国家自然科学基金(31201199)
- 作品数：5 被引量：26H指数：3
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- 相关机构：鲁东大学山西农业大学河北大学更多>>
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- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- C_4植物白花菜叶片发育不同阶段的基因表达谱分析被引量：2
- 2013年
- C4植物白花菜与拟南芥是姊妹科的近缘植物,是一种新近开发的研究C4光合作用的模式植物。对其叶片发育不同阶段进行了基因表达谱的比较和分析,结果表明在叶脉正在发育的幼叶中,细胞分裂旺盛,蛋白质大量合成,表现为核糖体蛋白基因、组蛋白基因、翻译因子基因、分子伴侣基因等的表达上调;幼叶光合作用相关基因表达下调,暗示着光合器官仍处于发育阶段;多种激素相关的基因如生长素、脱落酸、赤霉素、油菜素内酯、细胞分裂素、茉莉酸合成途径基因或信号传导基因参与了叶片的发育,表明激素对发育的调控作用。
- 刘征杨尚君张书敏赵彦宏高双成韩渊怀
- 关键词：白花菜基因表达谱叶片发育蛋白质合成植物激素
- miRNA在植物病毒基因组中的靶基因预测及分析被引量：1
- 2015年
- microRNA(miRNA)是一类长约22nt的内源性的非编码小RNA,在植物的生长发育和胁迫响应中起重要调控作用。本文通过生物信息学的方法,在miRBase中下载了12种植物的miRNA序列;在DPVweb和VIDE病毒数据库中查找侵染这些植物的病毒,并在NCBI数据库中搜索其基因组序列,共获得173种病毒的基因组序列。用psRNATarget在线软件预测植物miRNA在植物病毒中的靶基因,发现植物miRNA可能参与调控包括聚合蛋白、衣壳蛋白、逆转录酶、复制相关基因、通读蛋白、依赖RNA的RNA聚合酶等多种植物病毒基因的表达。
- 王艳芳赵彦宏于佳丽刘林德
- 关键词：MIRNA植物病毒生物信息学
- miR-171基因家族进化分析及靶基因预测被引量：12
- 2015年
- 运用生物信息学方法在miRBase中搜索植物miR-171基因家族的序列,分析miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在38种植物中共搜索到219条miR-171序列,大部分miR-171基因都存在于基因间隔区。进化分析表明,miR-171基因家族的进化与物种进化关联不大。采用3个miRNA靶基因预测软件对大豆和玉米miR-171基因的靶基因进行预测,发现了miR-171可能参与生长因子、转录因子、蛋白酶等的调控,作用范围非常广泛。
- 王艳芳周瑞莲赵彦宏
- 关键词：基因家族分子进化
- 玉米MIR166基因家族的进化与功能研究被引量：5
- 2015年
- 【目的】分析玉米MIR166基因家族的序列特征、分子进化及靶基因等,了解MIR166基因家族在玉米生长发育与逆境胁迫响应中的调控作用。【方法】运用生物信息学方法在mi RBase中搜索zma-MIR166基因家族的序列,用BLAST搜索工具进行基因定位;采用Clustal W2软件进行多序列比对,用MEGA 6.0构建zam-MIR166家族的系统发育进化树;利用ps RNATarget软件对zma-MIR166基因家族的靶基因进行预测。【结果】通过搜索,在玉米中找到14个zma-MIR166基因,并获得其对应的14个前体序列及由其产生的26个成熟mi RNA序列。zma-MIR166基因家族在产生成熟mi RNA的位置高度保守,其他位置则保守性减弱。基因定位结果发现,zma-MIR166基因家族的14个成员分布在染色体1、3、4、5、6、7等6条染色体上,其中以染色体1上zma-MIR166基因最多,共有5个。进化分析结果表明,14个zma-MIR166基因家族成员分别处于3个进化分支,而同处于一条染色体上的成员的亲缘关系较远。对zam-MIR166基因家族的靶基因进行预测,发现zma-MIR166基因家族靶基因功能涉及发育调控蛋白家族、胁迫相关蛋白、光系统I作用中心亚基、转座子插入位点等。【结论】zam-MIR166基因家族序列保守性较高,具有明显的家族特征与相似的功能,在玉米生长发育和胁迫响应等生物过程中发挥广泛而重要的调控作用。
- 王艳芳赵彦宏刘林德周瑞莲
- 关键词：玉米基因家族分子进化
- 大豆miR-171基因家族的进化与功能分析被引量：10
- 2015年
- 运用生物信息学方法在miRBase搜索大豆miR-171(gma-miR-171)基因家族的序列,分析gma-miR-171序列的进化特征并预测其靶基因。结果表明,在miRBase中共搜索到21条gma-miR-171基因家族序列。序列分析发现,gma-miR-171基因家族序列保守性较差,只有2个碱基完全保守。对gma-miR-171基因进行定位,21个成员分散在12条染色体上,其中Chr06上gma-miR-171基因最多,共4个。进化分析表明,位于同一条染色体上的gma-miR-171基因没有表现出较近的亲缘关系。靶基因预测获得14个gma-miR-171基因家族的靶基因,包括蛋白激酶、磷酸酶、输出蛋白、转录因子等,说明gma-miR-171基因家族在大豆中具有广泛的调控功能。
- 王艳芳赵彦宏张萍周瑞莲
- 关键词：大豆基因家族
