内蒙古自治区自然科学基金(2009MS0111)
- 作品数：4 被引量：15H指数：1
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- 酶蛋白质β-发夹模体配体结合位点的统计分析及预测
- 2011年
- 从酶蛋白质loop分类数据库ArchDB_EC中整理得到了1397个含配体结合位点β-发夹,对β-发夹中的配体结合位点进行了统计分析。在此基础上,提取序列片段的氨基酸组分、位点氨基酸组分和位点亲疏水特征组分为参数集,采用mRMR方法对该参数集进行优化筛选,将优化后的最优参数子集输入支持向量机,对酶蛋白质β-发夹中几种常见配体结合位点类型进行了初步预测。
- 胡秀珍刘星星
- 关键词：Β-发夹模体支持向量机
- 基于物化特性编码和离散增量的支持向量机方法预测酶的亚类被引量：1
- 2011年
- 从酶序列出发,提出了一种新的酶的亚类的预测方法。利用物化特性编码和离散增量得到特征向量来表示序列信息,并将这些特征向量输入支持向量机,对酶的6个家族类中各自的亚类进行分类。在Jacknife检验下,氧化还原酶,转移酶,水解酶,裂解酶,异构酶和连接酶中包含的亚类得到的预测精度分别为96.2%,99.2%,99.6%,95.3%,94.4%和97.7%。该方法得到的预测结果优于其它方法。
- 石瑞佳胡秀珍
- 关键词：支持向量机
- 基于功能域和分组重量编码为特征参数的蛋白酶预测
- 2011年
- 基于功能域组分和分组重量编码特征提取预测参数,采用支持向量机的识别算法,在Jackknife检验下,蛋白酶的预测结果为89.9%,蛋白酶的6个类别的总预测结果为94.0%。预测结果表明,该方法是预测蛋白酶及其类别的有效工具。
- 樊玉才胡秀珍
- 关键词：蛋白酶功能域分组重量编码支持向量机
- 随机森林方法预测膜蛋白类型被引量：14
- 2009年
- 膜蛋白的类型与其功能是密切相关的,因此膜蛋白类型的预测是研究其功能的重要手段,从蛋白质的氨基酸序列出发对膜蛋白的类型进行预测有重要意义。文章基于蛋白质的氨基酸序列,将组合离散增量和伪氨基酸组分信息共同作为预测参数,采用随机森林分类器,对8类膜蛋白进行了预测。在Jackknife检验下的预测精度为86.3%,独立检验的预测精度为93.8%,取得了好于前人的预测结果。
- 袁敏胡秀珍
