2011年 电子断层成像技术能够在纳米尺度下重构出不具有全同性的细胞或大分子的三维结构,正受到越来越广泛的重视。针对现有电子断层成像技术中重构软件的不足,特别是迭代重构算法速度慢的缺点,我们开发了一款基于Graphic Processor Unit(GPU)平台的电子断层重构软件——ATOM,实现了图像对位、重构参数计算、三维重构及数据可视化等电子断层重构的基本功能。其中,在二维对位方面,ATOM实现了迭代的无标记平移和旋转对位;在三维重构方面,实现了背投影和多种迭代重构算法,并实现了迭代重构在GPU平台上的并行加速,获得了良好的加速比,如SIRT算法得到了47倍加速比。ATOM是绿色开源软件,可以运行在支持Qt和CUDA的所有操作系统上。ATOM为图形界面软件,结合详尽的安装及使用文档,便于用户使用。 储琪 张凯 万晓华 张茨 张艳 张广勇 沈铂 卢晓伟 赵开勇 褚晓文 张法 孙飞关键词:GPU加速 图形界面 电子显微三维重构技术发展与前沿 被引量:18 2010年 本文对电子显微三维重构技术(也称电镜三维重构,electron microscopy 3D reconstruction)进行简要介绍,并在此基础上对该技术当前研究的发展和前沿进行综述,包括高分辨率电镜三维重构、仪器设备性能突破、自动化数据收集和处理、高性能计算技术应用、二/三维图像处理技术的发展和创新、基于三维重构图的模型计算等方面,最后对电子显微三维重构技术的未来进行了展望。 张凯 张艳 胡仲军 季刚 孙飞关键词:电子显微学 自动化 图像处理 结构模建