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国家自然科学基金(30471595)

作品数：4 被引量：3H指数：1
相关作者：马绍辉刘建生潘玥朱艳菊陈俊英更多>>
相关机构：中国医学科学院北京协和医学院北京协和医学院更多>>
发文基金：国家自然科学基金云南省自然科学基金更多>>
相关领域：医药卫生更多>>

文献类型

  • 4篇中文期刊文章

领域

  • 4篇医药卫生

主题

  • 4篇病毒
  • 2篇全基因
  • 2篇全基因组
  • 2篇基因
  • 2篇基因组
  • 2篇KM
  • 1篇疫苗
  • 1篇全基因组测序
  • 1篇全基因组序列
  • 1篇全基因组序列...
  • 1篇柯萨奇
  • 1篇柯萨奇病毒
  • 1篇柯萨奇病毒B...
  • 1篇基因序列
  • 1篇基因序列测定
  • 1篇基因组测序
  • 1篇甲型
  • 1篇甲型肝炎
  • 1篇甲型肝炎病毒
  • 1篇甲型肝炎减毒...

机构

  • 3篇中国医学科学...
  • 1篇北京协和医学...

作者

  • 3篇刘建生
  • 3篇马绍辉
  • 2篇邵聪文
  • 2篇陈俊英
  • 2篇朱艳菊
  • 2篇潘玥
  • 1篇吉玛
  • 1篇王晓辉
  • 1篇张云昆
  • 1篇李琦涵
  • 1篇陈伟

传媒

  • 1篇中华微生物学...
  • 1篇中华流行病学...
  • 1篇中国病原生物...
  • 1篇中国疫苗和免...

年份

  • 1篇2015
  • 2篇2014
  • 1篇2008
共 4 条 记 录，以下是 1-4
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排序方式：
人埃可病毒20型KM／EV20／2010分离株的全基因组序列分析
2015年
目的对人埃可病毒20型（EcH020）KM／EV20／2010分离株全基因组进行序列测定，并分析其分子变异和进化特点。方法设计针对KM／EV20／2010引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和序列测定获得全基因序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1软件分析全基因序列。结果KM／EV20／2010病毒株基因组全长7395bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为744nt和96nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6549rlt长的开放阅读框，编码一个含2183个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank中现有唯-1株ECH020JVl-1原型株全基因组序列相比对，核苷酸同源性为80．1％，氨基酸同源性为96．7％；构建基于全长VP1基因序列的进化树图并进行基因分型分析，ECH020可分为6个基因型，中国分离株分属Ⅲ和Ⅳ基因型，其中KM／EV20／2010属于基因型Ⅳ，且6个基因型之间核苷酸的差异为9．4％-21．7％。基于全基因组序列的种系进化分析提示KM／EV20／2010分离株与ECH020原型株JV-1遗传距离很远，未与原型株JV-1聚簇分布，而与ECH030病毒株遗传距离较近。分析发现KM／EV20／2010序列在非结构区可能存在重组。结论中国ECH020可分为6个基因型，KM／EV20／2010分离株属于Ⅳ基因型。
潘玥邵聪文王晓辉朱艳菊陈俊英陈伟马绍辉刘建生
关键词：埃可病毒全基因组
ECHO20病毒株KM／EV20／2010的分离鉴定及其VP1基因序列特征分析被引量：1
2014年
目的分离并鉴定2010年云南省昆明市甲型肝炎患儿粪便标本中混存的ECHO20（Echovirus20，ECHO20）KM／EV20／2010病毒株，分析其VP1基因遗传特征。方法采用KMB17细胞对大便标本进行病毒分离；采用微量细胞病变法，经WHO肠道病毒组合血清及单价血清对该分离株进行鉴定；采用RT—PCR法扩增病毒VP1基因并进行序列测定，并运用Mega4．0等软件进行分析处理。结果分离毒株经微量中和试验鉴定为ECH020血清型，编号为KM／EV20／2010；经RT—PCR法扩增获得为867bp的VP1基因，与国内分离株核苷酸和氨基酸的同源性分别为79．5％～91．7％和98．9％～99．6％，与国外分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为80．2％～83．2％和96．4％～99．6％；在进化树上云南分离株与GenBank中登录的中国国内2001年山东分离株01352和1998年法国分离株94CF1666形成一个进化分支。结论KM／EV20／2010分离株为肠道病毒ECH020型病毒，可用KMB17人二倍体胚肺成纤维细胞分离增殖。
潘玥邵聪文吉玛朱艳菊张云昆马忠飞刘建生马绍辉
关键词：ECHOVP1基因
甲型肝炎减毒活疫苗H2减毒株P2区基因序列测定与特征分析被引量：2
2008年
目的测定甲型肝炎(甲肝)减毒活疫苗H2减毒株P2区基因序列,了解其减毒和细胞适应的分子机制。方法通过逆转录-聚合酶链反应,特异扩增甲肝减毒活疫苗H2株成品疫苗及其亲本毒种P2区VP1/2A、2B、2C基因序列,经测序、比对,分析检测毒力基因VP1/2A、2C的变异情况。结果甲肝减毒活疫苗H2成品疫苗及其亲本毒种毒力基因VP1/2A、2C区毒力相关基因簇均为减毒型特征。结论甲肝减毒活疫苗H2减毒株毒力基因VP1/2A、2C均为减毒型特征,且遗传稳定性良好。
刘建生侯宗柳马绍辉孟明耀张云昆李琦涵
关键词：甲型肝炎病毒H2株
柯萨奇病毒B3 KM06／2009株全基因组测序及其序列分析
2014年
目的分析柯萨奇病毒B3（CVB3）KM06／2009全基因序列，并对其分子变异、进化特点和毒力特征进行分析。方法设计针对CVB3引物，提取病毒RNA，RT-PCR扩增和产物直接测序获得序列。利用Mega4．1、RDP3和SimPlot3．5．1等软件分析全基因序列。结果CVB3KM06／2009病毒株全基因组全长7401bp个核苷酸（nt），5’端和3’端分别为743nt和100nt的非编码区，5’和3’非编码区间为一个6558nt长的开放读码框，编码一个含2185个氨基酸的多聚蛋白，编码区内未见核苷酸的插入或缺失。与GenBank库中CVB3Nancy原型株比较，其全基因组序列核苷酸同源性为81．4％，氨基酸同源性为95．7％；与无心肌毒力的临床分离株CVB3GA比较，其全基因组序列核苷酸同源性为80．7％，氨基酸同源性为96．4％；与历史同期国内临床分离株Beijing0811、SSM、GZ0803株比较，整个基因组的核苷酸同源性分别为98．1％、89．7％和88．4％，氨基酸同源性分别为99．4％、98．1％和98．1％。基于全基因组和全长VP1核酸序列的进化树图均显示，CVB3病毒株具有明显的时空聚簇分布特征。CVB3心肌毒力相关区域5’非编码区颈环结构1／RNA二级折叠结构分析结果表明，CVB3KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。结论基于基因分子生物信息学分析，与CVB3临床分离株比较，KM06／2009病毒株具有明显的心肌毒力倾向。
刘建生邵聪文潘玥陈俊英吉玛朱艳菊马绍辉
关键词：柯萨奇病毒B3全基因组
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