黑龙江省教育厅科学技术研究项目(11541156)
- 作品数：3 被引量：0H指数：0
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- 相关机构：电子科技大学哈尔滨医科大学山东科技大学更多>>
- 发文基金：黑龙江省教育厅科学技术研究项目国家自然科学基金黑龙江省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 一种挖掘关键基因的新方法及其应用(英文)
- 2012年
- 近来,人们发现从疾病相关基因中寻找关键基因对疾病的诊断和治疗很重要。癌相关基因的网络是根据正常和患病的胶质瘤组织的基因表达谱建立。根据建立的基因网络和CIPHER方法,不同阈值下的正常和患病的胶质瘤表型网络被建立。根据已知的疾病和表型间的关联,另一组正常和患病的胶质瘤表型网络被建立。将两种方法建立的相应的表型网络进行比较,匹配度最大时对应的阈值及基因和表型网络被确定。在此基础上,通过打分方法得到了7个关键基因:DMBT1,ERBB2,NF2,PDGFB,AR,ARAF和TP53。文献查询发现其中5个基因与胶质瘤的形成和发展密切相关。剩下两个基因中的ARAF也间接地参与胶质瘤形成。因此,这两个基因可能在胶质瘤的形成中起重要作用。这一预测仍需要实验验证。
- 杨梅茜王淑栋张媛媛孟大志
- 关键词：系统生物学基因网络基因表达谱互信息
- 微阵列数据揭示基因在癌样本中广泛表达
- 2012年
- 癌的发生与发展过程涉及大量基因的异常表达。在目前基因表达谱分析中采用的标准化方法通常假设在疾病中差异表达的基因的比例很小并且差异上、下调的比例大致相等。这个被研究者所广泛采用的标准化的前提假设尚未被充分地论证过。通过分析胰腺癌的两套表达谱数据,我们发现在胰腺癌样本中基因表达的中值显著高于正常样本,提示传统的标准化假设并不适用于胰腺癌表达谱数据。采用标准化数据会导致错误地判断大量的差异下调的基因并失查许多差异上调的基因。采用原始数据分析发现在胰腺癌中的基因表达有广泛上调的特征,为深入研究胰腺癌的发生和发展机制提供了新线索。
- 王栋黄燕程立新李朋飞顾云燕吴瑞红王明月李宾王晨光郭政
- 关键词：胰腺癌微阵列
- 基于拷贝数数据揭示基因在癌基因组中广泛扩增
- 利用拷贝数芯片检测的高通量数据往往受诸如试剂与检测批次、不同操作者等多种因素的影响。通常认为这些技术变异可能降低检测生物信号的统计效能,为了排除这些技术变异的影响,往往采用广泛应用于基因表达谱的标准化方法强制所有样本的信...
- 王栋张元女王明月夏继光程立新李朋飞李宾王晨光郭政
- 关键词：DNA拷贝数微阵列数据标准化
- 文献传递
- 基于不同标准化假设分析癌基因组甲基化谱
- 2011年
- 在处理甲基化谱时,通常采用标准化方法,强制所有样本的信号值服从同一种分布或至少具有相同的中值。然而,有研究者认为这些标准化方法可能会移除甲基化谱中的生物学信号,有必要全面评估不同的处理方法对后续分析的影响。通过配对秩和检验,分析关于4种癌型的8套甲基化谱。结果显示,并未发现癌与正常样本中的原始信号值的中值存在显著差异(P>0.05);采用分位数标准化数据后可以多筛选出12%～28%的差异甲基化基因,而且额外找到的差异甲基化基因的改变方向可以在关于同种癌型的独立数据集中显著一致地呈现(P<0.001),表明它们是有效的生物学信号。但是,在经过分位数标准化后筛选出的差异甲基化基因中,约有1%基因的甲基化状态与原始信号的改变方向相反。建议采用分位数标准化方法处理甲基化谱数据,但需要去除改变方向不一致的基因。
- 王栋吴瑞红程立新李朋飞王明月李宾王晨光郭政
- 关键词：DNA甲基化微阵列数据标准化
