国家重点基础研究发展计划(TG1999016004)
- 作品数：8 被引量：64H指数：5
- 相关作者：童春发施季森周猛杨立伟洑香香更多>>
- 相关机构：南京林业大学更多>>
- 发文基金：国家重点基础研究发展计划江苏省基础研究计划江苏省自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学自动化与计算机技术理学更多>>
- 基于Perl语言的序列同源性分析过程自动化的实现被引量：1
- 2007年
- Perl语言已经成为用于生物信息学应用程序开发最流行的语言。为了简化本地的序列同源性分析过程,作者基于Perl语言设计开发了序列同源性分析的自动化程序,该程序具有无需编译、可移植性好、简单易用等优点,大大提高了工作效率,充分体现了Perl语言在生物信息学研究中所具备的优势。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：PERL语言BLAST同源性分析自动化
- 杨树同义密码子用法的初步分析(英文)被引量：22
- 2007年
- 杨树是世界上广泛栽培的重要造林树种之一,已经成为林木基因工程研究的模式植物。用杨树的314个蛋白编码基因,通过对应分析和ENC-plot分析探讨了若干重要因子对杨树密码子用法的效应。从分析结果中可以看出,在影响最大的第一条向量轴上,基因的坐标位置与该基因的表达水平(CAI)极显著负相关(r=-0.94**),其次是与GC3S和基因长度极显著相关(r=0.86**和r=-0.57**),说明基因表达水平高低是影响密码子发挥作用的主要因素,基因编码区碱基组成和基因长度次之。ENC-plot分析结果也证明了这一点。相对密码子使用值(RSCU)的计算结果表明,高表达基因强烈偏好以A或T结尾的密码子,并确定了TTA和ATA等10个密码子为杨树的主要偏爱密码子。将杨树的密码子使用频率与拟南芥、水稻、大肠杆菌和人等不同模式生物种比较后发现,杨树密码子的偏爱性与同为双子叶植物的拟南芥最为相似,与人和大肠杆菌之间的差异较大。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：密码子用法基因长度基因表达水平杨树
- 基于Linux平台的林木EST序列分析系统的构建及应用被引量：1
- 2007年
- 利用Phred/Phrap/Consed、cross.match、RepeatMasker、Blast等软件和自主开发程序,基于Linux操作系统,构建了林木EST序列分析系统,完成了从测序峰图向核酸序列的转化、载体序列的去除、重复序列鉴定、EST序列分类和组装、EST序列功能注释与功能分类以及SSR、SNP的发掘。并通过使用Perl语言结合bioperl模块写的脚本程序使分析过程自动化,从而可以快速地对大批林木EST数据进行分析,为林木的功能基因组学研究提供有用的信息。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：林木ESTPERL生物信息学
- 充分利用Bioperl加速生物信息学的研究被引量：6
- 2008年
- Bioperl是Perl语言专门用于生物信息的工具与函数模块集,是世界各地的Perl开发人员在生物信息学、基因组学以及其他生命科学领域的智能结晶,服务于研究生物学问题的生物学家或计算机专家。通过对Bioperl进行了详细的介绍,并利用几个研究中的应用实例充分说明Bioperl在生物信息学研究中的重要地位。
- 周猛童春发施季森
- 关键词：生物信息学
- 杉木CCoAOMT蛋白的生物信息学分析与同源模建被引量：5
- 2008年
- 利用生物信息学方法分析了杉木CCoAOMT蛋白的氨基酸组成、等电点、疏水/亲水区、二级结构等蛋白质性质,并同欧洲云杉、拟南芥和水稻的蛋白进行了对比,并用生物信息学软件对其空间结构进行了模拟,同时对模建结果进行了结构质量的分析与检测。结果表明:该蛋白共有255个氨基酸,等电点为5.56,二级结构中α螺旋占37.65%,β折叠片占19.61%,无规卷曲占42.75%。三维结构检测表明此模型的结构符合立体化学规则。
- 周猛洑香香童春发施季森杨立伟王桂凤
- 关键词：杉木生物信息学同源模建
- 林木全同胞群体的多位点连锁分析被引量：1
- 2005年
- 多位点连锁分析是构建人类以及动植物的遗传连锁图谱的关键步骤之一,但是由 于林木遗传背景的复杂性,多位点连锁分析在林木的全同胞群体中还没有得到应用．本文将多位 点连锁分析应用到林木的F1代全同胞群体中．对于全同胞群体的任意分离比的两个位点,给出 了在不同的连锁相下从一个位点到另一个位点的转移概率矩阵．对于给定的一列标记位点,考虑 了不同分离比位点以及两位点间的连锁相信息,采用隐马尔可夫链模型计算极大似然函数和相邻 位点间的重组率．本文的方法有助于构建完整的高密度的林木遗传连锁图谱．
- 童春发施季森
- 关键词：林木
- 利用改进的复合区间作图法和F1代群体进行杉木的QTL作图被引量：9
- 2004年
- 区间作图和复合区间作图最先是为近交群体而设计的QTL作图方法 ,现已得到了广泛的应用。本文将它们应用于林木的F1代群体的QTL作图 ,称为改进的区间作图和复合区间作图法。该方法考虑了林木F1代 1∶1分离位点的信息 ,不同于通常的“拟测交”作图法。采用该方法 ,本文利用两个杉木无性系句容 0号杉和柔叶杉的AFLP分子标记遗传连锁图谱对杉木的 13个数量性状进行了QTL定位。当似然比统计量的阀值取为 13 82 (对应于LOD为 3 0 )时 ,在两张杉木遗传连锁图谱上 ,共搜索到了 2 5个QTL。在句容 0号无性系遗传连锁图谱上 ,有 5个QTL分布在 4个连锁群上。在柔叶杉的遗传连锁图谱上 ,有 2 0个QTL分布在 3个连锁群上 ,其中第 6连锁群上集中了高达 13个QTL。这一新的QTL作图方法在作图精度上有了较大的提高。文中所有的计算都是使用Mathematica软件编程完成的。
- 施季森童春发
- 关键词：杉木QTL作图复合区间作图法遗传连锁图谱数量性状基因座全同胞家系
- 利用杉木的F_1代群体构建遗传连锁图谱被引量：29
- 2004年
- 对于杉木 1∶1分离的分子标记位点 ,提出了一种新的构建遗传连锁图谱的策略。通过二点连锁分析 ,任意两个位点的连锁相和重组率可以得到推断和估计。对于一个连锁群中的最优排序 ,采用隐马尔可夫链模型的方法进行多位点的连锁分析。该作图方法比通常林木上所用的“拟测交”作图方法更有效。采用该作图策略 ,利用句容0号无性系 (♀ )×柔叶杉 (♂ )的F1代群体的AFLP分子标记数据重建了句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱。在句容 0号无性系的连锁图谱中 ,有 10 1个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 2 82 6cM ,平均图距为 2 2 6cM ,单个连锁群上最多含有 17个标记 ,最少含有 5个标记 ;在柔叶杉的连锁图谱中 ,有 94个标记分布在 11个连锁群上 ,图谱的总长度为 2 5 6 5 8cM ,平均图距为 2 7 3cM ,单个连锁群上最多含有 16个标记 ,最少含有 4个标记。构建的句容 0号无性系和柔叶杉的遗传连锁图谱比原有的图谱分别增加了 2 6个标记和 2 8个标记 ,双亲的图谱共增加了 5 4个AFLP标记 ,使图谱上的分子标记总数达到 195个 ,双亲遗传图谱的跨度均超过了 2 0 0 0cM ,基本上达到了杉木基因组的长度 ,图谱的覆盖率接近于 10 0 %。利用新的作图方法可以较大提高分子标记在图谱上的分辨率 。
- 童春发施季森
- 关键词：杉木遗传连锁图谱
