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结核分枝杆菌利福平耐药基因rpoB突变特征初步分析被引量：22: 2006年; 目的阐明结核分枝杆菌利福平耐药株rpoB基因突变特点。方法对110株结核分枝杆菌临床分离株包括rpoB基因利福平耐药决定区(RRDR)81个碱基在内的286 bp片段进行聚合酶链反应-单链构象多态性(PCR-SSCP)分析,并对经检测显示有突变的结核分枝杆菌rpoB基因此扩增区域进行序列测定。其中利福平耐药株73株,非利福平耐药株11株,敏感株26株。结果PCR-SSCP检测显示利福平耐药株中有47株有突变存在,经直接测序分析其中76．6%的菌株存在rpoB基因的单位点突变,主要集中在531位(61．1%)和526位(25．0%)；联合突变发生率为23．4%。此外,经PCR-SSCP检测,11株非利福平耐药株中2株有突变存在,26株敏感株中1株有突变存在。经直接测序分析突变涉及位点为511位、526位和535位。结论rpoB基因耐药决定区发生突变是结核分枝杆菌利福平耐药的主要原因,其中531位丝氨酸和526位组氨酸是最常见的突变位点。; 刘敬华张丽水刘志广黄明翔赵秀芹王琳万康林; 关键词：结核分枝杆菌耐药聚合酶链反应-单链构象多态性

多位点可变串联重复序列技术用于西藏地区结核分枝杆菌基因分型的初步研究被引量：12: 2007年; 目的初步探讨多位点数目可变串联重复序列（MLVA）技术在西藏地区结核分枝杆菌基因分型中的应用和初步了解西藏地区结核分枝杆菌数目可变串联重复序列（VNTR）基因型种类及其分布。方法在拉萨、山南、林芝、日喀则、那曲、昌都6个地区结核病防治中心收集结核分枝杆菌临床分离菌株,设计引物,采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分枝杆菌20个VNTR位点进行检测,并通过BioNumerics 4．5软件进行DNA指纹图谱多态性分析。结果共收集到217株结核分枝杆菌,分为19个不同的VNTR基因型,其中以Ⅺ型为主要基因型占87．6%（属于北京家族）,其次Ⅵ型、ⅩⅤ型、ⅩⅥ型各占1．38%,Ⅰ型、Ⅶ型、ⅩⅢ型各占0．92%,12株结核分枝杆菌为单一的基因型。不同地区之间,以Ⅺ型为主要基因型,分别占各地区的86．8%、91．3%、78．95%、88．2%、95．05、89．3%。结论西藏地区的结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为VNTRⅪ型（即北京家族基因型）,初步研究结果显示北京家族基因型与卡介苗接种和耐药性无相关性。MLVA分型方法简单、快速,可以有效地用于结核分枝杆菌的基因分型和病原监测。; 石荔范昕建万康林; 关键词：结核分枝杆菌基因分型

结核分枝杆菌西安分离株北京家族基因型检测及其耐药相关性研究被引量：13: 2008年; 目的了解西安市结核分枝杆菌临床分离株的耐药情况及其与北京家族基因型(Beijing Family)的相关性,为有效防治结核病提供依据。方法对临床分离结核分枝杆菌采用绝对浓度法进行药物敏感性检测。间隔寡核苷酸分型(Spoli-gotyping)方法进行北京家族基因型鉴定。结果统计学分析采用χ2检验。结果104株结核分枝杆菌对4种一线抗结核药物,异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB),全部敏感的菌株为71株(68.3%);耐药菌株33株(31.7%),其中,单耐药菌株12株(11.5%),耐多药菌株21株(20.2%)。结核分枝杆菌对4种一线药物INH、RFP、SM和EMB的耐药率分别为24.04%(25/104)、18.69%(19/104)、16.34%(17/104)和2.88%(3/104)。104株结核分枝杆菌中北京家族基因型(BeijingFamily)占全部菌株的83.7%,非北京家族基因型占16.3%。87株北京家族基因型菌株中耐药菌株28株(32.18%),敏感菌株59株(67.82%),而17株非北京家族基因型菌株中耐药菌株5株(29.41%),敏感菌株为12株(70.59%)。经统计学分析其差异无统计学意义(χ2=0.05,P>0.05)。结论西安市分枝杆菌的耐药情况较为严重。结核分枝杆菌北京家族基因型与耐药性之间无明显相关性。; 刘志广张选民张媛媛曾令城吕冰王西临赵秀芹杜新玲韩跃玲万康林; 关键词：结核分枝杆菌基因分型

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究被引量：19: 2007年; 目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。; 蒋毅张丽水赵秀芹黄明翔刘志广王琳董海燕万康林; 关键词：结核分枝杆菌基因分型

13个VNTR位点用于113株结核分支杆菌的基因分型研究被引量：10: 2006年; 目的应用数目可变串联重复序列(VNTR)分子分型技术,对北京地区113株肺结核临床分离菌株进行分型研究,探讨北京地区菌株DNA多态性和基因型特征。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳技术对结核分支杆菌13个VNTR位点进行检测,并应用Gel-Pro analyzer 3．1软件和BioNumerics 3．0软件进行结果分析。结果113株结核分支杆菌可分为4个基因型(分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ和Ⅴ型),其中Ⅰ型占92．0％(104／113),其他3型所占比例很小,分别为Ⅱ型占4．4％(5／113),Ⅳ和Ⅴ型均为1．8％(2／113),而标准菌株H37Rv在分型中为独立的一个基因型,即Ⅲ型。结论北京地区的结核分支杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅰ型。; 曹晓慧蒋毅张媛媛刘志广赵秀芹金秀琴韩宝龙徐瑞兴刘敬华吕晶薛小洛万康林; 关键词：结核分支杆菌基因分型聚类分析

间隔区寡核苷酸分型和多位点可变数量串联重复序列分析在结核分枝杆菌基因分型中的应用被引量：4: 2007年; 目的评价间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法收集224株结核分枝杆菌临床分离株，分别采用Spoligotyping及MLVA方法进行基因分型，比较两种方法的分型效果，评价两种方法在结核分枝杆菌基因分型中的应用。结果使用Spoligotyping方法，224株结核分枝杆菌呈现出55种基因型，39株具有独特的基因型，其余185株菌呈现出16种基因型；使用MLVA方法时，224株结核分枝杆菌呈现出160种基因型，132株具有独特的基因型，余下的92株菌呈现出28种基因型；当两种方法联合使用时，224株结核分枝杆菌呈现出179种基因型，159株结核分枝杆菌具有独特的基因型，余下的65株菌表现为20种基因型。湖南省和安徽省的菌株中北京家族菌株所占的比例差异有统计学意义（P〈0．001），安徽省北京家族菌株所占的比例明显高于湖南省。结论MLVA在结核分枝杆菌株水平的鉴定方面，其分辨能力高于Spoligotyping，但是Spoligotyping在鉴定北京家族菌株和M.bovis方面有一定的优势。将Spoligotyping方法作为一线分型技术，MLVA作为二线分型技术联合应用时，将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。不同地区的菌株有不同的特点。; 董海燕刘志广赵秀芹阳波万康林; 关键词：结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型基因分型

VNTR技术用于安徽省耐药结核分支杆菌基因分型的初步研究被引量：6: 2005年; 目的探讨VNTR(variable number of tandem repeat)技术在安徽省耐药结核分支杆菌基因分型中的应用。方法初步选取13个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测耐药结核分支杆菌DNA指纹多态性的方法,分析耐药结核分支杆菌DNA多态性。结果共对78株耐药结核分支杆菌的13个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(Ⅰ型、Ⅱ型、Ⅲ型、Ⅳ型),分别为Ⅰ型3.8%(378)、Ⅱ型6.4%(578)、Ⅲ型10.3%(878)、Ⅳ型所占比例最大,为79.5%(6278)。在Ⅳ型菌中,耐药菌株主要为耐多药(结核分支杆菌至少耐异烟肼和利福平两种药)和单耐利福平菌株,其所占比例分别为45.8%和22.6%。结论本资料分析表明,安徽省耐药结核分支杆菌的传播似以Ⅳ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。; 董海燕王庆刘志广赵秀芹万康林; 关键词：结核分支杆菌耐药基因分型 VNTR位点 DNA多态性

IS6110限制性片段多态性分析标准方法的建立及其在结核分枝杆菌分子分型中的应用被引量：5: 2008年; 目的建立IS6110限制性片段多态性分析（IS6110一RFLP）标准方法并评价该方法的分型能力。方法采用核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等技术，结合Gel—Proanalyzer3．1和BioNumerics（Version5．0）软件，对78株结核分枝杆菌插入序列IS6110-RFLP进行分析。结果确定标准化的IS6110-RFLP技术，包括核酸提取、PCR、限制性内切酶分析、Southern杂交、琼脂糖凝胶电泳等实验步骤及标化参数的相关数据分析软件的使用；采用该技术，将78株结核分枝杆菌分为75个不同的基因型，分别归属于11个基因簇，其中有52株归属于同一个基因簇，占菌株总数的66．7％（52／78）。结论建立标准化的IS6110-RFLP技术方案，该方法具有很强的基因分型和株水平鉴定能力，可用于结核病的病原学监测。; 刘敬华Kristin KremerChristine PourcelArnout Mulder刘志广赵秀芹万康林; 关键词：结核分枝杆菌

IS6110-RFLP、Spoligotyping和MLVA在结核分枝杆菌基因分型中的应用研究被引量：10: 2007年; 目的评价156110限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）、间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）及多位点可变数量串联重复序列分析（MLVA）3种方法在结核分枝杆菌基因分型研究中的应用。方法分别采用IS6110-RFLP、Spoligotyping及MLVA对40株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型研究，比较3种方法的分型效果。结果使用IS6110-RFLP方法，40株结核分枝杆菌呈现出35种基因型，33株具有独特的基因型；使用Spoligotyping方法，40株结核分枝杆菌呈现出17种基因型，11株具有独特的基因型；使用MLVA方法时，40株结核分枝杆菌呈现出34种基因型，29株具有独特的基因型；当3种方法联合使用时，40株结核分枝杆菌呈现出39种基因型，38株具有独特的基因型。结论 MLVA和IS6110-RFLP方法的分辨率高于Spoligotyping，但是对于IS6110单拷贝或低拷贝的菌株，MLVA方法的分辨率要高于IS6110-RFLP。MLVA、IS6110-RFLP和Spoligotyping联合应用可有效地进行结核病的流行病学调查和病原学监测。; 董海燕谭云洪刘志广赵秀芹阳波万康林; 关键词：限制性片段长度多态性间隔区寡核苷酸分型基因分型结核分枝杆菌

MLVA和Spoligotyping用于西藏地区216株结核分枝杆菌临床分离株的基因分型研究被引量：19: 2007年; 目的评价间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数量串联重复序列分析(MLVA)两种分型方法在西藏地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集西藏地区结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis)临床分离株,应用Spoligotyping及MLVA两种分型方法进行比较分析。结果共在西藏地区收集到216株结核分枝杆菌临床分离株,采用Spoligotyping分型方法,216株菌可分为3个基因群13种基因型,其中最大的1个基因群即北京家族(Beijing family)含有195株菌,占90.28%。北京家族菌株中,有BCG接种史者占45.64%(89/195),无BCG接种史者占54.36%(106/ 1195),两者间的差异无统计学意义(x^2=0.059,P>0.05)。采用MLVA分型方法,216株菌可分成19个基因群108种基因型,其中80种基因型只有1株菌,占37.03%(80/216),另有136株菌表现出28种基因型,成簇数为28,占62.96%(136/216)。在20个VNTR位点的等位基因多态性发现Miru31位点的多态性最高,多态性指数(h)达到0.77,而Mtub29、Mtub12位点的多态性较差,都低于0.05。其中Mtub02位点可鉴别北京家族和非北京家族,它鉴别的北京家族与Spoligotyping鉴别的北京家族符合率达到100%。结论西藏地区结核分枝杆菌具有明显的接引多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与BCG接种无相关性。应用Spoligotyping和MLVA两种分型方法进行结核病流行病学研究,将提高结核病的流行病学调查和病原学监测效果。; 石荔杨敏Christine Pourcel董海燕尼玛彭多张嫒媛朗珍吕冰蒋毅魏淑贞范昕建万康林; 关键词：结核分枝杆菌间隔区寡核苷酸分型基因分型

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