黑龙江省自然科学基金(QC2012C010)
- 作品数：1 被引量：1H指数：1
- 相关作者：刘磊杨瑞智陈秀杰贾晓东刘香琼更多>>
- 相关机构：哈尔滨医科大学哈尔滨医科大学附属第三医院更多>>
- 发文基金：黑龙江省研究生创新科研项目黑龙江省教育厅资助项目黑龙江省卫生厅科研项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 基于基因表达变异性的通路富集方法研究被引量：1
- 2013年
- 当前的通路富集方法主要是基于基因的表达差异,很少有方法从通路变异性(方差)角度对其富集分析.我们注意到用合适的统计量描述通路的变异性时,在疾病表型下一些通路的变异性有明显的上升或者下降.因此本研究假设:通路变异性程度在不同表型中存在差异.本文设计了14种描述通路变异性的统计量与检验方法,检测不同表型下变异性有差异的通路即富集通路,并将富集结果与文献检索结果进行比较,同时,分析不同芯片预处理方法对数据和结果的影响.研究结果表明:5种预处理方法中,多阵列对数健壮算法(RMA)是数据预处理的最优方法;不同表型下通路的变异性程度存在差异;根据文献检索的通路结果,14种基于变异性的通路富集方法中,以通路中各基因欧氏距离的方差做统计量进行permutation检验(方法 11)能有效识别显著通路,其富集结果优于基因集富集分析(GSEA).综上所述,基于通路变异性的通路富集策略具有可行性,不仅对通路富集分析有一定的理论指导意义,而且为人类疾病研究提供新的视角.
- 贾晓东陈秀杰吴欣徐建凯谭福建刘香琼刘磊杨瑞智
- 关键词：通路
