湖南省自然科学基金(06JJ4123)
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
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- 相关领域：生物学化学工程理学自动化与计算机技术更多>>
- 基于堆积协变信息与最小自由能预测含伪结的RNA二级结构被引量：3
- 2008年
- RNA伪结预测是RNA研究的一个难点问题。文中提出一种基于堆积协变信息与最小自由能的RNA伪结预测方法。该方法使用已知结构的RNA比对序列(ClustalW比对和结构比对)测试此方法,侧重考虑相邻碱基对之间相互作用形成的堆积协变信息,并结合最小自由能方法对碱基配对综合评分,通过逐步迭代求得含伪结的RNA二级结构。结果表明,此方法能正确预测伪结,其平均敏感性和特异性优于参考算法,并且结构比对的预测性能比ClustalW比对的预测性能更加稳定。文中同时讨论了不同协变信息权重因子对预测性能的影响,发现权重因子比值在λ1:λ2=5:1时,预测性能达到最优。
- 杨金伟骆志刚方小永王金华唐可成
- 关键词：RNA二级结构
- 一种新的基于两序列比对的ncRNA基因识别模型
- 2007年
- 利用上下文相关隐Markov模型建立ncRNA基因基本二级结构模型,从两序列比对结果中提取序列相似性信息,并把该信息引入基本的上下文相关Markov模型中,从而构建出新的ncRNA基因识别模型。
- 管乃洋骆志刚严繁妹王金华
- 关键词：生物信息学非编码RNA基因识别
- 基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构的迭代化方法被引量：3
- 2007年
- 多数RNA分子的结构在进化中是高度保守的,其中很多包含伪结。而RNA伪结的预测一直是一个棘手问题,很多RNA二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结RNA二级结构的新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息,通过基于最小自由能RNA折叠算法的多次迭代选出所有的碱基对。测试结果表明:此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比,敏感度接近最优,而特异性达到最优。
- 王金华骆志刚管乃洋严繁妹靳新张雯
- 关键词：RNA二级结构
