国家自然科学基金(91029717)
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- 基于拷贝数数据揭示基因在癌基因组中广泛扩增
- 利用拷贝数芯片检测的高通量数据往往受诸如试剂与检测批次、不同操作者等多种因素的影响。通常认为这些技术变异可能降低检测生物信号的统计效能,为了排除这些技术变异的影响,往往采用广泛应用于基因表达谱的标准化方法强制所有样本的信...
- 王栋张元女王明月夏继光程立新李朋飞李宾王晨光郭政
- 关键词：DNA拷贝数微阵列数据标准化
- 文献传递
- 基于不同标准化假设分析癌基因组甲基化谱
- 2011年
- 在处理甲基化谱时,通常采用标准化方法,强制所有样本的信号值服从同一种分布或至少具有相同的中值。然而,有研究者认为这些标准化方法可能会移除甲基化谱中的生物学信号,有必要全面评估不同的处理方法对后续分析的影响。通过配对秩和检验,分析关于4种癌型的8套甲基化谱。结果显示,并未发现癌与正常样本中的原始信号值的中值存在显著差异(P>0.05);采用分位数标准化数据后可以多筛选出12%～28%的差异甲基化基因,而且额外找到的差异甲基化基因的改变方向可以在关于同种癌型的独立数据集中显著一致地呈现(P<0.001),表明它们是有效的生物学信号。但是,在经过分位数标准化后筛选出的差异甲基化基因中,约有1%基因的甲基化状态与原始信号的改变方向相反。建议采用分位数标准化方法处理甲基化谱数据,但需要去除改变方向不一致的基因。
- 王栋吴瑞红程立新李朋飞王明月李宾王晨光郭政
- 关键词：DNA甲基化微阵列数据标准化
