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浙江省科技厅重大专项基金(2009C03011-4)
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浙江省1999-2011年麻疹流行株全基因组序列分析
被引量:5
2012年
目的从全基因组层面探讨浙江省1999—2011年麻疹病毒的变异及其与疫苗株S191之间的差异。方法选取浙江省不同年份分离的麻疹病毒流行株9株,采用RT-PCR方法扩增全基因组序列,并与疫苗株S191及国外主要流行基因型毒株进行全序列比较分析。结果1999--2011年浙江麻疹流行株间的氨基酸同源性为98.77%~99.89%,麻疹病毒尚未受到明显的正向压力,各基因的变异仍属随机漂移。与疫苗株S191相比,两者间氨基酸的同源性仅为96.63%~98.16%,分别存在135—159个氨基酸的改变,其中共同的氨基酸变异位点113个,导致5个糖基化位点的变异。在核苷酸水平上,N基因的平均变异率最大(5.5%);而在氨基酸水平上,P蛋白的平均变异率最大(7.7%)。此外,在全基因组序列上,浙江流行株与各国疫苗株的遗传距离均大于D4、B3基凶型流行株与各国疫苗组的遗传距离(t=-9.76,P〈0.05;t=-12.39,P〈0.05)。结论浙江麻疹流行株与疫苗株S191在各基因上均产生了较大的差异,现行疫苗株与H基因型流行株之间的差异远大于疫苗株与国外优势流行株(D4、B3基因型)之间的差异,应密切关注这一变化趋势,及早研究后备麻疹免疫株。
金青青
冯燕
徐昌平
卢亦愚
钟淑玲
莫世华
关键词:
麻疹病毒
全基因组
疫苗
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