沈阳市科学技术计划项目(1091172-1-05)
- 作品数：2 被引量：4H指数：2
- 相关作者：姚志斌赵宇张劲松宁远曲勃更多>>
- 相关机构：中国医科大学中国医科大学附属第四医院更多>>
- 发文基金：沈阳市科学技术计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 人晶状体蛋白的质谱分析被引量：2
- 2010年
- 目的:应用质谱法检测人晶状体蛋白质组成。方法:完整晶状体预分离后再通过1D SDS-PAGE凝胶分离晶状体蛋白质,依照考马斯亮蓝染色后的结果分成条带后进行胶内酶解,酶解后的肽段通过反相液相色谱再次分离,用线性离子阱串联质谱仪(LTQ)对洗脱出的肽段进行分析。运用生物信息学方法分析鉴定出的蛋白质。结果:共鉴定出人晶状体蛋白质574种,许多未知蛋白和蛋白亚型被鉴定出,相似于某种蛋白有38种,不确定蛋白有56种,没有特征的蛋白有27种,已知分子质量但不知功能蛋白有42种。通过生物信息学分析实验鉴定出的晶状体蛋白质数据,获得晶状体蛋白质一些重要代谢过程的结果。结论:提供大量未知人晶状体蛋白质数据及其代谢过程。
- 姚志斌曲勃赵宇张劲松
- 关键词：电泳反相高效液相色谱质谱法生物信息学
- 液相色谱-线性离子阱串联质谱法检测人正常晶状体水溶性蛋白质被引量：3
- 2011年
- 目的检测和分析人正常晶状体水溶性蛋白质的组成和功能。方法通过聚丙烯酰胺凝胶和液相色谱分离晶状体中的水溶性蛋白质,应用线性离子阱串联质谱仪鉴定蛋白质。运用基因本体论(geneontology,GO)对鉴定出的蛋白质的表达功能进行富集和缺失分析。结果鉴定出人正常水溶性晶状体蛋白质242个,包括许多酶类等重要的功能性蛋白。鉴定出的晶状体水溶性蛋白质参与细胞组成显示富集结果有:眼晶状体结构组成、细胞质、细胞内、细胞内部件、细胞骨架;参与分子功能显示富集结果有:催化活性、结构分子活性、氧化还原酶活性、异构酶活性;参与生物过程显示富集结果有:糖酵解、戊糖磷酸旁路、细胞大分子分解代谢过程、NADP代谢过程、烟酰胺代谢过程、吡啶核苷酸代谢过程、NADPH再生、细胞成分结构和生物合成的调节、以微管为基础的过程。运用GO分析结果表明,鉴定出蛋白质的功能与晶状体正常的生理活动密切相关,进一步证实鉴定结果的可靠性。结论线性离子阱串联质谱仪在晶状体水溶性蛋白质鉴定方面显示独特的优势。采用基于GO的功能分析等生物信息学分析方法是对蛋白质组学研究的有益补充。
- 姚志斌宁远赵宇张劲松
- 关键词：生物质谱生物信息学
