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microRNA序列和表达模式的多样性被引量：2: 2015年; microRNA(miRNA)在后生动植物细胞分化、生长发育、正常生理功能的维持、疾病的发生发展和转归中发挥重要功能.通常认为,已知miRNA对应的序列就是存储于miRBase数据库中相应的成熟miRNA序列.然而,人们忽视了miRNA序列长度和碱基的可变性,低估了来源于同一miRNA基因、非主要表达的miRNA的多样性及其功能的重要性.由于测序技术的快速发展和广泛使用,人们利用二代测序技术数据发现了miRNA序列和miRNA表达水平的多样性.基于miRNA序列和表达的多样性,本文介绍了miRNA序列5′端、3′端和内部的变异体、miRNA变异体的时空差异性表达和miRNA优势表达臂转换等方面近年来的研究进展.; 丁素萍刘丽莉黄婷王营严明理袁志栋; 关键词：MIRNA 多样性

人工诱导湘云金鳙雌核发育的研究被引量：4: 2015年; 湘云金鳙的卵子经适宜UV剂量灭活处理的异源四倍体鲫鲤精子激活后,在4~6℃下冷休克11~13 min,抑制第二极体排出和第一次卵裂使染色体加倍,成功获得了极体雌核发育（mei G）和有丝分裂雌核发育（mit G）湘云金鳙二倍体个体。结果发现,用异源四倍体鲫鲤精子诱导获得meiG、mit G成活率可达到19.4%±2.3%和7.3%±1.9%。运用形态学测量、染色体计数和微卫星标记技术对雌核发育二倍体个体（meiG、mitG）进行了分析,其染色体数目为48;微卫星分析表明,雌核发育二倍体基因组完全来自于母本,没有受到父本染色体的污染,证实其为雌核发育二倍体。对雌核发育湘云金鳙性腺发育进行连续跟踪观察,所有雌核发育个体全为雌性,其中89%的个体的卵巢发育正常,为证明其雌性的性别决定类型为XX提供了证据。此外,雌核发育湘云金鳙F1的体色较普通湘云金鳙的体色偏红。雌核发育湘云金鳙的获得对其体色的稳定、种质资源的遗传改良和性别决定的研究等具有一定意义。; 孙远东袁志栋谭树华范军豪周工健; 关键词：雌核发育遗传育种体色

基于BLAST与比较基因组学方法计算鉴定青鳉鱼的microRNA前体被引量：3: 2014年; microRNA（miRNA）是一类长度为18～25 nt的单链小分子RNA。它可以调控基因的表达调控。通过与目标mRNA的特定位点的结合,从而抑制蛋白质的翻译或诱导该mRNA的降解。目前鱼类miRNA方面以斑马鱼miRNA的研究较多。为发掘另一种鱼类模式生物——青鳉鱼（Oryzias latipes,medeka）的miRNA,利用BLAST同源搜索方法与比较基因组学方法,并根据成熟miRNA的序列保守性以及miRNA前体（premiRNA）的二级结构的特征,对该模式生物的pre-miRNA进行了计算鉴定与分析。通过与miRBase19中已经发布的miRNA进行比较,在青鳉鱼基因组中共找到了56条新序列。设定miRNA基因间距的阈值为5000nt,新发现的与已知的pre-miRNA共形成31个基因簇。同时,这56条新发现的pre-miRNA可以划分到33个已知的基因家族中,并分析了新发现的、保守miRNA的靶标与功能。; 刘沅郑新娟姜毅孙远东罗野婯谭树华金元昌严明理袁志栋; 关键词：MIRNA BLAST 比较基因组学

镉和十二烷基硫酸钠对克氏原螯虾的单一和联合毒性被引量：3: 2012年; 采用静水生物测试法,研究了十二烷基硫酸钠(SDS)和Cd2+对克氏原螯虾的单一和联合毒性效应。结果表明,SDS对克氏原螯虾24、48、72和96h的半致死浓度(LC50)分别为1365.60、1171.72、1128.43和1120.43mg·L-1,安全浓度(SC)为258.79mg·L-1;Cd2+对克氏原螯虾24、48、72和96h的LC50分别为1197.09、142.06、90.85和82.64mg·L-1,SC值为0.6mg·L-1。SDS和Cd2+对克氏原螯虾的毒性分别为低毒和高毒,毒性大小为Cd2+>SDS。联合毒性试验表明,二者毒性比为1∶1,暴露时间为24、48、72和96h时,相加指数(AI)分别为0.335、0.017、0.030和0.032,联合作用结果均为毒性增强的协同作用。; 谭树华袁志栋谢婧贺承蓉肖伟; 关键词：SDS 急性毒性联合毒性克氏原螯虾

短尾负鼠microRNA前体的计算鉴定与分析: 2013年; 目前,关于microRNA(miRNA)的研究越来越多,但是有关负鼠miRNA的研究却相对较少.为了研究灰色短尾负鼠(Monodelphis domestica)的miRNA,以人和小鼠的miRNA为参考序列,分别利用BLAST、比较基因组学两种方法获得可能的短尾负鼠前体序列(pre-miRNA),并各自用机器学习方法分类鉴定,取这两个结果的交集即得到54条新的短尾负鼠pre-miRNA.将这些新发现的pre-miRNA与miRBase19中已经报道的156条pre-miRNA序列合并,设置miRNA基因间距为5 000 bp时,这些miRNA基因可以形成26个基因簇.这些新发现的miRNA均位于编码基因的间区,同时除部分外,新发现的miRNA基因可以归类到31个已知的miRNA家族.最后,计算分析了保守的新发现的39个miRNA基因的靶基因及其功能.; 姜毅罗野婯刘沅郑新娟孙远东袁志栋; 关键词：MIRNA BLAST 比较基因组学

镉对克氏原螯虾肝胰腺抗氧化系统的影响被引量：12: 2012年; 采用毒性试验方法,研究了不同浓度Cd2+(1.72、3.44、6.89、13.77和27.55mg.L-1)对克氏原螯虾肝胰腺抗氧化酶(SOD、CAT、GSH-PX)和抗氧化物质(GSH、Vc)的影响.结果表明:超氧化物歧化酶(SOD)活性受低浓度Cd2+诱导和高浓度Cd2+抑制,且受抑制程度与Cd2+浓度呈正相关.过氧化氢酶(CAT)活性总体表现为先激活后下降,且在第3天达最大值,CAT活性对低浓度Cd2+(≤6.89mg.L-1)暴露敏感,而高浓度Cd2+对其影响较小.谷胱甘肽过氧化物酶(GSH-PX)活性对Cd2+浓度敏感,当Cd2+≤6.89mg.L-1时,GSH-PX活性先升高后下降,更高浓度下GSH-PX活性在暴露后第1天即表现出抑制作用.还原型谷胱甘肽(GSH)含量在Cd2+≤6.89mg.L-1时始终被诱导,且均在第1天达最大值,而高浓度Cd2+(≥13.77mg.L-1)对GSH含量影响不明显.维生素C(Vc)对Cd2+胁迫敏感,各处理组Vc含量在第1天均显著下降,且下降程度与Cd2+浓度呈正相关,之后具有一定的合成恢复能力.抗氧化酶和非酶抗氧化物质在抵御Cd2+胁迫反应中共同发挥作用,且大多表现出明显的时间和剂量效应性.GSH-PX和Vc可以作为Cd2+污染的潜在生物指示物.; 谭树华袁志栋刘雨芳杨亚男; 关键词：镉克氏原螯虾抗氧化酶抗氧化物质

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国家自然科学基金(31100914)