湖北省卫生厅科研基金(JX3B84)
- 作品数：4 被引量：1H指数：1
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- 人巨细胞病毒UL144基因序列分析及T细胞CTL表位预测
- 2011年
- 目的了解引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒（HCMV）UL144基因多态性,预测UL144基因各型编码蛋白的T细胞CTL表位。方法应用荧光定量PCR法检测晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框（ORF）,结果进行双向DNA测序,绘制种系进化树对HCMV感染患儿UL144基因进行分型。应用SYFPEITHI和NetCTL方案预测HCMV UL144基因编码蛋白各临床株T细胞CTL表位。结果①30例晚期黄疸新生儿荧光定量PCR检测阳性,其中28例UL144基因扩增阳性。②28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%~99.2%,氨基酸水平为78.9%~98.8%。种系进化树分析显示感染患儿标本UL144基因可分为3个基因型,G1型7株（25%）,其中G1a3株,G1b3株,G1c1株,G2型7株（25%）,G3型14株（50%）。③初步筛选出UL144基因各型T细胞CTL表位：G1a：YTYFSTPGV或HTYFSTPGV;G1b：HTYFSTPGV;G1c：YTSFSISGV;G2：TLCPNGTYL或TLCPNGTYL和HTLFSTPGV;G3：TLCPNGTYV。结论①HCMV UL144基因的DNA序列具有高度多态性,晚期黄疸新生儿中HCMV感染以G3型为主。②各型编码蛋白的T细胞CTL表位存在差异。
- 魏中南王维鹏胡洪波彭巧英胡兴文
- 关键词：人巨细胞病毒CTL表位
- 人巨细胞病毒UL144基因序列分析及B细胞表位预测
- 2010年
- 目的了解引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒（HCMV）UL144基因多态性,预测UL144基因各型编码蛋白的B细胞优势表位。方法应用荧光定量PCR法检测晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框（ORF）,结果进行双向DNA测序,绘制种系进化树对HCMV感染患儿UL144基因进行分型。结合亲水性参数、可及性参数、抗原性参数、柔韧性参数及二级结构方案对HCMV UL144基因编码各型蛋白的B细胞表位进行预测,参照已建立的预测方法综合评价B细胞优势表位。结果①30例晚期黄疸新生儿荧光定量PCR检测阳性,其中28例UL144基因扩增阳性。②28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%-99.2%,氨基酸水平为78.9%-98.8%。种系进化树分析显示感染患儿标本UL144基因可分为3个基因型,G1型7株（25%）,G2型7株（25%）,G3型14株（50%）。③HCMV UL144基因G1型和G2型B细胞表位均位于编码蛋白N段109-119位,G3型于氨基酸116位缺失一个谷氨酰胺,B细胞表位位于编码蛋白N段109-118位。结论①HCMV UL144基因的DNA序列呈高度多态性,但B细胞表位预测高度保守;②UL144 G3型氨基酸N段116位（Q）位点缺失可能改变该抗原表位的抗原性。
- 胡洪波王维鹏魏中南彭巧英胡兴文
- 关键词：人巨细胞病毒B细胞表位
- 引起新生儿晚期黄疸的巨细胞病毒UL144基因多态性研究
- 2011年
- 【目的】研究引起新生儿晚期黄疸的人巨细胞病毒（cytomega lovirus,HCMV）UL144基因的多态性,探讨HCMV UL144基因多态性与致病性之间的关系。【方法】应用荧光定量PCR法检测本院新生儿科2008年1—12月98例晚期黄疸新生儿样本HCMV-DNA含量,采用巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMV UL144基因开放读码框（ORF）,结果进行双向DNA测序,通过BioEdit、DNAstar、GeneDoc等软件进行序列分析。【结果】1）30例晚期黄疸新生儿HCMV荧光定量PCR检测阳性,阳性率30.6%,其中2例UL144基因扩增阴性。2）28株UL144基因与Toledo株进行同源性比较,核苷酸水平为80.4%~99.2%,氨基酸水平为78.9%~98.8%。种系进化树分析将DNA序列分为3个基因型,其中G1型7株（25%）,G2型7株（25%）,G3型14株（50%）。3）ExPASy数据库预测分析UL144基因编码产物重要功能区包括2个半胱氨酸富集结构域（CRD1、CRD2）、1个跨膜区和1个胞浆区。G1-G3型蛋白质二级结构高变区主要分布在CRD1区,跨膜区和胞浆区结构高度保守。【结论】1）HCMV感染是导致新生儿晚期黄疸的原因之一;2）HCMV UL144基因编码跨膜区和胞浆区结构高度保守,CRD1呈高度多态性;3）晚期黄疸新生儿中HCMV感染以G3型为主。
- 胡洪波王维鹏彭巧英管婉华胡兴文
- 关键词：人巨细胞病毒黄疸多态性
- 新生儿晚期黄疸人巨细胞病毒gB基因分型研究被引量：1
- 2011年
- 目的了解引起新生儿晚期黄疸患者人巨细胞病毒(HCMV)gB基因型的分布,探讨HCMVgB基因多态性与黄疸之间的关系。结论采用荧光定量PCR法检测本院新生儿科98例晚期黄疸新生儿标本HCMV-DNA含量,巢式聚合酶链反应扩增阳性标本HCMVgB基因,并进行DNA测序,绘制种系进化树。利用HinfⅠ和RsaⅠ对gB基因进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析。结果 30例晚期黄疸新生儿HCMV荧光定量PCR检测阳性,阳性率为30.6%。种系进化树分析结果显示gB基因分为4个基因型,gB1型15株(50%),gB2型5株(16.7%),gB3型9株(30.0%),gB1/3混合型1株(3.3%)。以HCMV实验室标准株AD169作为参考,将序列进行同源性比较,gB1型同源性为94.7%～95.0%,gB2型同源性93.1%～93.4%,gB3型同源性94.7%,gB1/3型同源性93.7%。RFLP分析将gB基因分为4个基因型,分型结果与种系进化树分型一致。结论 HCMV感染是导致新生儿晚期黄疸的原因之一;gB基因的DNA序列比较保守,但仍存在一定的多态性,晚期黄疸新生儿中HCMV感染以gB1、gB3型为主。
- 王维鹏胡洪波魏中南彭巧英胡兴文
- 关键词：巨细胞病毒GB基因黄疸
