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β-环糊精对黄酮类结构包合作用的理论研究被引量：14: 2008年; 目的研究β-环糊精对黄酮类结构的包合规律。方法以β-环糊精的晶体结构为受体,以各种不同的羟基和甲氧基取代的黄酮为配体,在OPLAS2001分子力场下经过优化后,以对接方法研究包合作用。结果黄酮母核的R1和R4基团较小的氢有利于形成包合,主要以苯并吡喃双环进入β-环糊精空腔;R5或R9为羟基取代有利于形成包合,主要以苯并吡喃双环进入β-环糊精空腔。R6或R8取代越大越不利于形成包合物。结论黄酮母核上不同的羟基和甲氧基取代可以明显影响β-环糊精包合的形成和包合的方式。; 任晓文王玉丽张士俊刘巍刘冰妮汤立达徐为人; 关键词：黄酮 Β-环糊精包合作用

代谢组学与天然药物和中药研究被引量：25: 2008年; 代谢物组学是后基因时代出现的一门新兴"组学"学科,它能用反映整体的代谢物图直接认识生命体的生理和生化状态,因此能提供区别于其他"组学"而来的大量信息。在天然药物和中药研究中,应用代谢组学研究的方法和技术具有广泛的前景,特别是在药物作用机制、靶器官的效应、新药筛选、安全性研究等方面具有理论意义和应用价值。; 刘昌孝司端运万仁忠林艳萍许妍妍; 关键词：代谢物组学药物作用机制药物安全性天然药物中医药

查尔酮类衍生物活性作用的虚拟评价被引量：5: 2009年; 目的:利用理论对接方法对查尔酮类衍生物的可能活性作用进行虚拟评价。方法:选取12个查尔酮类衍生物,收集现有常见靶标的晶体结构,利用Schrdinger软件进行计算,估算测试分子的非特异性对接得分,以分级标准评价选择性。结果:查尔酮类衍生物的选择性靶标涉及癌症、糖脂代谢紊乱、心血管疾病、炎症等。结论:虚拟评价发现的查尔酮类衍生物的活性作用与文献报道相符,该技术具有较大的实用性,本研究为利用理论手段研究中药成分的作用机制进行了有益的尝试。; 刘巍邢洁徐为人刘鹏刘冰妮李祎亮汤立达; 关键词：生物活性查尔酮分子对接靶标

二氢丹参酮Ⅰ的降血脂作用研究被引量：16: 2008年; 目的利用理论对接和实验评价发现具有降血脂作用的植物有效成分。方法采用Tripos公司的Sybyl7.0软件的对接方法,以胆固醇酯转移蛋白(CETP)为受体对收集的植物成分进行虚拟筛选,以大鼠实验性高血脂模型,评价虚拟筛选出的目标分子对血清和肝脏血脂的影响。结果虚拟筛选得到的目标分子为二氢丹参酮Ⅰ,其可降低血清和肝脏中总胆固醇(TC)和甘油三酯(TG)的水平。结论二氢丹参酮Ⅰ的降血脂作用可能与抑制CETP有关。; 林肖惠徐为人刘鹏刘冰妮张士俊王玉丽刘巍汤立达; 关键词：二氢丹参酮I 胆固醇甘油三酯

连翘苷D和凝血因子Xa相互作用的分子动力学模拟被引量：1: 2009年; 目的阐明连翘苷D(FTD)与凝血因子Xa(FXa)活性位点的动态相互作用过程,为设计新药提供参考依据。方法利用FXa蛋白与其原始配体(RPR)的合理复合物结构作参照物,通过对接获得了FTD与FXa的复合结构。采用分子动力学方法模拟了两个复合物在水溶液中500 ps运动轨迹,考察配体与受体在动态相互作用过程中的变化过程。结果RPR依靠氢键作用与受体S1区域和中间部保持稳定的匹配状态,以非极性的芳香基与S4区域(Tyr99、Phe174、Trp215)形成了很好的空间匹配。FTD与受体相互作用方式不同,与受体的S1区域作用较弱,相对而言与S4区域及中间部的作用较强,导致在相互作用的过程中被受体排斥出来。结论通过配体与受体动态相互作用模拟研究表明,作为FXa的抑制剂与受体S1区结合的部分结构应该相对刚性,能与受体形成较强的氢键,在S4区需要一定的疏水性和芳香性,在中间部分需要一定量的氢键来帮助固定配体。; 金丽媛张士俊刘冰妮徐为人刘巍刘鹏汤立达; 关键词：凝血因子XA 分子动力学

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