中央高校基本科研业务费专项资金(K5051303002)
- 作品数：2 被引量：1H指数：1
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- 一种新的DNA模体发现聚类求精算法被引量：1
- 2014年
- 模体发现问题是分析基因转录调控关系的一个重要方面.提出了一种新的基于熵的聚类求精算法——ECRmotif,用于DNA序列中的模体发现问题.ECRmotif使用灵活的概率模型从背景序列中鉴别模体.它首先使用一个基于熵的聚类过程将数据集划分为若干子集,并对各候选子集压缩其实例的搜索空间,求精得到模体.通过模拟数据和真实数据的实验,表明ECRmotif算法可以有效地提高运行速度和效率,并准确地找出模体.
- 张懿璞
- 关键词：聚类
- 结合最大团求精的随机投影模体发现算法
- 2013年
- 模体发现是生物信息学和计算机科学中最具挑战性的问题之一,对未经比对的DNA序列中定位转录因子结合位点起着重要的作用。将模体发现问题转化为无向图中求解最大团的问题,并提出了一种结合最大团求精的随机投影模体发现算法(MCR2PA)。与原有的投影算法相比,对于大多数模体发现问题,MCR2PA的识别准确率都有所提高。多组真实生物数据上的实验结果验证了所提算法的实用性。特别地,对于酿酒酵母数据,预测准确率能够达到80%以上。
- 霍红卫于强牛伟
- 关键词：转录因子结合位点最大团
