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基于VHSE结构表征的蛋白酶体酶切位点预测及酶切特异性研究: 2012年; 泛素-蛋白酶体在真核生物的抗原呈递、细胞周期调控和转录因子激活等生理过程中发挥着极为重要的作用,其核心就是蛋白酶体对底物的选择性酶切作用,因此对选择性酶切位点的预测一直是计算生物学的一个重点研究内容.针对现有酶切位点预测方法的非线性和物理意义不明确等问题,借鉴定量构效关系研究方法,采用基于氨基酸物理化学性质的描述子——VHSE(Principal component score vector of hydrophobic,steric,and electronic properties)对收集的2650个MHC-I配体的源蛋白序列进行了结构表征,在此基础上利用支持向量机建立了蛋白酶体酶切位点的预测模型,其最优线性模型的灵敏度(Sensitivity)、特异性(Specificity)、接受者操作特征曲线下面积(area under receiver operatingcharacteristics curve,AUC)和马休斯相关系数(Matthews coefficient of correlation,MCC)分别为90.18%,69.63%,0.8797和0.6131.模型分析结果表明:影响酶切位点选择性的氨基酸性质由大到小依次为:疏水性、电性和立体特征;P9,P8,P4,P1,P3',P4'和P5'位氨基酸对酶切位点的选择有重要影响,研究亦显示酶切位点上游P1位和下游P1'～P5'的"疏水势差"有利于蛋白酶体的切割作用.; 谢江安梅虎吕娟潘显超王青张亚兰; 关键词：蛋白酶体支持向量机酶切位点

番茄Sly-miR167a启动子的分离及功能分析被引量：2: 2011年; 利用PCR技术从番茄基因组DNA中扩增了Sly-miR167a转录起始点上游2 134 bp的片段,并将其与GUS基因融合构建植物表达载体,转化番茄,研究番茄Sly-miR167a启动子的时空表达特异性;并利用外源激素处理,研究其对激素的响应特性。启动子序列分析结果表明,Sly-miR167a启动子片段含有启动子调控的保守序列以及生长素、乙烯和赤霉素等响应元件。根据GUS染色结果推测,Sly-miR167a可能在番茄的各个组织中均有表达,并且在叶片、茎、开花前2d、开花当天、果实幼果期、绿熟期和破色期表达强烈。通过外源激素处理后,GUS基因的表达均有显著的上调。说明Sly-miR167a启动子的表达具有时间特异性,并且受外源激素的调控。; 苗青李正国杨迎伍李季胡国建; 关键词：启动子 GUS 番茄

环氧酮肽蛋白酶体抑制剂的构效关系及基于分子相似性的分子设计被引量：2: 2012年; 针对56个环氧酮肽衍生物,分别采用比较分子场分析(comparative molecular field analysis,CoMFA)、比较分子相似性形状指数分析(comparative molecular similarity indices analysis,CoMSIA)、Topomer CoMFA、Holo-gram QSAR(HQSAR)以及基于一维和二维描述符的支持向量机(support vector machine,SVM)方法进行了细致的构效关系研究。研究显示:通过引入一维和二维描述符的SVM建模方法,避免了柔性分子在三维构效关系研究中的构象选择和叠合难题,亦可有效避免过拟合现象的发生。所建最优SVM模型的决定系数R2、均方根误差(RMS)、交互验证系数Q2和外部预测R2pred分别为0.681,0.436,0.572和0.641。分析结果显示:电性、拓扑特征、疏水性和分子体积是影响环氧酮肽蛋白酶体抑制活性的主要因素。在此基础上,以活性最高样本分子(CID:42638286的)为模板,基于相似性评价方法对其侧链进行设计,结合Lipinski"5规则"类药性筛选,共得到12个新颖目标分子,且预测活性均达到纳摩尔水平。; 吕娟梅虎谢江安潘显超张亚兰王青; 关键词：蛋白酶体抑制剂 SVM 分子设计

农杆菌介导的番茄遗传转化的研究进展被引量：4: 2011年; 番茄(Lycopersicon esculentum)遗传转化体系对其功能基因的研究和基因工程育种有重要影响,对农杆菌(Agrobacteriumtumefaciens)介导的番茄遗传转化的研究进展进行了综述,主要包括影响番茄遗传转化效率的几个因素,如番茄的基因型、外植体状态、预培养和侵染过程、分化培养基中的激素和抗生素配比以及不同的外源基因等问题。并对今后的番茄遗传转化研究进行了展望。; 苗青李正国杨迎伍; 关键词：番茄农杆菌

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