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国家自然科学基金(10874104)

作品数:17 被引量:24H指数:4
相关作者:张庆刚张少龙陈建中扈国栋伊长虹更多>>
相关机构:山东师范大学山东交通学院山东建筑大学更多>>
发文基金:国家自然科学基金山东省自然科学基金山东省优秀中青年科学家科研奖励基金更多>>
相关领域:理学生物学医药卫生更多>>

文献类型

  • 17篇中文期刊文章

领域

  • 13篇理学
  • 2篇生物学
  • 2篇医药卫生

主题

  • 9篇动力学
  • 9篇分子
  • 8篇分子动力学
  • 7篇抑制剂
  • 7篇制剂
  • 2篇蛋白
  • 2篇动力学模拟
  • 2篇动力学研究
  • 2篇矢量相关
  • 2篇势能面
  • 2篇受体
  • 2篇准经典轨线
  • 2篇准经典轨线方...
  • 2篇自由能
  • 2篇分子动力学模...
  • 2篇分子动力学研...
  • 2篇MM
  • 1篇蛋白酶
  • 1篇蛋白折叠
  • 1篇蛋白质折叠

机构

  • 15篇山东师范大学
  • 2篇山东交通学院
  • 2篇山东建筑大学
  • 1篇中国科学院

作者

  • 15篇张庆刚
  • 6篇张少龙
  • 4篇陈建中
  • 4篇扈国栋
  • 3篇时术华
  • 3篇伊长虹
  • 2篇段莉莉
  • 2篇孙德福
  • 2篇刘新国
  • 2篇朱通
  • 1篇张玉新
  • 1篇许文武
  • 1篇孔浩
  • 1篇王加磊
  • 1篇孙淑臻
  • 1篇张怿慈
  • 1篇杨茂友
  • 1篇李龙飞

传媒

  • 6篇山东师范大学...
  • 3篇山东科学
  • 2篇化学学报
  • 2篇原子与分子物...
  • 1篇物理化学学报
  • 1篇Chines...
  • 1篇Scienc...
  • 1篇山东建筑大学...

年份

  • 2篇2012
  • 4篇2011
  • 7篇2010
  • 4篇2009
17 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
两种雌激素受体与抑制剂作用的机制
2011年
对雌激素受体ERα和ERβ与抑制剂244结合的体系进行了12 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,抑制剂与ERα的结合自由能是-30.11 kJ/mol,与ERβ的是-33.32 kJ/mo。lERα中Met421侧链原子与抑制剂间的静电排斥作用使活性口袋周围的残基构象发生变化,导致活性区域中结合空穴变大,从而使ERα与抑制剂的亲和性降低。自由能分解计算进一步说明了各个残基对自由能的贡献。
李龙飞孙德福张少龙张庆刚
A detailed study on stereodynamics of He+H_2^(+)(v=1,j=1) reaction with quasi-classical trajectory calculations被引量:1
2012年
Calculations of He+H2+ (v=l,j=l) reaction system are carded out on a new potential energy surface (PES) at different collision energies with the quasi-classical trajectory (QCT) method. The results of the reaction probability and the cross section curves show an obvious oscillatory structure attributed to the resonances caused by the potential well of the Hell2+ complex. The three angular distributions P(θr), P(φr) and P(θr,(φr) as well as four polarization dependent differential cross sections (PDDCSs) are calculated, respectively. Results indicate that the collision energy has great influence on both the vector correlation of k-k', k-j', k-k'-j' and the PDDCSs of the title reaction. The rotational polarization of product Hell+ presents diverse characteristics at dif- ferent collision energies. The rotational angular momentum vectorsj' of product are both aligned and oriented. Furthermore, the product Hell+ tends to scatter forward correspondingly as the collision energy increases.
LIU XinGuoZHAO LianQingZHANG QingGang
关键词:QCT
分子动力学模拟和自由能计算研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式(英文)被引量:7
2010年
孕酮在确立和维持妊娠中起到了关键的作用.为了研究孕酮和孕酮受体蛋白的结合模式,进行了3.5纳秒的分子动力学模拟,用MM-PBSA\GBSA方法计算了结合自由能.自由能分解和丙氨酸扫描两种方法说明,残基Leu718,Met756,Met759,Phe778和Tyr890对于结合抑制剂作用明显,这些残基的主要作用能是范德瓦尔斯作用能.这一研究结果可以指导孕酮受体蛋白抑制剂的优化.
扈国栋张少龙刘新国张庆刚
关键词:孕酮受体分子动力学
HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究被引量:4
2010年
对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能分别为-24.93 kJ/mol和-20.29 kJ/mol,表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用。
张玉新张少龙张庆刚
关键词:HYBRIDAM1方法MM-GBSA
分子动力学研究V82A和L90M变异对HIV PR-IDV复合物的影响被引量:2
2010年
为了说明V82A和L90M变异对蛋白酶(PR)和茚地那韦(IDV)复合物的影响,进行了5.5ns的MD模拟.用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,计算和实验结果一致.分解自由能为不同能量项说明,这两个变异引起熵的贡献变化大于焓的贡献变化.分解自由能到每个残基说明Wild,V82A和L90M具有相似的结合模式,结合能的贡献主要来源于A28/A28',I50/I50'和I84/I84'这六个残基组,详细分析了Wild和IDV的结合模式,对比分析了V82A和L90M变异引起结合模式的细小变化.V82A变异引起结合模式的变化是由于变异后位阻减小导致的.L90M变异引起D25和L90间的作用增强并引起结合模式的细小变化.研究结果有助于更好地理解变异对抑制剂和HIV-1PR结合模式的影响,并可以用来帮助设计更高效的PR抑制剂.
扈国栋陈建中时术华伊长虹张少龙张庆刚
关键词:分子动力学模拟
HIV-1蛋白酶与TMC114结合口袋内水分子作用的研究被引量:1
2010年
水分子在生物分子的稳定、动力学和功能方面发挥着重要作用。采用3ns分子动力学模拟,从不同侧面系统地研究了H IV-1蛋白酶与其抑制剂TMC114结合口袋内的五个水分子的功能作用。结果表明:水分子可以保持PR-TMC114的动力学和结构以及绑定特性的稳定;复合体的晶体结构和平均结构的比较表明W at301、W at2和W at5在分子动力学模拟过程中是守恒的;对氢键的分析证实W at301可以稳定PR与TMC114抑制剂柔性区域的结构,并且W at2和W at5能增强活动位点的稳定性。
时术华张庆刚
关键词:物理化学分子动力学
副本交换分子动力学模拟方法计算Trp-cage熔解温度
2009年
副本交换分子动力学模拟方法用来计算Trp-cage小蛋白的熔解温度.此模拟采用的是AMBER03的分子力场,但是它的电荷用最近发展的极化的蛋白质专一性电荷来代替.隐式溶剂模型用来模拟溶剂影响,温度变化范围从247.7 K到645.6 K.计算的熔解温度是312 K,这一结果和实验值吻合的很好(315 K).
段莉莉扈国栋张庆刚
关键词:TRP-CAGE
O(^3P)+HCl→OH+Cl反应的矢量性质研究
2010年
采用准经典(quasi—classical trajectory)方法;对反应O(^3P)+HCl→OH+Cl在^3A″和^3A′两个电子态势能面上的矢量相关性质进行了研究.结果表明,产物OH的转动角动量极化分布强烈的依赖势能面的过滤态性质.
朱通扈国栋张庆刚
关键词:矢量相关准经典轨线方法势能面
氯与氘代甲烷反应的量子动力学计算研究被引量:1
2009年
采用含时波包法,在新改进的势能面上,对Cl+CD4→DCl+CD3反应进行了量子动力学计算.结果表明,反应物CD4的振动激发能显著地提高反应儿率并且降低反应阈能.转动激发的不同立体构型也能明显地影响反应几率,但对反应阔能影响较小.最后我们给出了基态的总积分散射截面,并和实验结果进行了比较.
杨茂友陈建中张庆刚
关键词:势能面含时波包法
HIV-1蛋白酶与抑制剂BEB的结合自由能计算
2010年
HIV-1蛋白酶(PR)是治疗艾滋病的重要靶标酶之一.笔者采用分子动力学模拟,运用MM—PBSA方法计算了PR与抑制剂BEB复合物的绝对结合自由能;运用能量分解的方法考察了PR的主要残基与BEB间的相互作用与识别,结果表明:残基GLY27、ALA28/ALA28',GLY49、ILE50/ILE50和ILE84/ILE84为PR与BEB的结合自由能提供了主要贡献.抑制剂BEB骨架上的OH基和NH基与残基ASP25/ASP25',ASP29和GLY27之间的氢键相互作用有利于复合物的稳定.计算结果与实验值吻合较好.
时术华张庆刚
关键词:抑制剂分子动力学
共2页<12>
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