重庆市自然科学基金(CSTC2011JJA811)
- 作品数：1 被引量：12H指数：1
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- 相关机构：中国农业科学院更多>>
- 发文基金：重庆市自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金引进国际先进农业科技计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 柑橘CAPS标记和AS-PCR引物的开发被引量：12
- 2012年
- 以从GenBank中下载的93 955条甜橙[Citrus sinensis(L.)Osbeck]EST序列为源序列,利用QualitySNP软件包从中挖掘出1 521个单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)候选位点。进一步利用酶切位点查找软件WatCut进行分析,发现其中125个SNP为酶切扩增多态性序列(cleavedamplified polymorphic sequences,CAPS)位点。随机挑选40个CAPS候选位点设计引物,对12个含多种类型的柑橘品种进行分型,以此验证各标记的有效性。同时,还挑选了25个经生物信息学预测可导致其编码蛋白氨基酸序列改变的SNP位点,分别设计出一组等位基因特异PCR(allele specific PCR,AS-PCR)引物,以6个不同类型柑橘品种的DNA为模板进行PCR扩增,扩增产物采用琼脂糖凝胶电泳进行检测,筛选多态性引物。结果显示,40个CAPS候选位点中有26个位点具有酶切扩增多态性,且分型结果稳定,可作为CAPS标记。此外,还筛选获得15组在不同柑橘品种间检测到多态性的AS-PCR引物,重复性好,可有效用于柑橘品种的SNP分型。
- 雷天刚何永睿彭爱红许兰珍刘小丰姚利晓邹修平江东陈善春
- 关键词：柑橘表达序列标签单核苷酸多态性
