江苏省自然科学基金(BK2006550)
- 作品数：3 被引量：4H指数：2
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- 发文基金：江苏省自然科学基金国家自然科学基金更多>>
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- RNAstructure软件不同版本对FORS-D分析的影响被引量：2
- 2006年
- 目的:研究RNAstructure两个不同版本(4.2和3.6版)对FORS-D分析的影响。方法:以H IV-1 CRF01_AE基因组为对象,将其分隔成连续的含200碱基的片段,两个连续片段之间互相重叠150碱基。用序列打乱程序将每个片段打乱成10个碱基组成相同的随机片段。用RNAstructure软件分别计算每个片段核酸二级结构的最小自由能。结果:两个不同版本RNAstructure软件获得的FONS、FORS-M和FORS-D值在基因组上具有完全一致的分布。用Z检验分别比较两组数据的平均值,发现4.2版获得的FONS(P<0.05)和FORS-M(P<0.01)值明显低于3.6版,而对FORS-D(Z=0.127 1,P>0.05)值没有明显影响。另外,发现GC含量不是两个版本软件造成FONS(P=0.29)和FORS-M(P=0.40)差异的主要因素。结论:使用不同版本的RNAstructure不会影响FORS-D值,但因4.2版可以产生更稳定的二级结构,并具有更高的预测准确性,使用RNAstructure 4.2版进行FORS-D分析将是更好的选择。
- 张驰宇李全双曹威成婧俞倩孙金燕魏继福
- SARS-CoV由果子狸向人类跨种传播中S蛋白的适应性进化研究被引量：2
- 2006年
- 目的:研究SARS-CoV表面S蛋白由动物向人类跨种传播过程中的适应性进化过程。方法:用系统进化树构建和群体遗传学方法,对100个S基因序列进行了分析。这些序列均从GenBank获得,并能反映整个SARS流行期。结果:依据系统进化树和流行病学资料,将SARS病毒分为三个流行群:02-04跨种传播群、03-早中期流行群和03-晚期流行群。它们分别代表SARS-CoV克服种间障碍实现跨种传播阶段、进入人类后的最初适应阶段以及在人类中建立感染后的阶段。在前两个流行群中,S蛋白受到了阳性选择压力,而在03晚期流行群中却遭受了很强的负选择压力。三个流行群选择压力的比较显示,SARS-CoVs从动物向人类跨种传播过程中,S蛋白受到的阳性选择压力依次减小。结论:从最初的阳性选择到最后的负选择,S蛋白经历了变化的自然选择压力。这种变化的选择压力不仅反映了SARS-CoV由动物向人类跨种传播的适应性进化过程,也为研究其他病毒的跨种传播机制提供重要线索。
- 张驰宇魏继福
- 关键词：SARS-COVS蛋白适应性进化流行期
- FORS-D分析软件“Random_fold_scan”和不同碱基随机打乱算法对FORS-D分析的影响
- 2007年
- 目的:开发FORS-D分析软件,并比较不同碱基随机打乱算法对FORS-D分析的影响。方法:根据单、双、三碱基及密码子随机打乱算法,用ActivePerl-5.8.8.820编写"Random_fold_scan"软件,它通过系统命令调用RNA-structure4.2来计算FORS-D值。用4种碱基随机打乱算法分别计算来自不同物种的12个mRNA序列,并且比较它们对FORS-D值的影响。结果:4种随机打乱策略不影响核酸序列的FORS-D分布趋势,但是单碱基打乱算法可以获得比其他3种算法更低的FORS-D值。比较4种打乱算法获得的FORS-D值的Z-score分布,发现单碱基打乱产生的FORS-D值显著小于0的比例最高,相反,FORS-D值显著大于0的比例最低。结论:单碱基随机打乱算法能够彻底破坏原始核酸的序列信息,在概念和理论上能够真正反映FORS-D的生物学涵义。这表明FORS-D分析中单碱基打乱足以给出准确、可靠的数据信息。此外,我们开发了软件"Random_fold_scan"用于FORS-D分析。
- 徐顺高魏继福张驰宇
- 关键词：Z-SCORE
