国家林业公益性行业科研专项(201104010)
- 作品数：19 被引量：125H指数：7
- 相关作者：季孔庶潘婷郭天玮何卫龙王晓锋更多>>
- 相关机构：南京林业大学重庆市林业科学研究院中国林业科学研究院更多>>
- 发文基金：国家林业公益性行业科研专项国家科技支撑计划江苏高校优势学科建设工程项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 马尾松转录组测序和分析被引量：26
- 2013年
- 本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGGpathway数据库,对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测,共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能,并关联到135条生物学通路。SSR查找发现,从83680个contig中找到889个SSR位点,占contig总数的比例为1.06%。其中,三核苷酸重复所占比例最高,达到48.37%,其次是六核苷酸重复,为19.12%,比例最低的是四核苷酸重复,仅为4.72%,二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同,分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为AT/AT,其次是AGC/CTG和AAG/CTT。
- 王晓锋何卫龙蔡卫佳阮倩倩潘婷季孔庶
- 关键词：马尾松转录组测序SSR
- 利用大配子体构建马尾松遗传图谱被引量：3
- 2014年
- 本研究以单株马尾松的142个大配子体为作图群体,利用筛选的55对SSR引物和142对SRAP引物获得502个标记,构建了一张包含237个标记、18个连锁群的马尾松遗传连锁图谱。马尾松连锁图谱总图距为1 462.1 cM,最大连锁群图距为136.4 cM,最小连锁群图距为36.7 cM,平均每个连锁群长度为81.2 cM,标记之间平均图距为6.2 cM。此外,利用L16(45)正交试验表对影响PCR结果的Mg2+、dNTP、模板DNA、引物浓度、Taq DNA聚合酶进行试验,建立了适合马尾松SSR-PCR和SRAP-PCR的反应体系。
- 何卫龙张逢凯潘婷季孔庶
- 关键词：马尾松SSRSRAP遗传连锁图谱
- 马尾松RCA基因的克隆和序列分析被引量：3
- 2015年
- 1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶(Rubis CO)活化酶(RCA)是体内活化光合作用限速酶—Rubis CO的重要酶。本研究通过反转录PCR和c DNA末端快速扩增技术,从马尾松中分离得到了Pmrca1(登录号KF420118)和Pmrca2(登录号KF420119)两条RCA基因c DNA序列。两条序列均包含完整的编码区与5'端和3'非翻译区,长度分别为1 816 bp和1 953 bp,编码Pm RCA1和Pm RCA2两个蛋白,长度分别为480和440个氨基酸。序列分析发现两个蛋白质都具有RCA和AAA+蛋白家族(ATPase associated with various cellular activities)特异性结构域和定位于叶绿体的转运肽,Pm RCA1还具有RCA大同工型特有的由两个半胱氨酸(Cys)残基组成的保守结构。多重序列比对显示,这两个蛋白质序列分别与红花槭的RCA大同工型和小同工型的相似性达到78%。将Pm RCA1和Pm RCA2与20种不同物种RCA构建进化树,发现其与地中海松属于同一分支。研究结果为进一步分析马尾松RCA的功能和光合作用机制奠定了基础。
- 潘婷张逢凯王晓锋阮倩倩刘靖盛璐季孔庶
- 关键词：马尾松RCARACEDNA克隆
- 马尾松Aux/IAA家族相关基因克隆及初步分析被引量：5
- 2015年
- 生长素信号转导途径在植物生长发育过程中起到至关重要的作用,Aux/IAA(auxin/indoleacetic acids)家族基因可以直接和生长素相连而发生作用。研究马尾松Aux/IAA家族相关基因,可为马尾松体内生长素信号转导途径提供理论支持。本研究克隆出3个Aux/IAA家族基因,分别命名为Pm IAA1、Pm IAA2和Pm IAA3。Pm IAA1基因,c DNA全长1 330 bp,包含711 bp完整的ORF,能够编码含有236个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为26 015.6 u,等电点为7.01;Pm IAA2基因,c DNA全长1 628 bp,包含909 bp完整的ORF,能够编码含有302个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为41 176.1 u,等电点为5.25;Pm IAA3基因,c DNA全长1 316 bp,包含759 bp完整的ORF,能够编码含有252个氨基酸的蛋白质,此蛋白相对分子质量为28 060.1 u,等电点为6.01。Pm IAA1蛋白与火距松IAA1蛋白同源性高达95%,Pm IAA2蛋白与火距松IAA2蛋白同源性高达97%,Pm IAA3蛋白与火距松IAA3蛋白同源性高达98%。Pm IAA1、Pm IAA2、Pm IAA3蛋白都含有Aux/IAA结构域,此结构域可以与ARFs(auxin response factors)结合而发生作用,这符合Aux/IAA家族的特点。利用实时定量技术得知,Pm IAA1、Pm IAA2和Pm IAA3在马尾松嫩根、嫩芽、嫩叶中都有表达。Pm IAA1在嫩叶中表达量最高、嫩根中次之、嫩茎中最低;Pm IAA2和Pm IAA3在嫩根中表达最高、嫩叶和嫩茎中次之。本研究可为生长素调控马尾松生长发育相关机理提供依据。
- 苏江郭天玮季孔庶
- 关键词：马尾松生长素AUX/IAA
- 松科树种的离体培养研究进展被引量：21
- 2015年
- 松科树种的离体培养技术相关研究从20世纪70年代开始至今一直备受关注,并取得了不断的突破。笔者综述了松科树种离体培养的研究进展,对松科树种在直接器官发生、间接器官发生、体细胞胚胎发生、原生质体培养等不同离体培养方式所取得的研究结果进行了总结,并介绍了外植体、培养基、激素等影响离体培养的因素和条件,对松科树种离体培养中有待进一步开展的机理性研究、成年母树营养器官离体培养技术、褐化问题、诱导生根和再生植株移栽技术、商业化生产应用、离体材料的超低温保存研究等方面进行了展望。
- 季孔庶王潘潘王金铃阮倩倩潘婷朱沛煌郭天玮刘靖
- 关键词：离体培养器官发生体胚发生原生质体培养超低温保存
- 马尾松材性遗传改良研究进展被引量：5
- 2011年
- 综述了马尾松木材密度、管胞形态、微纤丝角和化学组分等材性性状在种源、家系、无性系和个体间及个体内各层次的变异模式和规律,以及遗传相关等遗传参数。同时从材性分析技术、测定林持续跟踪、多层次遗传材料的研究进展、人工杂交和基因工程应用等领域概述了马尾松材性遗传改良中存在的问题,并提出展望。
- 季孔庶毛桃康建诚周纯
- 关键词：马尾松材性
- 马尾松无性系种子园结实量与生长性状的相关分析被引量：2
- 2013年
- 通过对马尾松无性系种子园进行调查分析,结果表明:马尾松种子园无性系间开花结实与生长性状存在不同程度的显著、极显著相关,分枝角度与开花结实存在极显著的负相关,生长性状间也存在不同程度的相关性。因此,在选择优良无性系建园时,应当考虑选择速生丰产稳产的无性系。
- 林能庆
- 关键词：马尾松无性系生长性状
- 马尾松CAD基因的克隆及其编码蛋白质的结构预测被引量：9
- 2014年
- 肉桂醇脱氢酶(cinnamyl alcoholdehy drogenase,CAD)在木质素合成过程中起关键作用。本研究利用CODEHOP设计简并引物,采用RT-PCR和RACE技术,从马尾松中克隆得到CAD基因的cDNA全长(GenBank登入号:KF419291)。此cDNA全长1 450 bp,包括1 074 bp完整的ORF,编码357个氨基酸的蛋白,相对分子质量与等电点分别为38945.1u和5.8。利用ClustalX、DNAMAN、ANTHEPROT软件分析其序列和编码的氨基酸序列。采用RT-PCR方法对CAD基因在根、侧枝、叶、芽四种组织中表达的特异性分析,结果显示,CAD基因在马尾松侧枝中表达量最高,在叶、根和芽中亦有低水平表达。
- 张逢凯潘婷盛璐季孔庶
- 关键词：马尾松肉桂醇脱氢酶基因克隆组织特异性表达
- 基于松属不同树种EST序列的马尾松SSR引物开发被引量：2
- 2013年
- 利用松属5个树种的EST序列,分别树种查找SSR位点,采用Primer3.0软件进行引物设计。设计的5个树种的EST—SSR引物中:所占比例最高的均为三核苷酸重复,其次是六核苷酸重复,两者之和都达到了64%以上;四核苷酸重复所占比例均为最低。从设计的引物中分别不同树种各选取20对进行引物合成和通用性检测以及马尾松群体检测,结果表明:松属5个树种的EST序列开发的马尾松SSR引物,其在马尾松中的扩增成功率为60%～80%;最高的是辐射松,最低的是海岸松,平均为72%。通用性最好的为辐射松,属内的通用性为94%;属间和科间通用性也分别达到75%和44%。不同树种序列来源的EST—SSR引物,其扩增成功率在10%～30%;最高的是北美短叶松,其次是辐射松,最低的是扭叶松和火炬松;平均为17%。
- 王晓锋季孔庶何卫龙
- 关键词：松属马尾松SSR
- 马尾松PmTIR1基因的克隆及编码蛋白质的结构预测被引量：2
- 2015年
- TIR1(transport inhibitor response 1)基因在生长素信号转导途径中发挥重要作用。本研究采用PCR技术和RACE技术,利用Primer Premier5进行引物设计,从马尾松中克隆出TIR1基因的全长c DNA序列,命名为Pm TIR1。此c DNA全长2 446 bp,包括1 725 bp完整的ORF,能够编码含有574个氨基酸的蛋白,此蛋白相对分子质量为64 240.3 u,等电点为6.76。利用Clustal X、ANTHEPROT和DNAMAN等软件分析Pm TIR1序列及其编码的氨基酸序列,结果表明:马尾松Pm TIR1蛋白氨基酸序列与火距松TIR1蛋白同源性高达99%,Pm TIR1蛋白含有F-box结构域和多个LRR结构域;Pm TIR1蛋白的F-box结构域可能与SCFTIR1中SKP1结合,它符合F-box家族的特点。利用实时定量技术得知Pm TIR1在马尾松嫩根、嫩茎、嫩叶中都有表达,在嫩叶中表达量最高、嫩根中次之、嫩茎中最低。本研究可为生长素调控马尾松生长发育相关机理提供理论依据。
- 苏江郭天玮季孔庶
- 关键词：马尾松生长素INHIBITORRESPONSE
