国家自然科学基金(40601046)
- 作品数：15 被引量：22H指数：3
- 相关作者：林毅蔡福营张光亚张同武袁宇熹更多>>
- 相关机构：华侨大学厦门华侨亚热带植物引种园更多>>
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- 抗癌晶体蛋白Parasporin-2空间结构的研究被引量：2
- 2008年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-2(Cry46Aa1)活性区的初始三维结构,利用分子动力学方法对初始三维结构进行优化。为了评估模型的好坏,利用Ramachandran plot和结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示,所得的Parasporin-2空间模型良好。比较了Cry46Aa1与Cry46Ab1这两种高度同源的抗癌晶体蛋白的空间结构,找出了其空间结构上的不同之处。通过大分子对接程序Hex4.5,模拟了Parasporin-2与受体GPI-瞄固蛋白(CD59)的相互作用。结果显示,Parasporin-2中参与对接的活性位点位于两个α-螺旋下方的凹槽内,而CD59中的四个loop倾向于插入该凹槽内。研究结果为Parasporin-2的抗癌机制研究及其理性改造奠定了基础。
- 林毅张同武陈智山蔡福营
- 关键词：抗癌晶体蛋白同源建模分子动力学模拟
- 具有抗癌活性的伴孢晶体蛋白研究进展
- 2010年
- 伴孢晶体蛋白是苏云金芽孢杆菌等少数芽孢杆菌在形成芽孢的同时形成的碱溶性蛋白晶体,它对约200种昆虫尤其是鳞翅目的幼虫有杀伤作用,最近人们发现某些菌株的伴孢晶体蛋白存在抗癌活性。概述了伴孢晶体的一般性结构,着重对PS2(Parasporin-2)的抗癌的分子机制进行了深入地剖析,并就研究中存在的问题和发展趋势进行了讨论。
- 田凌林毅
- 关键词：苏云金芽胞杆菌伴孢晶体抗癌机理
- Ⅱ型抗癌晶体蛋白抗肝癌作用的关键芳香族氨基酸被引量：1
- 2013年
- 为探讨Ⅱ型抗癌晶体蛋白(Parasporin-2)上与抗肝癌作用相关的关键氨基酸,利用5-BU对Parasporin-2活性区编码DNA(P2Y)进行PCR诱变,之后在大肠杆菌中表达,产物纯化后经MTT法检测其对肝癌细胞系和正常肝细胞系的作用。获得的9个突变体其抗肝癌活性差异极大,其中P2M1和P2M8对两种肝癌细胞系SMMC7721和Bel7402均有较强的细胞毒杀作用而不影响正常肝细胞系Chang-liver。比较了P2M1、P2M8和P2Y的二级结构与三级结构,发现二级结构上的变化如β折叠变长或α螺旋增加影响着Ⅱ型抗癌晶体蛋白的抗肝癌活性。基于突变体间氨基酸序列比对、突变体与受体间分子对接以及模拟突变等研究的结果表明,位点52、56、58和208上的氨基酸残基特别是芳香族氨基酸在Parasporin-2与受体间的互作中可能起着重要作用。
- 廖利民林淑芳田凌陈爱明林毅
- 关键词：突变体抗肝癌
- 苏云金芽孢杆菌Ⅳ型抗癌晶体蛋白的分子模建
- 2009年
- 通过同源建模得到了抗癌晶体蛋白Parasporin-4的初始三维结构,利用分子动力学的方法对初始三维结构进行优化,同时分析了模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法对模型进行评价。结果显示得到的Parasporin-4结构是具有三个结构域,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.547 742,在合理范围之内,表明Parasporin-4蛋白模型良好。研究结果为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供了结构信息。
- 何伟张同武林毅
- 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟
- 苏云金杆菌Ⅰ型抗癌晶体蛋白的分子模建
- 2009年
- 通过同源建模,得到Ⅰ型抗癌晶体蛋白Parasporin-1的初始三维结构.经分子动力学方法优化后,利用Ramachandran Plot检测和结构匹配等方法对模型进行评价.结果显示,结构模型中的键长、键角及二面角的分布合理,与模板蛋白的主链α碳原子的均方根差值为0.537 592,在合理范围之内.此外,通过分析Paras-porin-1结构域Ⅰ中的-βloop-β结构片段,推测出第2个蛋白酶处理激活位点的位置在两个芳香族疏水性氨基酸F167与Y168之间.
- 袁宇熹张同武陈智山林毅
- 关键词：同源建模分子动力学模拟蛋白酶
- 三种中草药对人肝癌细胞SMMC7721体外增殖抑制被引量：4
- 2009年
- 采用四甲基偶氮唑盐(MTT)比色法和细胞凋亡形态观察,初步探讨白英、毛麝香和使君子3种中草药的醇提物对肝癌细胞SMMC7721体外增殖的抑制效果.结果表明,白英醇提物对肝癌细胞SMMC7721有很强的抑制作用,当抑制率为50%时,样品的质量浓度(5ρ0)达到25.85 mg.L-1,且经50 mg.L-1作用72 h后,细胞逐渐变圆,体积缩小,有凋亡小体形成,呈典型的凋亡现象;使君子、毛麝香的醇提物对细胞抑制作用较弱,在药物质量浓度达到100 mg.L-1时,对SMMC7721细胞的抑制率分别为43.88%,20.88%,二者的5ρ0均大于100 mg.L-1.
- 陈碧强林毅明艳林陈良华童庆宣
- 关键词：中草药肝癌细胞SMMC7721四甲基偶氮唑盐比色法细胞凋亡体外增殖
- 基于均匀设计的主成分分析-支持向量机模型及其在几丁质酶最适pH建模中的应用被引量：5
- 2007年
- 采用主成分分析法对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入支持向量机,籍均匀设计,构建了几丁质酶氨基酸组成和最适pH的数学模型。当惩罚系数C为10,epsilon值为0.7,Gamma值为0.5,模型对pH值拟合的平均绝对百分比误差为3.76%,同时具有良好的预测效果,预测的平均绝对误差为0.42个pH单位。该方法比用BP神经网络方法效果更佳。
- 林毅蔡福营袁宇熹张光亚
- 关键词：主成分分析支持向量机几丁质酶最适PH均匀设计
- 苏云金杆菌Ⅲ型抗癌晶体蛋白的分子模建被引量：1
- 2009年
- 通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白结构相似,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.486751,在合理范围之内,表明Parasporin-3蛋白模型良好。并对Ⅲ型抗癌晶体蛋白的两种蛋白的预测结构进行了比较。为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供信息。
- 何伟张同武林毅
- 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟
- 杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型被引量：1
- 2008年
- 采用定点突变技术改造杀虫晶体蛋白,是提高其杀虫活性的有效途径,但目前在突变位点和氨基酸种类的选取上还存在很大的盲目性。以杀小菜蛾活性明确的23个杀虫晶体蛋白上的4个关键结构域为研究对象,用主成分分析法处理20种氨基酸1369种性质参数后的第一个主成分的得分向量来表征氨基酸差异,实现序列数据化。通过逐步回归找到了6个关键氨基酸位点:X3、X9、X12、X13、X14和X19,并进一步通过偏最小二乘二次多项式回归寻根最优氨基酸残基L/X3、S/X9、S/X12、T/X13、A/X14和G/X19,从而建立了杀虫晶体蛋白的序列特征与其杀小菜蛾活性间关系的定量模型。这有助于快速地预测出有利于提高杀小菜蛾活性的氨基酸位点和种类,从而提高定点突变改造杀虫晶体蛋白的效率。
- 林毅蔡福营张光亚
- 关键词：杀虫晶体蛋白小菜蛾
- 杀虫晶体蛋白Cry1Ac与其配体N-已酰半乳糖胺的对接研究
- 2008年
- 利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472可能对维持Cry1Ac的DomainⅢ稳定构象起着重要作用。N482和Q506两个残基均含有酰氨基,在对接中易于形成多个氢键,这对稳定对接具有重要作用。研究结果可提供一些有用的信息,用于指导杀虫晶体蛋白的理性设计。
- 林毅张同武陈智山
- 关键词：杀虫晶体蛋白分子对接同源建模关键氨基酸
