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大肠埃希菌O157:H7 Tir基因的生物信息学分析被引量：2: 2009年; 目的扩增和测序肠出血型大肠埃希菌O157:H7 tir基因,利用生物信息学预测分析其结构和功能特征,以探讨Tir作为疫苗候选抗原的可能性。方法利用PCR技术扩增tir基因并测序,应用生物信息学网站在线分析工具和vector NT Isuite软件分析Tir蛋白结构和生物学功能,预测B细胞抗原表位。结果该基因全长1674bp,编码558个氨基酸,蛋白质总体亲水性高,有稳定的理化性质。含有3个结构和功能域,两段穿膜结构,多个磷酸化位点,预测20个B细胞线性表位。结论Tir毒力因子是很有前景的疫苗候选抗原,为肠出血型大肠埃希菌O157:H7的疫苗研究提供了理论依据。; 王玲龙北国胡黎平罗军陈健文范宏英; 关键词：生物信息学

应用噬菌体随机肽库技术筛选幽门螺杆菌中性粒细胞激活蛋白的抗原表位: 2008年; 目的筛选和鉴定幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，Hp）中性粒细胞激活蛋白（neutro-phil-activating protein，NAP）的有效抗原表位，为坳疫苗的研制提供基础。方法以抗NAP的单克隆抗体作为固相筛选分子，经3轮吸附．洗脱．扩增免疫，筛选噬菌体随机7肽库，随机挑选噬菌体克隆，经噬菌体酶联免疫吸附试验（ELISA）、交叉反应试验及竞争抑制试验鉴定阳性克隆，测定阳性克隆所携带DNA序列并进行计算机辅助分析。以制备的阳性噬菌体克隆短肽液免疫小鼠，免疫血清与NAP经Western blot分析，以验证NAP的模拟表位。结果经3轮免疫筛选后挑选到45个阳性克隆，经ELISA鉴定有12个阳性克隆，测序结果显示5种表位，其中P17噬菌体展示肽FAHLATQ与NAP氨基酸序列（137-143）高度同源，位于NAP高抗原区域（118-140），免疫血清可识别NAP。结论用噬菌体随机7肽库成功筛选到了NAP的模拟表位，为基于NAP的诊断和疫苗的研制提供了基础。; 罗军李妍赖建平龙敏张文炳龙北国; 关键词：幽门螺杆菌中性粒细胞激活蛋白表位噬菌体肽库

幽门螺杆菌基因克隆表达及其抗原表位分析被引量：2: 2008年; 目的克隆表达幽门螺杆菌基因hp0410,构建12肽噬菌体展示库,对hp0410的抗原表位进行筛选和分析,为构建多表位嵌合疫苗提供理论依据。方法从幽门螺杆菌NCTC11639基因组DNA中扩增出hp0410,并克隆入pGEX-4T-1中表达。利用纯化重组蛋白筛选出特异性单抗E018,利用该单抗和M13噬菌体12肽随机肽库,构建HP0410抗原表位的抗原展示库。竞争-抑制实验验证获得的阳性噬菌体并测序,生物信息学分析HP0410的抗原表位。结果成功构建可高水平分泌型表达HP0410的原核表达系统。对13株阳性噬菌体测序后获得8个表位,其中候选表位1个。HP0410可有效抑制展示该表位的噬菌体与单抗E018结合。分析表明,获得的8个表位与HP0410同源性不高,但处于生物信息学预测的区域。结论获得8个HP0410高抗原性区域的模拟表位,其中1个为模拟单抗E018特异性结合的抗原决定基的候选表位。; 胡平罗军赵卫张文炳龙北国; 关键词：生物信息学

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广州市科技攻关项目(2007Z3-E0391)