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甘肃省教育厅研究生导师科研项目(1102-04): 作品数：11 被引量：51H指数：4; 相关作者：杜晓华刘霞罗玉柱孙雪婧曹亮更多>>; 相关机构：甘肃农业大学甘肃省草食动物生物技术重点实验室河南农业职业学院更多>>; 发文基金：甘肃省教育厅研究生导师科研项目甘肃省高等学校基本科研业务费项目甘肃省自然科学基金更多>>; 相关领域：农业科学生物学更多>>

甘南牦牛NGB基因的克隆及序列分析被引量：18: 2013年; 【目的】对甘南牦牛NGB基因进行克隆和序列分析,同时探讨NGB的生理功能。【方法】采用TA克隆法克隆甘南牦牛NGB基因,运用多种软件对其基因序列及编码产物的结构、功能进行了生物信息学分析。【结果】甘南牦牛NGB基因全长3 844bp,包括4个外显子和3个内含子,其内含子中存在2个反向重复序列和1个正向重复序列;牦牛NGBCDs区全长456bp,其编码产物是由151个氨基酸残基组成的可溶性蛋白质,分子质量约为16 876.36u,理论等电点为4.86,推测NGB编码产物可能在牦牛物质运输和结合、能量代谢等过程中发挥着重要作用;系统发育树分析表明,甘南牦牛NGB与牛、藏羚羊等物种之间存在较高的同源性。【结论】甘南牦牛NGB基因的成功克隆,为进一步研究牦牛NGB的遗传特性和生理功能奠定了基础。; 石宁宁杜晓华罗玉柱曹亮刘霞; 关键词：甘南牦牛脑红蛋白基因克隆生物信息学分析

甘南牦牛CYGB基因的克隆及生物信息学分析: 2015年; 【目的】探讨甘南牦牛CYGB基因的分子结构特征及生理功能。【方法】提取甘南牦牛血样基因组DNA,以其为模板PCR分段扩增后拼接得到CYGB基因,测序后进行生物信息学分析。【结果】克隆出甘南牦牛CYGB基因,其长度为8 484bp,含有4个外显子和3个内含子,外显子长度分别为143,232,164和34bp,内含子长度分别为5 175,280和2 379bp,可编码190个氨基酸残基,氨基酸编码存在明显的密码子偏倚现象。与普通牛相比较,甘南牦牛CYGB基因存在73处核苷酸变异位点,其中2处发生在外显子2区域,氨基酸序列未发生改变;71处发生在内含子区域。甘南牦牛CYGB拥有"three-over-three"类型的螺旋"三明治"折叠结构。系统发育树分析表明,甘南牦牛CYGB与黄牛、绵羊等物种之间存在较高的同源性。【结论】成功克隆了甘南牦牛CYGB基因,为进一步研究牦牛CYGB的遗传特性和生理机制奠定了基础。; 娄延岳杜晓华罗玉柱刘霞张磊; 关键词：甘南牦牛胞红蛋白基因生物信息学

成年牦牛几种主要组织细胞中胞红蛋白的分布被引量：2: 2014年; 为了探讨胞红蛋白(CYGB)在成年牦牛不同组织细胞中的分布特征,选择健康成年牦牛8只,利用免疫组织化学染色SP法观察CYGB在成年牦牛不同组织细胞中的分布特征。结果显示,CYGB在成年牦牛大脑和小脑皮质部与髓质部、脊髓、肾上腺皮质部、垂体、松果体、胰岛、睾丸、附睾、卵巢、子宫、胃、肠、肝、唾液腺、心肌、骨骼肌、脾、肺和肾等组织细胞中均有表达,CYGB免疫阳性物质主要定位于细胞质。此外,在牦牛皱胃胃底腺、小肠腺以及十二指肠腺分泌细胞中也发现有CYGB阳性表达。在肾上腺髓质部和肾的肾小球内未见CYGB阳性表达。结果表明,CYGB在成年牦牛多种组织细胞中广泛分布,CYGB在这些组织的氧利用及功能活动中发挥作用。; 谢媛媛刘霞李同方娄延岳曹亮杜晓华; 关键词：胞红蛋白免疫组织化学牦牛

甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传变异研究: 2015年; 旨在对甘肃河西的临泽、甘州、武威、金昌、高台5个地区283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子的遗传多态性及变异特征进行系统分析,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第3外显子和部分内含子的多态性,且对群体内各等位基因进行了测序。结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为5种基因型(AA、AB、AC、AD、AE)。其中甘州、武威、金昌西门塔尔杂交类群NGB基因均只检测到AA、AB 2种基因型,高台西门塔尔杂交类群检测到AA、AE 2种基因型,临泽西门塔尔杂交类群检测到AA、AB、AC、AD 4种基因型。A等位基因和AA基因型的频率在5个群体中最高,为优势基因和优势基因型。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现6个核苷酸突变位点(75 bp C→T,78 bp C→G,128 bp G→A,214 bp G→A,232 bp C→T,233 bp G→A),其中第75 bp和第78 bp处的突变位点位于内含子区域,其余4处突变位点均位于外显子区域。第214 bp处的核苷酸突变导致甘氨酸(Gly)突变为丝氨酸(Ser),第232 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为色氨酸(Trp),第233 bp处核苷酸突变导致精氨酸(Arg)突变为谷氨酰胺(Gln),经χ2检验结果显示,5个地区的西门塔尔杂交类群在此3个突变位点上都处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、武威、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.0582、0.0196、0.0196、0.0161、0.0159,均属于低度多态(PIC<0.25)。; 梁春花刘霞孙雪婧罗玉柱高雪晋杜晓华; 关键词：外显子

天祝白牦牛NGB基因的克隆及生物信息学分析被引量：21: 2013年; 为探讨天祝白牦牛NGB基因的分子结构特征,通过PCR扩增和测序技术,以及生物信息学分析工具,对NGB基因进行克隆、测序及相关生物信息学分析。结果表明:天祝白牦牛NGB基因长3 840bp,含有4个外显子和3个内含子,可编码151个氨基酸。氨基酸编码存在明显的密码子偏倚现象。与黄牛相比较,白牦牛NGB基因第3内含子存在2个碱基的缺失,氨基酸序列的第83和第97位分别发生(S→P)和(R→Q)的改变。天祝白牦牛NGB基因的成功克隆为进一步研究牦牛NGB的遗传特性和生理机制奠定了基础。; 李盛杰杜晓华罗玉柱刘霞; 关键词：天祝白牦牛脑红蛋白基因生物信息学

脑红蛋白在成年牦牛脑中的表达研究被引量：3: 2015年; 【目的】探寻脑红蛋白(Neuroglobin,NGB)在成年牦牛脑不同部位中的分布特征。【方法】选择健康成年牦牛8只,宰杀后取其大脑皮质、小脑皮质、海马、延髓、纹状体及嗅球等部位的脑组织,利用免疫组织化学染色SP法和实时荧光定量PCR技术,对NGB在成年牦牛脑不同部位中的分布特征及定量关系进行观察与检测。【结果】NGB在成年牦牛脑不同区域的表达强弱有明显差异,在大脑皮质中NGB基因的相对表达量(262.69±9.19)极显著高于小脑皮质(137.00±7.29)、海马(1.00±0.22)、延髓(3.43±0.76)、纹状体(7.65±0.61)及嗅球(2.14±1.22)。【结论】NGB在成年牦牛脑不同部位中高表达,提示NGB在脑组织的氧利用及功能活动中发挥着重要作用。; 李同方刘霞刘霞孙雪婧; 关键词：脑红蛋白免疫组织化学实时荧光定量PCR 牦牛

牦牛FAM134B基因CDS区克隆与生物信息学分析被引量：2: 2015年; 为了丰富牦牛FAM134B基因研究的基础数据,进一步探讨FAM134B基因的生理功能,通过PCR扩增和测序技术并结合生物信息学分析软件,对牦牛FAM134B基因进行克隆、测序以及相关生物信息学分析。克隆获得1 079 bp的牦牛FAM134B基因,其中CDS区全长1 071 bp(Gen Bank登录号:KM587693),编码356个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对,牦牛FAM134B基因在CDS区存在3个碱基突变,其中第727位上碱基C→T的突变导致密码子CCC→TCC,使编码的氨基酸由脯氨酸变成丝氨酸。牦牛FAM134B基因编码蛋白的分子式为C1705H2686N448O575S13,分子量为39.077 5 k Da,理论等电点(p I)为4.46,消光系数为24 450。不稳定系数为46.85,疏水指数为79.47,平均亲水性为-0.439,属不稳定可溶性酸性蛋白质。二级结构以无规卷曲和α-螺旋为主,其中α-螺旋占23.88%,无规卷曲占74.72%,属混合类蛋白质。亚细胞定位结果显示:FAM134B编码的蛋白在内质网、细胞质膜、空泡、细胞核、高尔基体、细胞骨架和线粒体中分别占30.4%,21.7%,17.4%,17.4%,4.3%,4.3%,4.3%,推测其可能在物质的运输以及辅因子的生物合成等过程中发挥离子通道载体以及信号转导和转录调控的作用。系统发育树分析表明,牦牛FAM134B氨基酸序列与普通牛、绵羊、小鼠、褐家鼠、猕猴、黑猩猩、人、非洲爪蟾的FAM134B氨基酸序列的同源性分别为99.7%,97.2%,87.1%,86.8%,90.4%,90.2%,90.4%,57.9%,物种间的同源性较高,其系统进化的情况与亲缘关系的远近相一致,说明FAM134B基因的编码区在进化的过程中比较保守。FAM134B基因的成功克隆和分析为揭示牦牛FAM134B基因的遗传特性提供了理论依据。; 曾国敏杜晓华杨阳梁春花孙雪婧刘霞; 关键词：牦牛生物信息学分析

脑红蛋白在成年牦牛不同组织细胞中的分布被引量：8: 2013年; 目的探讨脑红蛋白(NGB)在成年牦牛不同组织细胞中的分布特征。方法选择健康成年牦牛8只,利用免疫组织化学染色SP法,观察NGB在成年牦牛不同组织细胞中的分布特征。结果在成年牦牛体内,NGB主要表达于神经细胞,肾上腺、腺垂体及胰岛组织细胞,雄性生殖系统睾丸、睾丸输出小管及附睾管上皮细胞。NGB免疫阳性物质定位于细胞质。本研究在哺乳动物消化系统皱胃胃底腺分泌细胞及十二指肠腺分泌细胞中发现有NGB阳性表达。结论 NGB在牦牛神经系统、内分泌系统、生殖系统以及消化系统组织细胞中有高表达,提示NGB在这些组织的氧利用及功能活动中发挥作用。; 曹亮刘霞石宁宁李盛杰杜晓华; 关键词：脑红蛋白免疫组织化学牦牛

牦牛CYGB基因CDS区克隆与生物信息学分析被引量：27: 2014年; 【目的】丰富牦牛CYGB基因研究的基础数据,对牦牛CYGB基因的CDS区进行克隆和生物信息学分析。【方法】提取牦牛大脑海马区组织的总RNA并运用RT-PCR技术反转录为cDNA,并根据GenBank中普通牛CYGB基因cDNA序列(GenBank登录号:DV874786.1),使用Primer3.0在线软件设计特异性引物,运用PCR扩增技术、TA克隆技术和核酸测序技术获得CYGB基因的完整CDS区序列及部分5′端和3′端UTR区,并使用ProtParam、PredictProtein、SWISS-MODEL等在线分析软件与Lasergene7.1软件包分析CYGB的一级结构、二级结构、三级结构与理化性质,并进行同源性分析及构建系统进化树;利用PyMol软件修饰并输出三维结构;使用在线亚细胞定位工具PSORT II Prediction预测蛋白质的亚细胞定位;使用Protfun软件对蛋白质的功能进行预测分析。【结果】克隆获得牦牛CYGB基因650 bp,包括CDS区573 bp(GenBank登录号:KF669898),碱基组成为A 20.59%、T 16.40%、G 33.33%、C 29.67%,编码190个氨基酸残基组成的蛋白质。与普通牛比对,牦牛CYGB基因在CDS区存在4个碱基突变,同源性为99.3%,这个突变未导致氨基酸序列的改变,4个突变均属同义突变。牦牛CYGB基因编码蛋白的分子式为C964H1513N263O278S7,分子量约为21.5 kD,理论等电点(pI)为6.32,消光系数为24075,不稳定系数为48.43,疏水指数为83.63,平均亲水性为-0.301,属不稳定可溶性酸性蛋白质,在哺乳动物网织红细胞内的半衰期为30 h。二级结构以α-螺旋和无规卷曲为主,其中α-螺旋占64.21%,无规卷曲占35.79%,属全α类蛋白质。三级结构是一个呈"three-over-three"三明治夹心型的α-螺旋折叠结构。亚细胞定位CYGB分布在细胞质(65.2%)、细胞核(17.4%)、线粒体(13.0%)、分泌系统的囊泡(4.3%)中,主要在细胞质,推测可能在能量代谢和辅因子的生物合成过程中发挥信号转导和转录因子调控的作用。牦牛CYGB氨基酸序列与普通牛、绵羊、家犬、小�; 孙雪婧杜晓华杨孝朴罗玉柱刘霞; 关键词：牦牛胞红蛋白基因克隆生物信息学

甘肃河西地区西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子的遗传变异研究被引量：1: 2015年; 为研究甘肃河西的临泽、甘州、凉州、金昌、高台5个地区西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子的遗传多态性及其变异特征,采用PCR-SSCP方法检测了283头西门塔尔杂交类群NGB基因第4外显子和部分内含子的多态性,并对群体内各等位基因进行了测序。结果显示:5个地区西门塔尔杂交类群共检测出5个等位基因(A、B、C、D、E),表现为6种基因型(AA、BB、AB、AC、AD、AE)。5个地区西门塔尔杂交类群均能检测到AA、BB、AB 3种基因型,且甘州、凉州、高台西门塔尔杂交类群还分别检测到AC、AD、AE 3种基因型。A等位基因频率在5个群体中最高,为优势等位基因。对不同SSCP带型的对应片段进行测序分析,共发现5个核苷酸突变位点(31 bp C→T、68 bp G→C和G→A、129 bp A→G、207 bp C→T),5处突变中仅第207 bp处单核苷酸突变落在外显子区域,其余均落在内含子区域,但均未导致氨基酸发生改变。χ2检验结果显示,5个地区西门塔尔杂交类群在第207 bp处单核苷酸突变位点上仅凉州、金昌西门塔尔杂交类群处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。群体遗传学分析结果表明,临泽、甘州、凉州、金昌、高台西门塔尔杂交类群的多态信息含量(PIC)分别为0.358 2,0.383 9,0.427 9,0.368 2,0.394 7,均属于中度多态(0.25; 梁春花刘霞罗玉柱孙雪婧高雪晋杨阳曾国敏杜晓华; 关键词：外显子

甘肃省教育厅研究生导师科研项目(1102-04)

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