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海绵中提取的异臭椿萜类化合物作用靶标的识别被引量：1: 2011年; 采取了包括化学结构相似性学习、靶标聚类分析以及反向对接筛选等多种方法在内的综合性策略,尝试对中国南海海绵中提取得到的异臭椿萜类化合物进行生物学活性和作用靶标的预测.结果表明:这类化合物具有治疗心肌缺血和抗肿瘤的潜在生物学活性;表皮细胞生长因子受体(EGFR),焦点(局部)粘着斑激酶(FAK),胰岛素样生长因子1受体(IGF1-R),c-Src激酶以及血管表皮生长因子受体2(VEGF-R2)是这类化合物可能的作用靶标.IC50值从0.41g·m-3(0.41μg·mL-1)到9.8g·m-3(9.8μg·mL-1)不等.活性数据显示这些海绵提取的海洋天然产物可作为先导化合物,通过进一步的优化获得新的药物.同时还讨论了化合物与预测靶标的结合模式,结果显示四个化合物都与相应的受体有较好的结合.; 田然刘振明金宏威张亮仁林文翰; 关键词：抗肿瘤活性

基于结合位点的辅酶A结合蛋白家族的分类被引量：1: 2011年; 发展了一种基于分子相互识别的蛋白质分类方法,应用数据挖掘策略与统计学聚类,根据辅酶A(coenzyme-A,CoA)结合蛋白的结合模式特征数据,通过对比和分析多种分类方法对该体系的分类准确度,对这类体内重要的蛋白进行了分类方法学研究,选择了最优的两步聚类法.本研究工作设计和建立了一个分类参数,可以简洁有效地评价出各个结合特征的显著性与重要性,并以此为依据从所有特征中筛选出决定性的特征变量.研究结果所得到的CoA结合蛋白的三个分类,都具有显著的氢键与疏水结合特征;CoA可以与多个生物活性关键氨基酸残基形成氢键作用.这些相互作用的共性及分类上的差异,说明了配体与不同受体相互作用过程中结合模式上的细微差别,对于以CoA结合蛋白为靶点的选择性调控分子设计具有重要的参考意义与指导作用.; 樊迪刘振明金宏威张亮仁; 关键词：辅酶A 聚类分析

应用HSAB理论通过孤对电子性质对有机化合物亲核性/碱性的定量分析研究(英文): 2011年; 在密度泛函理论的基础上,根据软、硬酸碱原理,通过孤对电子计算得到的各种化学性质,我们建立了一种定量研究有机化合物亲核性/碱性的方法。这些化学性质描述符包括全局柔性,Fukui方程,局部柔性,局部Mulliken电荷等,它们是通过PC Spartan Pro软件,在密度泛函理论SVWN/DN~*层面上计算得到的量。在本研究工作中,选择了28个化合物,基于计算得到的密度将它们按照亲核性/碱性进行了分类。神经网络中的BP算法被用来研究所选取描述符与亲核性/碱性之间的关系。通过交叉验证避免了在神经网络训练中可能会出现的过度拟合问题。结果显示基于所建立神经网络的预测结果与已知的实验结果符合的很好。局部柔性与Fukui方程与亲核性之间有着相当好的对应关系,而局部Mulliken电荷更好地反映了碱性。我们期望所建立和训练得到的BP网络模型可以被用来预测未知化合物和功能基团的亲核性/碱性。; 郑铮刘振明; 关键词：密度泛函理论人工神经网络孤对电子

基于结构的虚拟筛选方法及其在全新CD38受体抑制剂发现中的应用: CD38分子是ADP核糖环化酶家族一种Ⅱ型跨膜糖蛋白。作为一种多功能信号酶,它广泛表达于多种组织和细胞中。CD38分子在体内能够催化β-NAD+(β-烟酰胺腺苷二核苷酸)和NADP(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸)生成具有钙动...; 司原琦刘振明张亮仁; 关键词：药效团分子对接; 文献传递

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国家自然科学基金(20802006)