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甘蔗细胞色素P450还原酶基因的电子克隆与分析被引量：1: 2014年; 旨在为甘蔗细胞色素P450还原酶基因的实验克隆、功能鉴定及其应用提供参考。本研究以甘蔗类似细胞色素P450还原酶基因的EST序列CF576130.1为探针,在甘蔗EST数据库中进行检索,并基于电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素P450还原酶基因(Cytochrome P450 reductase)的一条cDNA全长序列,命名为ScCYP450。采用生物信息学方法,对该基因编码蛋白从氨基酸组成、理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、疏水性/亲水性、高级结构及功能域等方面进行预测和分析。结果表明该基因全长1 821 bp,包含一个744 bp的开放阅读框,编码247个氨基酸,该基因编码蛋白定位于细胞内质网(膜),为可溶性碱性蛋白,不存在信号肽,二级结构原件多为无规卷曲,含有多个保守功能域,主要功能为辅酶因子生物合成和翻译功能。; 苏炜华张玉叶黄宁肖新换黄珑罗俊阙友雄; 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学

甘蔗苏氨酸脱氨酶基因的克隆与表达分析被引量：4: 2014年; 应用电子克隆技术．以烟草AAG59585序列为探针．获得了甘蔗苏氨酸脱氨酶（threonine deaminase）基因的全长cDNA，命名为Sc功。经RT—PCR扩增和验证，该基因序列与电子克隆结果一致性高达99％。序列分析结果表明：ScTD基因全长2120bp，具有完整的开放阅读框（ORF，164－1681bp），编码505个氨基酸，该基因编码蛋白定位于微体．为可溶性蛋白，不存在信号肽，二级结构原件多为α－螺旋，含有多个保守功能域，主要在氨基酸合成中发挥作用。电子表达分析结果显示，该基因在甘蔗根尖、根颈、花序、叶片、全株、芽和茎中组成型表达，其中在花序和根中的表达量最高。荧光定量PCR结果分析表明：该基因在甘蔗各组织中均有表达，且在根中的表达量最高。此外，该基因的表达受水杨酸胁迫后表达量最高．约为对照组的43．16倍，其次为聚乙二醇和茉莉酸甲酯．分别为6．90倍和4．40倍．推测该基因的表达与甘蔗抗病虫和抗渗透胁迫有关。此结果为甘蔗ScTD基因的克隆和功能验证以及在甘蔗基因工程中的应用奠定基础。; 张玉叶黄宁苏炜华肖新换罗俊阙友雄; 关键词：甘蔗电子克隆生物信息学

甘蔗B12D基因全长cDNA克隆与表达分析被引量：2: 2014年; 对甘蔗（Saccharum officinarum L.）茎全长cDNA文库进行大规模测序,获得了B12D基因的全长cD-NA序列,命名为ScB12D（GenBank Accession number：KF714497）.生物信息学分析表明,该基因全长771 bp,编码87氨基酸（ORF,104 ～367 bp）;该基因编码的蛋白无信号肽,为亲水性非分泌型蛋白;有1个B12D家族保守结构域,二级结构为无规则卷曲;基因定位于质膜,参与能量代谢.同时,甘蔗SeB12D基因在不同物种间具有一定的保守性,在近缘植物中具有高度的保守性,与单子叶禾本科植物玉米、粟米、高粱及水稻的同源性超过90％,与双子叶甘薯和山茶的同源性在70％左右.荧光定量PCR表达分析结果表明,甘蔗ScB12D基因在根、蔗芽、茎（包括蔗皮和蔗髓）、叶片和叶鞘等组织中组成型表达,其中在叶鞘和根中表达量较高;在生物胁迫黑穗病胁迫下,该基因的表达量在所有时间段均呈下调趋势;在非生物胁迫时,该基因的表达受NaCl胁迫后表达量最高,在ABA胁迫下表达量次之,推测该基因的表达可能与甘蔗响应生物和非生物胁迫的机制有关.; 张玉叶黄宁肖新换黄珑苏炜华许莉萍阙友雄; 关键词：甘蔗生物信息学荧光定量PCR

甘蔗细胞色素C基因的电子克隆与分析: 2014年; 以甘蔗类似细胞色素C的EST序列CF576943.1为探针,通过电子克隆技术获得了甘蔗细胞色素C基因(Cytochrome C,Cyt C)的一条cDNA全长序列,命名为ScCyt C。用生物信息学方法对该基因氨基酸序列与组成、亚细胞定位、跨膜区与信号肽、疏水性/亲水性、蛋白质二、三级结构以及功能等进行分析与预测。结果表明:Cyt C基因全长1 073 bp,编码112个氨基酸,该基因位于细胞质,为非分泌型蛋白,无规卷曲为主要二级结构原件,含有1个保守功能域,主要功能为翻译并且在不同植物中具有高度保守性。电子表达分析结果显示,该基因在甘蔗各个组织均有表达,其中在茎和根中的表达量比其他组织类型中表达量高,此外,该基因的表达可能受到低温的调控。为甘蔗细胞色素C基因的结构及其功能的研究奠定了一定的基础。; 张玉叶黄宁肖新换苏炜华黄珑罗俊阙友雄; 关键词：甘蔗 CYT C基因电子克隆生物信息学

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