国家自然科学基金(30770059)
- 作品数：8 被引量：25H指数：3
- 相关作者：方柏山余劲聪罗巅辉靳鸿蔚郑晨娜更多>>
- 相关机构：华侨大学厦门大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术医药卫生更多>>
- 密码子用法数据库辅助工具CUDassist的开发被引量：2
- 2010年
- 密码子用法的研究是遗传密码的进化、基因的水平转移、基因表达的调控和异源表达的优化等领域不可或缺的内容。2个重要的密码子用法在线服务密码子用法数据库(CUD)和图形化密码子用法分析器(GCUA)为研究者提供了有力的数据支持,但仍存在一些问题,如密码子用法数据库可接受的检索方式过于单一,在特定密码子用法表(CUT)中Fraction参数值显示有误,图形化密码子用法分析器仅提供2个密码子用法表的比对视图等。本文针对这些问题,研发了密码子用法数据库辅助工具"CUDassist",做出4个改进:(1)增加密码子用法数据库的可检索方式;(2)修正密码子用法数据库中Fraction值显示错误的问题;(3)在密码子用法表中直接给出相对适应度(RA)参数值;(4)提供多个密码子用法表的比对视图。从而为研究者提供更方便、准确和丰富的密码子用法的信息,并在一定程度上有效融合了密码子用法数据库和图形化密码子用法分析器的功能,实现一站式服务。
- 余劲聪方柏山
- 开发可统计任意密码子用法的软件BestCodon被引量：3
- 2011年
- 密码子偏好是自然现象,分析密码子的用法可以优化表达基因,即密码子优化,从而调节目的基因在特定宿主中的表达水平。现有密码子用法分析软件多数只限于单个密码子,适用于密码子对和密码子三联体的较少见。本文提出1种可统计任意密码子用法的软件结构,开发出1个密码子用法统计软件"BestCodon",拥有序列检查和密码子用法统计2个模块。检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中非规范字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据。统计模块根据用户指定的密码子组合类型,结果返回特定的密码子用法表。本文还探讨序列检查和密码子用法统计中计算机的运算特性,结果表明该软件检查1条长达150000 bp的序列仅耗时约0.2 s,而从中统计密码子十联体的用法仅耗时约0.1 s。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子密码子用法生物信息学
- 合成生物学的研究方向与应用被引量：5
- 2009年
- 分析构建合成生物学元件的基本思路、研究原理和研究方法,阐述当前合成生物学的两个主要研究方向——最小生命体研究与合成元件的开发的国内外最新研究成果.前者的重点在于找到能维持生命的最少量基因,而后者的重点在于如何建立与天然细胞中相类似的功能元件,并使其能在宿主中顺利运行.两个研究方向出发点不同,但研究目标是一致的,其研究成果最终可以互相借鉴与融合.利用人工合成的最小生命体作为宿主,配合各种不同的生命功能元件合成生命元件,组装系统网络,最终创造出人造生命.同时,概要地指出了合成生物学的发展前景.
- 罗巅辉余劲聪方柏山陈国华(英文审校)
- 关键词：合成生物学元件人工生命细胞通讯
- Codon Usage Database自动寻错平台CUDer的组建与应用
- 2011年
- 密码子用法数据库(CUD)是密码子用法与密码子优化研究领域的一个重要的在线服务,为了找出该数据库中潜在的两种不再适用的记录,即已过期的陈旧记录和在遗传密码类型上实际无法有效支持的记录(简称不支持记录),本文通过结合前期自主研发的两个软件BestCodon与CUDassist,组建了CUD自动寻错平台CUDer,并应用于上述问题的研究。结果发现,CUD中存在317条陈旧记录与4条不支持记录。对于陈旧记录,这些记录的物种分类号在NCBI中已发生变更,研究者应该避免使用这些记录的相关数据;对于不支持记录,本文借助CUDer计算得到这些记录正确的密码子用法表(CUT),弥补了当前CUD的不足。此外,该平台也为面向CUD的自动化数据处理,提供了一个新的软件框架,具有一定的借鉴意义。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：密码子用法生物信息学
- 海洋费氏弧菌培养条件的研究被引量：6
- 2010年
- 以本室保存的一株海洋费氏弧菌作为实验对象,采用单因素试验方法研究培养基起始pH值、盐浓度和摇瓶装液量等因素对菌株生长的影响,利用分光光度法测定其生长曲线,采用均匀设计方法,对该菌的培养基组分进行优化研究,确定其适合的生长条件,结果表明:当培养温度为30℃,通气量为180r/min时,该菌株在20h左右达到生长稳定期,对甘油的利用率要优于葡萄糖,盐浓度在5%以下时生长良好,最适装液量为60mL/250mL,培养液初始pH值为8.0。确定100mL培养基配方为:蛋白胨2g,酵母粉1.0g,氯化铵1.2g,氯化钠0.2g,磷酸二氢钾1.0g,此条件下可以得到最大的生物量。
- 罗巅辉王文妍岳俊阳方柏山
- 蛋白质虚拟定点突变和饱和突变软件的开发
- 2010年
- 定点突变和饱和突变是研究蛋白质结构与功能关系、获取新酶的重要手段。如何在计算机上快速、准确地获取突变序列是实施高通量虚拟筛选的首要问题。本文提出一种可满足虚拟突变需求的软件架构,开发出一个蛋白质虚拟突变软件"PMu",拥有序列检查、定点突变和饱和突变3个模块。序列检查模块可代替人工校对,剔除输入序列中潜在的非法字符,为后续分析提供正确的、符合规范的数据。定点突变模块根据用户指定的位点和目标残基,启动对输入序列的自动突变功能,此突变包括替换、删除、插入3种形式。饱和突变模块通过分化参数设置,灵活实现标准饱和突变、自定义饱和突变和亚饱和突变等处理。该软件为相关研究快捷地提供准确的突变序列,可进一步用于同源建模、能量分析、分子动力学模拟以及实际的突变实验等。本文还探讨突变处理中计算机的运算特性,并指出该类型软件今后的2个发展方向。
- 余劲聪方柏山
- 关键词：定点突变生物信息学
- 采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族被引量：1
- 2010年
- 利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
- 李红春张光亚方柏山
- 关键词：特征值K-近邻
- PMu:Protein Virtual Mutagenesis System for Site-directed and Saturation Mutagenesis
- The site-directed and saturation mutagenesis methods are very important to probe the structure-function relati...
- Jincong Yu~1 and Baishan Fang~(2*) 1 College of Chemical Engineering,Huaqiao University,Xiamen 361021,China
- 链霉菌G-HD-4产黑色素的提取及理化性质被引量：11
- 2009年
- 对链霉菌G-HD-4发酵液采用酸沉淀、碱性溶液提取、酸水解,以及多种有机溶剂抽提等工艺手段分离、纯化出黑色素,研究其理化性质.结果表明,该黑色素的最大吸收峰为246 nm,与标准黑色素最大吸收峰相一致.在400 nm波长下,其光密度值(D)随黑色素质量浓度的增加而增大;容易被强氧化剂所氧化,而紫外、光照、温度、有机溶剂、还原剂、各种盐,以及金属离子对黑色素的影响较小,氨基酸、淀粉等添加物对黑色素稳定性没有影响,说明该黑色素稳定性良好.
- 郑晨娜方柏山罗菊香靳鸿蔚
- 关键词：黑色素纯化理化性质
