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用mtDNA COⅡ基因序列确定我国北部湾红树植物白骨壤虫灾虫源被引量：7: 2008年; 从我国近年来遭受特大虫灾的北部湾沿海红树植物白骨壤上采集害虫标本,测定其线粒体DNA细胞色素c氧化酶亚基Ⅱ(COⅡ)基因序列,并与采自深圳湾白骨壤上的害虫标本以及相关类群的COⅡ基因序列进行同源性比较,结果表明来自北部湾与深圳湾白骨壤的虫源均为瘤斑螟属Ptyomaxia,而不是细斑螟属Oligochroa.分子系统发育分析为纠正以前普遍认为广州小斑螟引发我国红树林特大虫灾的观点提供了新的证据.; 昝启杰任竹梅李后魂李罡王勇军王莉钟扬; 关键词：白骨壤 COII基因分子系统发育分析

基于语义网技术的基因和基因产物搜索工具: 2007年; GORouter运用多种语义网技术和工具构建了一个以基因本体为中心的基因和基因产物相关信息知识库,为生命科学研究人员提供跨物种、跨领域的语义搜索服务。GORouter核心数据集中共集成了27个语义描述框架（RDF）模块,由约7.2百万个三元组组成,涵盖了18个生物学数据库所提供的基因和基因产物注释信息,并通过引入3个相关本体丰富了不同来源数据间的语义联系。; 许庆炜鲁强曹顺良骆清铭李亦学; 关键词：语义网

被子植物SQUA类基因适应性进化的统计检测被引量：1: 2004年; SQUAMOSA(SQUA)类基因是MADS box基因家族中参与花被发生发育的重要基因 .测定了麻竹的SQUA基因序列并分析了被子植物中SQUA类基因的系统发育式样 ;采用相对速率检验、同义与非同义置换位点统计以及似然比检验方法 ,分析了单子叶和真双子叶植物最近共同祖先中SQUA基因发生基因重复后的进化速率与适应机制 .结果表明 :真双子叶植物分支中SQUA类基因的相对速率和同义与非同义置换位点均显著高于单子叶植物分支 ;同时 ,dN/dS 值表明真双子叶植物分支中可能存在正选择压力 .; 陈永燕钟扬田波杨继李德铢; 关键词：被子植物麻竹似然比检验适应性进化

用叶绿体和核糖体DNA序列探讨中国特有植物斑子麻黄的系统位置被引量：5: 2006年; 测定了我国特有植物斑子麻黄的叶绿体matK和rbcL基因以及核糖体18S基因和ITS区的序列,选取麻黄属15个物种的16个类群(含旧大陆8种和新大陆7种)进行分子系统发育分析,探讨斑子麻黄的系统位置.基于最大简约法(MP)、邻接法(NJ)、最小进化法(ME)和最大似然法(ML)的独立与联合分析均表明斑子麻黄与木贼麻黄关系最近.根据相对速率检验结果,结合前人所建立的麻黄属rbcL基因进化速率估计斑子麻黄与木贼麻黄的分歧时间约为10.85±2.44Ma.; 王庆彪王莉周仁超赵晓敏施苏华杨永钟扬; 关键词：麻黄属 RBCL基因 NRDNA ITS区系统发育分析

查尔酮合酶超家族(chalcone synthase superfamily)基因重复和分化的式样被引量：21: 2006年; 查尔酮合酶(chalconesynthase,CHS)是类黄酮类物质生物合成途径中的关键酶,对植物的花色素形成以及抗虫和抗病有重要意义.本文综述了有关查尔酮合酶超家族基因重复和分化式样的研究进展.有资料显示,CHS基因在不同植物谱系中发生了不同程度的重复和分化,导致在多数植物基因组中存在具不同表达特性的CHS重复基因,并在部分植物基因组中出现由CHS基因分化形成的类CHS(CHS-like)基因.不同学者对该家族基因序列及其表达式样进行比较分析,揭示了该家族重复基因表达式样的分化在很大程度上受启动子和顺式调节元件的影响,结果导致重复基因的亚功能化(subfunctionalization);而发生在CHS活性位点附近的碱基替换则导致重复基因的新功能化(neofunctionalization),形成不同的类CHS基因,且多数类CHS基因是在不同植物谱系中由CHS基因多次独立进化形成,是趋同进化的结果.探讨CHS超基因家族的进化历史对深入了解基因重复-分化的过程和机制有很大帮助.; 杨继顾红雅; 关键词：查尔酮合酶基因重复分化

应用最大似然法检测丙肝病毒包膜蛋白编码基因的适应性进化被引量：2: 2006年; 非同义-同义置换速率比值(dN/dS)是藉蛋白质编码序列评价选择压力的一种重要测度,而基于密码子置换模型的最大似然法业已成为检测承受正选择的氨基酸位点及适应性进化的统计分析工具.本研究应用最大似然法分析了丙型肝炎病毒的包膜蛋白编码序列,从全世界18个常见的基因型/亚型中,发现了4个正选择/适应性位点.由于这些氨基酸位点位于不同的免疫表位,本研究结果具有潜在的生物医学价值,同时表明最大似然法可以作为一种检测高分歧度病毒蛋白中适应性进化存在与否的有效手段.; 张文娟张原钟扬; 关键词：适应性进化最大似然法正选择丙型肝炎病毒包膜蛋白

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国家重点基础研究发展计划(2003CB715904)