国家自然科学基金(30271022)
- 作品数：5 被引量：35H指数：4
- 相关作者：郑光明朱新平赵建潘德博陈昆慈更多>>
- 相关机构：中国水产科学研究院珠江水产研究所上海海洋大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学更多>>
- 鲮Myf5基因克隆及其SNPs分析被引量：18
- 2010年
- 提取新鲜鲮(Cirrhinus molitorella)肌肉总RNA,采用RT-PCR技术分段克隆鲮Myf5基因核心序列,获得1104bp的目的片段,其中开放阅读框为723bp,编码240个氨基酸。分析表明,鲮Myf5蛋白具有MRF家族基因的典型性碱性bHLH螺旋-环-螺旋(Basic helix-loop-helix,bHLH)结构。设计特异性引物扩增获得2个内含子,大小分别为1311bp和90bp。用单链构向多态性SSCP的方法分析了Myf5基因在珠江水系3个不同江段鲮中的遗传变异,分布及群体杂合性等群体遗传信息。发现其编码区非常保守,仅在外显子412位点处发生突变C→T。对该位点进行基因型分析,结果表明:珠江北江段鲮中该位点符合Hardy-Weinberg平衡,而东江和西江段种群不符合Hardy-Weinberg平衡,3个江段种群总体上符合Hardy-Weinberg平衡,并存在较大基因流。以Myf5基因该位点的多态性分析表明,3个种群未出现明显分化;通过该位点的遗传结构分析表明:3个江段种群杂合度都较高,中度信息含量(PIC)及多态信息指数,即该位点有较好的变异性及遗传多态性。3个江段种群总体上该位点在不符合Hardy-Weinberg的情况下AA>BB,并由该位点群体杂合性及中性分析表明该位点突变群体具体良好的多态性且不遵循中性选择模式,说明BB型个体受到自然选择。本研究结果表明,鲮Myf5基因的C412T与个体生长有相关性,可作为候选基因标记,用于鲮生长相关分子标记辅助育种研究。
- 钟茂春郑光明赵建朱新平马丽莎潘德博陈昆慈谢文平史燕
- 关键词：鲮鱼SSCP
- 鲮微卫星DNA分子标记的筛选与遗传多样性分析被引量：1
- 2012年
- 采用磁珠富集法对已建立的生长较快的西江段野生浅色鲮群体的极大、极小群体各31尾基因组DNA进行了微卫星序列的筛选,128个阳性克隆成功测序93个,其中80个为的微卫星序列,微卫星序列完美型占85%,非完美型占6.25%,混合型占8.75%。利用微卫星序列合成了23对微卫星引物,扩增结果表明,等位基因数为1～10个,扩增片段大小为92～283bp,其中14对引物扩增条带清晰,为中度或高度多态位点,极大、极小群体的平均有效等位基因数和平均多态信息含量分别为3.0784、3.2079和0.5675、0.5974,反映出2个群体遗传多样性均较丰富;高度多态性引物4的位点b,片段大小为119bp,在极大群体中出现频率为61.3%,在极小群体占22.6%,出现频率极大群体高于极小群体近3倍,初步可作为候选差异性分子标记。
- 刘佳瑶赵建郑光明朱新平
- 关键词：微卫星磁珠富集法
- 鲮鱼DAF和DNA谱带的快速银染检测被引量：5
- 2005年
- 利用20个高GC含量的8bp的随机引物开展野生鲮鱼(Cirrhinamolitorella)DNA扩增指纹的研究,以建立鲮鱼DNA扩增指纹(DAF)技术,包括引物设计,PCR反应条件的设置。结果显示,DAF引物浓度相对较高,最佳引物浓度为3 5μmol/L。DAF引物pn 16(GCGACCTG)扩增表明,DAF有好的重复性,引物pn-16扩增特征性谱带可用于鉴定鲮鱼。DAF扩增产物可揭示鲮DNA的多态性。同时建立了DNA尿素-聚丙烯酰胺凝胶银染快速检测技术和最佳银染参数,银染检测大约需要1h,建立包括固定、漂洗、染色、显色、停显色的银染程序和尿素-聚丙烯酰胺凝胶湿法与干法的保存方法。
- 郑光明朱新平刘毅辉罗建仁
- 关键词：银染
- 鲮鱼DAF和RAPD的比较研究被引量：10
- 2005年
- 郑光明朱新平刘毅辉罗建仁
- 关键词：随机扩增多态性DNA鲮鱼RAPDDAF
- 西江野生鲮与养殖群体的遗传分析被引量：7
- 2009年
- 利用部分鲤科鱼类中具多态位点的74对微卫星引物对鲮基因组DNA进行筛选扩增，其中11对引物可稳定扩增且有较高的多态性，占总引物数的14．86％，并利用筛选的引物对西江段3个野生鲮群体（深色群体、浅色群体、西江群体）和1个养殖群体进行遗传多样性分析．结果显示：11个引物扩增得到等位基因数为4～23个，大小为100—374bp，平均多态信息含量为0．7498，不同群体的观测杂合度为0．5105～0．6273，期望杂合度为0．7120～0．7656，深色群体、浅色群体、西江群体和养殖群体的Nei氏基因多样度分别为0．7451±0．3884，0．7632±0．3968，0．7081±0．3712，0．7392±0．3852，野生群体与养殖群体相比，杂合度和遗传多样性水平基本一致．运用Genetix软件计算得到4个群体间的基因分化系数为0．0268～0.0703。AMOVA分析表明群体间的变异占总变异的6．96％，群体内个体间的变异占93．04％，固定系数为0．06964，群体间具有一定程度的分化，但分化主要表现在野生群体和养殖群体之间，而野生群体之间的分化不明显．
- 张丹丹郑光明朱新平赵建陈昆慈潘德博
- 关键词：野生群体养殖群体PCR扩增微卫星标记
