中国科学院知识创新工程重要方向项目(KSCX2-YW-N-0807)
- 作品数：3 被引量：44H指数：3
- 相关作者：葛学军裴男才米湘成张金龙杨振艳更多>>
- 相关机构：中国科学院研究生院中国科学院植物研究所中国科学院华南植物园更多>>
- 发文基金：中国科学院知识创新工程重要方向项目国家重点基础研究发展计划博士科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 姜科砂仁属植物DNA条形码序列的筛选被引量：12
- 2010年
- 砂仁属(Amomum)隶属于姜科,全属约150种,我国有39种。该属多种植物可作药物或香料,但目前砂仁属的分类还不清楚,准确鉴定物种有很大难度。本研究利用DNA barcoding技术,对砂仁属50种121个个体的matK、rbcL-a、trnH-psbA序列及其不同组合进行比较,用Taxon DNA计算种间、种内bar-coding gap,运用相似法的BLASTn计算条码的正确鉴定率,筛选适合砂仁属的条码片段。结果显示:所有条码的barcoding gap均不存在;matK的正确鉴定率高于trnH-psbA和rbcL-a,联合片段的条码正确鉴定率高于单片段条码,三个片段联合条码的正确鉴定率最高。因此,推荐matK+rbcL-a+trnH-psbA作为砂仁属物种鉴定的候选条码。
- 杨振艳张玲
- 关键词：MATKTRNH-PSBA
- 植物DNA条形码促进系统发育群落生态学发展被引量：23
- 2011年
- 系统发育群落生态学是近年兴起的一个重要生态学研究分支,它以群落生态学为基础并引入了系统发育的分析方法,全面动态地反映了群落中物种内和物种间的相互作用关系,揭示了群落格局形成的生态学过程,研究了生物多样性的形成及维持机制。巴拿马BCI(Barro Colorado Island)样地的成功例子说明,在固定样地进行长期的群落生态与系统发育研究切实可行且极具意义;DNA条形码的快速兴起对这一研究发挥着重要作用。本文先列举了群落生态与系统发育综合分析能解决的群落系统发育结构、群落生态位结构、生物地理学和性状进化等生态学问题;接着介绍了标准植物DNA条形码以及利用片段组合(rbcL+matK+trnH-psbA)进行快速物种识别和近缘种区分、精确群落系统发育关系的构建以及群落生态学研究;随后提出DNA条形码研究在类群水平上需注意两片段的条形码组合(matK+rbcL)在同属种鉴别能力上的不足,而在较大尺度群落水平上需对实验设计进行优化。DNA条形码将为探讨物种多样性及其维持机理、系统发育beta多样性以及群落水平上功能性状进化研究提供新的思路。
- 裴男才张金龙米湘成葛学军
- 关键词：群落生态学
- rps4作为苔藓植物候选条形码的可行性:基于GenBank数据的分析被引量：10
- 2011年
- 对于苔藓植物DNA条形码研究来说,目前已提议的可用片段只有rbcL和trnH-psbA,并且均具有一定局限性。本文基于GenBank中3,365条rps4序列,利用遗传距离法和分子系统学方法评价它作为苔藓植物候选条形码的可行性。结果显示:(1)rps4序列覆盖了藓纲96%的科和苔纲88%的科,具有通用性;(2)rps4物种分辨能力为73.0%,并且它在6个序列最丰富的苔藓植物属(Plagiochila,Tortula,Plagiomnium,Pyrrhobryum,Pogonatum,Grimmia)内的物种识别能力均高于rbcL-a在同属中的分辨能力;(3)GenBank中已经积累了大量已知物种来源的rps4序列,可为DNA条形码物种鉴定提供一个参考数据库。因此,本文建议将rps4作为苔藓植物候选DNA条形码。尤其是当rbcL和trnH-psbA在某个具体类群中无法取得理想的物种识别效果时,rps4可作为补充。
- 刘艳王建秀葛学军曹同
- 关键词：隐花植物叶绿体DNA物种鉴定
