国家自然科学基金(30371253)
- 作品数：11 被引量：81H指数：6
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 几种差异基因分析方法及筛选效果的比较被引量：1
- 2008年
- 目的比较六种差异基因筛选方法的使用效果及适用性。方法用Monte-Carlo方法产生不同类型的模拟数据,分别用不同的方法计算、评价其优劣。结果多数情况下SAM法和稳健t检验表现出了最优的筛选能力,SAM-ROC法则表现出更好的稳定性。结论几种方法都能够有效地用于基因筛选,但各自的适应条件不同,综合看SAM法是基因筛选的首选方法,随机森林方法则具有较大的研究价值。
- 赵发林闫晓光李康
- 关键词：微阵列数据基因筛选
- 支持向量机在基因表达数据分类中的应用研究被引量：11
- 2007年
- 目的探讨支持向量机在基因表达数据分类研究中的应用条件和效果。方法使用支持向量机软件包,通过实际基因表达数据考核其应用效果,并通过模拟试验进一步验证和研究在含有大量无差异表达基因情况下对分类产生的影响。结果对四种疾病的真实基因表达数据的分类取得了良好的效果,模拟试验则显示了支持向量机对分类具有较高的准确性,但随无差异基因数量的增加其分类效果呈明显下降的趋势;在类间分离一定的情况下,差异表达基因数目较多、基因之间具有较高的相关性时,更容易获得好的分类效果。结论支持向量机在解决小样本、非线性及高维问题中表现出许多潜在的优势,可以有效地用于分析基因表达数据的分类问题。
- 武振宇李康
- 关键词：支持向量机基因表达数据
- 基因表达数据判别分析的随机森林方法被引量：22
- 2006年
- 目的探讨随机森林算法在基因表达数据分类研究中的应用。方法通过实际基因表达数据考核其应用效果,并通过模拟试验进一步验证和研究在存在大量无差异表达基因情况下对分类产生的影响。结果随机森林算法对基因表达数据的分类具有较高的准确性,但随着基因数量的增加其判别效果呈下降的趋势,在差异表达基因之间具有相关性时,下降趋势明显减慢,能够获得较理想的分类效果。结论随机森林算法对基因表达数据的分类研究有较好的判别效果。
- 武晓岩李康
- 关键词：分类树基因表达数据
- 临床新药试验中非劣效性检验界值的确定方法被引量：6
- 2008年
- 侯艳武振宇李康
- 关键词：非劣效性新药试验界值试验药物
- Identification of differential gene expression for microarray data using recursive random forest被引量：8
- 2008年
- 背景在 DNA microarray 数据的研究的主要困难与象复杂数据结构一样的样品的相对小的数字相比是基因的大数字。随机的森林最近收到了许多注意；它的主要特征是它能与高维数从数据形成一个分类模型。然而，自从它被无差别的基因仍然影响，最佳的结果不能为基因选择被获得。我们建议了递归的随机的森林分析并且把它用于基因选择。方法递归的随机的森林，是随机的森林的改进，在一步一步地根据某个算法，没在分类上有效果的基因落下以后获得最佳的区分的基因。方法有随机的森林的优点并且也提供基因重要性规模。在操作特征(巨鸟) 曲线的接收装置的曲线(AUC ) 下面的区域的价值，它综合敏感和特性的信息，为评估这个方法的表演作为关键标准被采用。纸的焦点是通过五 microarray 数据集的分析用递归的随机的森林验证基因选择的有效性；结肠，前列腺，白血病，胸和皮数据。结果五 microarray 数据集被分析，更好的分类结果在基因选择以后用仅仅 fewgenes 被达到了。从胸和皮肤数据的选择基因的生物信息根据生物工学信息(NCBI ) 的国家中心被证实。结果证明与疾病联系的基因能有效地由递归的随机的森林被保留。结论递归的随机的森林能有效地被用于 microarray 数据分析和基因选择。在最佳的模型的保留的基因提供重要信息为临床诊断并且疾病的生物机制的研究。
- WU Xiao-yan WU Zhen-yu LI Kang
- 关键词：DNA基因选择随机性
- Issues on the selection of non-inferiority margin in clinical trials被引量：3
- 2009年
- 客观非低劣边缘的决心是直接影响新药的可接受程度的一个重要、糊涂的问题。我们考察了出版文学，为为为专利药用的产品( CPMP )的人的使用( ICH )指南和委员会的药品的登记的技术要求的调和化上的国际会议在在临床的试用的非低劣边缘和相应统计测试的选择上糊，为了为在 China.Data 为非低劣边缘建立参考书标准提供实际建议和建议，在 th 上采购文学起点(1990 ) 由于在 1990 以前出版的如此的论文的缺乏被选择。这文学经由 PubMed， Medline 和中国知识信息(CNKI ) 被寻找。ICH 指南和 CPMP 论文从他们的正式网站被下载。关键词“临床的试用”，“非低劣”和“非低劣边缘”是 used.Study 选择 43 原来的文章和批评评论， ICH E10 指南和 CPMP 论文是 selected.Results 与处理差别和比率测试的非低劣通常被使用，在非低劣边缘有或没有历史的数据是坚定的的地方。传统地，当发达方法在这边缘，测试取决于的决心考虑变化时，这边缘被当作固定价值是更有说服力的。基于处理差别由边缘组成的混合边缘和边缘确切在理想的水平基于处理比率罐头控制类型错误并且获得更好的力量。在这评论，我们也除标准控制和安慰剂效果的大小和可变性以外在西方的国家和 China.Conclusions 为非低劣边缘的选择提供一些建议和建议，边缘的决心取决于另外的因素，例如，二比较治疗，管理的方法和产品费用的安全侧面。因此边缘应该为某个盒子明确地被做。为不同的药的参考书标准应该被给避免任意的结论。
- HOU Yan WU Xiao-yan LI Kang
- 关键词：非劣效性PUBMED安慰剂效应
- 诊断试验ROC参数估计双正态样本量估计方法探讨被引量：3
- 2006年
- 目的探讨ROC双正态样本量估计方法的准确性。方法通过Monte Carlo方法对ROC双正态样本量估计法进行评价与修正。结果根据模拟试验结果得到双正态样本量估计法的校正公式及修正曲线。结论采用文中给出的样本量调整方法,可以有效地进行样本量估计,达到诊断试验评价的要求。
- 谷红梅李康
- 关键词：ROC分析参数估计
- 临床试验评价的ROC分析方法被引量：13
- 2007年
- 目的探讨新药临床试验效果的评价问题,给出一种新的统计分析方法。方法基于ROC分析给出多变量ROC模型,采用有序logit联系函数,利用SAS软件进行参数估计,得到有协变量及交互作用情况下的ROC曲线方程及曲线下面积。结果采用文中给出的方法,可以有效地扣除协变量的影响,用ROC曲线直观地评价药物之间的差别和作用。结论本文提供的方法能够更有效地对临床试验做出客观和准确的评价。
- 赵发林侯艳李康
- 关键词：ROC分析有序LOGIT模型
- 连续变量诊断试验数据的ROC分析被引量：5
- 2007年
- 目的介绍一种连续诊断变量的ROC回归模型,以及在独立和相关结构下的参数估计方法,给出参数误差估计的Bootstrap方法。方法应用SAS软件中的GENMOD过程和SAS语言编写的程序实现上述过程,并通过实例说明其应用效果。结果利用ROC曲线方程,可以扣除协变量对诊断试验结果评价的影响,并能够计算出在不同协变量取值下的ROC曲线下面积,提供更为丰富和可靠的信息。结论文中给出的ROC回归模型可以有效地用于连续变量诊断试验数据的ROC分析。
- 李康
- 关键词：ROC分析
- 基因表达数据的随机森林逐步判别分析方法被引量：14
- 2007年
- 目的给出一种新的随机森林算法,它能在建模过程中自动对变量进行筛选,建立“最优”判断模型。方法采用变量重要性评分和逐步迭代算法选择有作用的变量;通过实际基因表达数据考核其应用效果,并使用R语言编程做模拟试验验证其有效性。结果三种疾病基因表达数据的判别模型,在包含很少量的基因情况下便获得了理想的分类效果;模拟试验则显示在类间区分度较大的情况下,随机森林逐步判别分析的效果明显,能有效地将有作用的变量保留在模型中,提高模型的判别效果;在类间区分度不够大的情况下分类效果提高不明显。结论随机森林逐步判别分析可以有效地应用于基因表达数据的基因筛选和分类研究,但要特别注意由随机波动对分析结果造成的影响。
- 武晓岩闫晓光李康
- 关键词：基因表达数据基因筛选
