国家大学生创新性实验计划(57315425)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
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- 相关领域：理学自动化与计算机技术生物学机械工程更多>>
- 基于紫外光谱-支持向量机对STR的基因分型被引量：1
- 2011年
- 利用紫外光谱结合支持向量机(SVM)模式识别原理建立了短串联重复序列(STR)的分型方法。以D5S818基因座的10-10、11-13和13-13三个基因型为研究对象,优化了包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)的扩增条件和紫外光谱检测条件,获得了优化条件下的待测样本紫外光谱。以该光谱为识别变量,建立了该3类基因型的SVM判别模型,有效地克服了光谱共线性,模型预测率100%。该方法无需任何检测前处理,只需一步PCR扩增和紫外光谱检测即可实现STR的基因分型,具有简单、快速、低成本等优点。
- 徐容吴再珍郭莉萍鲁辉葛芝莉谢洪平
- 关键词：短串联重复序列紫外光谱支持向量机基因分型
- 基于近红外光谱的人工神经网络研究STR基因座分型方法被引量：2
- 2009年
- 以D16S539基因座的3种(9-9、9-11、11-11)基因型为例,设计引物扩增包含该多态性位点的1段DNA片段,获得了3种基因型建模样本各50个。基于近红外光谱(NIRS)结合误差反向传播人工神经网络(BPANN)建立了测定短串联重复序列(STR)基因型的判别模型,所建立的判别模型的校正均方根残差和预测集均方根误差分别为0.082 5、0.072 5,预测准确率均为100%。该方法不需任何前处理,只需一步PCR扩增和NIRS检测即可实现STR基因型判别,具有简单、快速、低成本等优点。
- 袁高林任丽高玉振汪维鹏鄂翔谢洪平
- 关键词：近红外光谱短串联重复序列
