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用生物信息学方法筛选人类和大鼠共同肝癌相关基因被引量：1: 2012年; 目的应用生物信息学技术，对基因芯片产生的大量数据进行系统地挖掘和分析，筛选在人类和大鼠不同种属间肝癌发生发展过程中起关键作用的共同基因。方法首先通过文献检索，在GEO数据库中下载符合纳入标准的3套样本基因芯片数据。运用bioconductor和Rversion的2．10．1版本对已下载数据进行标准化处理，运用软件包affy中的RMA算法对affymetrix平台的原始数据进行背景校正、标准化和log2转换；然后用excel的TTEST函数计算每一个基因的显著性，用DAVID进行探针基因名称转换，建立基因名称与样本对应的表达数据表；最后再进行Meta分析计算人类及大鼠的共同差显基因，并通过DAVID中的KEGG库富集调控通路。结果共检出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同表达基因26个，其中5个为上调基因，21个为下调基因；富集出1条通路，即黏附斑通路，已有文献报道其与肝癌的发生发展密切相关。结论采用生物信息学方法可快速筛选出人类与大鼠肝癌发生发展过程中的共同关键基因以及与肝癌发生发展密切相关的通路。; 王云胡艳玲曹骥何敏; 关键词：生物信息学肝癌相关基因

基于质谱鉴定的肝癌标志物的血清iTRAQ分析被引量：7: 2011年; 目的:采用核素标记相对和绝对定量(isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ)技术分析已报道的基于质谱鉴定的肝癌标志物在血清中的表达水平。方法:通过PubMed查阅2003年1月-2010年8月发表的,采用差异蛋白筛选结合基质辅助激光解析/电离-飞行时间质谱技术(matrix-assisted laser desorption/ionization time-of-fight mass spectrometry,MALDI-TOF-MS)鉴定的有关肝癌生物标志物的文献;同时运用iTRAQ标记技术结合MALDI-TOF-MS串联质谱技术,对20例肝癌患者与20例健康对照的血清进行差异蛋白组学分析。将文献报道的肝癌标志物数据与肝癌血清差异蛋白组学数据进行比对。结果:通过文献检索共获得符合要求的文献22篇,涉及肝癌相关标志物262个。肝癌血清差异蛋白组筛选出表达有显著差异的蛋白51个,其中在肝癌血清中高表达差异蛋白23个,低表达差异蛋白28个;与文献报道吻合的标志物8个,其中与文献报道表达水平一致的差异蛋白为6个[α-1-抗胰蛋白酶(alpha-1-antitrypsin,AAT)、载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)、蛋白血浆铜蓝蛋白(ceruloplasmin,CP)、甲胎蛋白(alpha fetoprotein,AFP)、补体C3(complement C3,C3)和血清淀粉状蛋白P片段(serum amyloid P-component,APCS)]。结论:血清中鉴定获得的6个与文献报道一致的差异蛋白可能是潜在肝癌标志物,值得进一步深入探讨研究。; 张钦乐杨小丽李刚何晓臧宁胡艳玲张学荣何敏; 关键词：肝肿瘤核素标记串联质谱

核素标记分析乙型肝炎相关肝癌血清蛋白组及α2巨球蛋白的表达: 2013年; 本研究利用核素标记相对和绝对定量（isobaric tags for relative and absolute quantitation,iTRAQ）-基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱（ matrix-assisted laserdesorption/ ionization tandem time of flight massspectrometry, MALDI-TOF/TOF-MS）筛选血清样本中乙型肝炎相关肝细胞癌（hepatocellularcarcinomas，HCC）的差异蛋白，分析α2巨球蛋白在HCC、慢性乙型肝炎、肝硬化及健康对照者血清中表达水平的差异。一。; 何晓罗蓉李洪涛周怡李翠萍张维维黄惠妮廖明王云何敏; 关键词：Α2巨球蛋白血清样本核素标记基质辅助激光解吸电离蛋白组肝癌

利用亲和层析法检测乙酰化蛋白的研究: 2012年; 目的建立一种快速、相对定量检测乙酰化蛋白方法，并初步应用其检测药物作用后Jurkat细胞乙酰化总蛋白水平。方法用不同浓度的曲古菌素A（TSA）诱导Jurkat细胞蛋白高乙酰化后，利用抗乙酰化赖氨酸抗体亲和层析柱富集纯化乙酰化总蛋白，经酸洗脱后固定于酶标板，ELISA法检测乙酰化蛋白相对总量，并用基质辅助激光解吸电离串联飞行时间质谱仪（MALDI—TOF／TOF）分析验证其成分；同法检测不同浓度的没食子酸、大黄素、单乙酰化大黄素A三种药物作用Jurkat细胞后乙酰化总蛋白水平的变化，筛查诱导Jurkat细胞蛋白乙酰化药物。结果1μmol／LTSA作用于4×10^5Jurkat细胞24h，乙酰化总蛋白相对水平最高。MALDI—TOF／TOF分析显示，TSA诱导Jurkat细胞产生的乙酰化蛋白共有22种，其中15种为乙酰化组蛋白。没食子酸、大黄素、单乙酰化大黄素A作用Jut-kat细胞后所导致的乙酰化程度不同，以1μmol／L浓度TSA为阳性对照组，无药物为空白对照组，35．09μmol／L和17．54μmol／L大黄素处理的Jurkat细胞乙酰化蛋白相对水平分别为4．3％和14．2％；1．47μmol／L和2．94μmol／L没食子酸处理组乙酰化蛋白相对水平分别为28．7％和11．5％；152．91μmol／L和30．58μmol／L单乙酰化大黄素组分别为22．O％和3．6％；其中1．47μmol／L没食子酸所诱导的乙酰化蛋白水平最高。结论初步建立了活细胞基础上纯化富集并检测乙酰化总蛋白水平的方法，该法可快速、简便的筛选以组蛋白去乙酰化酶为靶点的抗癌药物。; 郑力钟艳平萧浩周怡罗蓉李洪涛李刚廖明何敏; 关键词：组蛋白类曲古菌素A 色谱法亲和 JURKAT

乙腈、乙醇、色谱柱去除血清高丰度蛋白方法的比较被引量：3: 2012年; 目的比较乙腈沉淀法、乙醇沉淀法和多重亲和去除色谱柱Human 14法去除人血清中高丰度蛋白的效果。方法应用乙腈沉淀法、乙醇沉淀法和多重亲和去除色谱柱Human 14法对血清样品进行处理,Bis-Tris Mini Gels电泳和双向凝胶电泳检测去除高丰度蛋白的效果。结果从一维胶电泳图灰度值分析,血清经过乙腈法、色谱柱法、乙醇法处理后,白蛋白条带灰度值由原血清的19分别变成157.2,40.8和8.2;从2-DE电泳图分析看出,多重亲和去除色谱柱Human 14法处理后的蛋白点数显著增多,比原血清增加了137个;乙腈法和乙醇法处理后虽然蛋白点减少了,却有低丰度蛋白质点显现出来。结论乙腈沉淀法能在去除血清中高丰度蛋白的同时收获更多的10kD以下的小分子量蛋白;乙醇沉淀法虽然能去除部分高丰度蛋白,但小分子量蛋白的收获量较少;而多重亲和去除色谱柱Human 14法不仅能有效地去除血清中高丰度蛋白的干扰,且保留了大量的小分子量蛋白。; 李茵廖明何晓周怡罗蓉李洪涛王云何敏; 关键词：血清高丰度蛋白

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国家自然科学基金(30960332)

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