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ACGM标记在竹子中的通用性被引量：11: 2007年; 用39对ACGM引物对竹亚科5个属13个种进行PCR扩增,结果共有34对引物可以在至少一个竹种中获得特异性PCR产物。利用PHILIP软件,得到13个供试竹种材料的聚类图,总体上刚竹属是聚在一起的,而大明竹属的华丝竹和箭竹属的箭竹分别各自成类。其中有差别的是赤竹属的菲白竹和箬竹属的阔叶箬竹与刚竹属发生聚类在一起的情况。从刚竹属内部的聚类结果看,9个种可以大致分为4类,毛环竹、黄槽石绿竹、迟竹和刚竹为一类;毛芽竹和早园竹为一类;花竹和乌哺鸡为一类;红壳竹自成一类。他们之间的亲缘关系可以简单表示为:(((毛环竹+黄槽石绿竹+迟竹+刚竹)+(毛芽竹+早园竹))+(花竹+乌哺鸡))+红壳竹。本研究结果表明ACGM遗传标记可以有效地用于竹子的遗传分类及相关的分子生物学研究。; 董德臻吴立成夏善勇王红蕾卢泳全; 关键词：竹子

基于水稻内含子长度多态性开发禾本科扩增共有序列遗传标记被引量：33: 2006年; 通过在多态位点两侧的保守编码序列上设计引物,可以开发出在不同物种间通用的基于PCR的分子标记,称为扩增共有序列遗传标记(ACGM)。【目的】探讨利用已公布的水稻籼、粳两亚种的基因组序列开发禾本科ACGM的可行性。【方法】根据水稻两亚种间的内含子长度多态性,开发了38对ACGM引物。用这些引物对玉米、粟、大麦、小麦、竹子、旱稗草和大米草6个属共12个不同材料进行PCR实验。【结果】几乎所有引物都可在至少1种材料中扩增出特异条带,而1/3以上的引物可以在全部供试材料中获得特异扩增产物。在每一种供试材料中,平均大约有2/3的引物可以成功扩增出目的条带。这些引物在各属内不同种、亚种或品种(系)之间的多态性比例在24.1%～90.3%之间,平均为44.6%。【结论】利用水稻基因组序列信息开发禾本科通用型ACGM是可行的。; 卢泳全汪旭升黄伟素肖天霞郑燕吴为人; 关键词：禾本科

用RFLP标记剖析水稻穗颈维管束及穗部性状的遗传基础被引量：14: 2004年; 采用籼、粳亚种间杂种F1(圭630×02428)花药培养获得的DH群体,对水稻穗颈大、小维管束数和倒数第2节间大、小维管束数等4个维管束性状,以及一、二次枝梗数,每穗颖花数3个穗部性状进行QTL分析,共检测到16个QTLs,其中有7个QTLs的加性效应较大,单个QTL的贡献率在20%以上。发现有4个QTLs成簇分布于第1染色体从RZ776到C11的大约35cM的区段上,来源于亲本"圭630"的这一染色体区段对穗颈大维管束、第2节间大维管束、第2节间小维管束和二次枝梗数4个性状的表达均具有增效作用。还讨论了利用分子标记辅助选择聚合增效QTLs、实现穗颈维管束性状遗传改良的策略。; 陈顺强汪洋章志宏王玲霞胡中立李平朱立煌朱英国; 关键词：水稻 DH群体穗颈维管束

利用DH群体定位水稻谷粒外观性状的QTL被引量：32: 2005年; 采用混合线性模型的复合区间作图方法,对水稻“圭630”和“02428”组合的DH群体的谷粒外观性状——粒长、粒宽和粒形进行了数量性状基因定位,同时对定位的主效应和上位性进行了环境效应分析。2002年对粒长、粒宽和粒形分别检测到5、4和2个QTLs;2003年对以上3个性状分别检测到3、4和4个QTLs。其中4个QTLs在2年均检测到,且其贡献率较大。位于第4染色体C22-RG449d区间的QTL效应大,同时影响粒长和粒宽,2年内均被检测到。联合2年数据分析分别检测到6个粒长QTLs、6个粒宽QTLs和3个粒形QTLs,共解释各自性状变异的67.71%、50.08%和29.17%,且影响粒形的3个QTLs同时影响粒长或粒宽。对粒形和粒宽分别检测到4个QTLs与环境之间存在显著互作。本实验中检测到主效应和上位性对谷粒外观性状均具有重要作用,但上位性贡献率相对主效应较小,环境互作效应更小。; 谭耀鹏李兰芝李平王玲霞胡中立; 关键词：外观性状谷粒水稻数量性状基因定位混合线性模型环境互作效应粒宽

水稻全基因组R基因鉴定及候选RGA标记开发被引量：13: 2005年; 用45个已知功能的植物抗病(R)基因序列对粳稻全基因组序列进行搜索, 共找出2119个R基因同源序列或类似物(RGA), 表明RGA在水稻基因组中成簇存在, 呈非随机分布. 采用隐马尔柯夫模型(HMM), 将这些RGA按其功能域分成了21类. 将粳稻的RGA与籼稻的基因组序列进行比较, 共找到702个两亚种间等位的RGA, 并发现其中有671个(占95.6%)RGA的基因组序列(包括编码区和非编码区)在两亚种间存在长度差异(InDel), 表明水稻RGA在两亚种间存在很高的多态性. 通过在InDel两侧设计引物并进行e-PCR验证, 共开发出402个基于PCR的、表现为共显性的候选RGA标记. 这些候选标记在两亚种间的长度差异在1～742 bp之间, 平均为10.26 bp. 有关数据均可从我们的网站(http://ibi.zju.edu.cn/RGAs/index.html)上获得.; 汪旭升吴为人吴为人朱军; 关键词：RGA 基因鉴定隐马尔柯夫模型亚种间共显性

ACGM标记在小麦属中的通用性被引量：10: 2006年; 为检验水稻基因组数据在小麦属中的通用性,利用基于水稻基因组数据设计的扩增共有序列遗传标记(ACGM)扩增小麦属12种不同材料,结果有32对引物可以至少在1种小麦属材料中获得扩增产物,占引物总数的80%;在能够获得特异性产物的32对引物中,有4对引物的产物在供试材料之间没有多态性位点;有28对引物可以在供试小麦材料之间获得多态产物,占引物总数的70%。这表明以水稻基因组序列开发的ACGM标记在小麦中有一定的通用性。; 卢泳全吴为人; 关键词：小麦属扩增

作物分子设计育种被引量：145: 2006年; 优质、多抗、抗逆与高产作物新品种的选育和推广是实现我国粮食安全的重要途径。目前大多数育种工作仍然建立在表型选择和育种家的经验之上,育种效率低下;另一方面,生物信息数据库积累的数据量极其庞大,由于缺乏必要的数据整合技术,可资育种工作者利用的信息却非常有限。作物分子设计育种将在多层次水平上研究植物体所有成分的网络互作行为和在生长发育过程中对环境反应的动力学行为;继而使用各种“组学”数据,在计算机平台上对植物体的生长、发育和对外界反应行为进行预测;然后根据具体育种目标,构建品种设计的蓝图;最终结合育种实践培育出符合设计要求的农作物新品种。设计育种的核心是建立以分子设计为目标的育种理论和技术体系,通过各种技术的集成与整合,对生物体从基因(分子)到整体(系统)不同层次进行设计和操作,在实验室对育种程序中的各种因素进行模拟、筛选和优化,提出最佳的亲本选配和后代选择策略,实现从传统的“经验育种”到定向、高效的“精确育种”的转化,以大幅度提高育种效率。; 万建民; 关键词：分子设计育种

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国家高技术研究发展计划(2003AA207160)