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玉米细胞分裂素反应调节因子基因的克隆与进化分析: 2010年; 在植物的生长发育过程中,细胞分裂素在调节细胞分裂和组织发育中起着非常重要的作用。研究表明细胞分裂素的信号转导是一种双组分信号转导途径,在这个系统中,由3种蛋白组成,分别是组氨酸激酶、磷酸转移蛋白和反应调控因子。利用已经克隆的玉米和水稻细胞分裂素反应调节因子基因,进行BLAST分析从玉米全基因组中获得候选ZmRR类型基因。然后设计全长基因引物,通过Trizol法提取玉米叶片总RNA,利用RT-PCR技术克隆出全长候选基因。序列分析表明所扩增序列含有完整的编码框,其编码156个氨基酸残基。序列比对分析其与ZmRR1-10基因具有较高的同源性,并命名为ZmRR11,系统进化树分析证实其属于A类细胞分裂素调控因子,并对所有ZmRR类型基因进行motif分析,共发现37个保守的motif。该基因的克隆和进化分析对阐明玉米双元信号传导体系具有重要的意义。; 江海洋洪玲朱苏文程备久; 关键词：玉米细胞分裂素进化

HPLC法分析玉米自交系水杨酸含量被引量：1: 2010年; [目的]建立玉米自交系自由态水杨酸(SA)和结合态水杨酸(SAG)含量测定的HPLC法。[方法]用高效液相色谱仪以邻甲氧基苯甲酸作为内部标准品测定玉米自交系中自由态水杨酸和结合态水杨酸的含量。[结果]5种玉米自交系中自由态水杨酸和结合态水杨酸的含量大致相同,说明水杨酸含量在不同玉米自交系中具有稳定性。[结论]该研究建立了一种基于HPLC法测定玉米自交系中水杨酸含量的新方法,灵敏度高,分析时间短,同样适用于其他植物材料。; 严涵薇朱苏文江海洋; 关键词：玉米自交系 HPLC法

玉米Dof转录因子家族基因的全基因组分析被引量：10: 2010年; Dof转录因子家族在植物生长发育和基因表达调控过程中具有重要的作用,本文利用公布的玉米基因组草图数据,利用生物信息学方法对玉米全基因组Dof基因的结构、系统进化关系和保守motif进行了分析。结果表明:玉米中共有18个Dof类型基因,命名为ZmDof1-ZmDof18,其蛋白质长度在211aa至618aa之间,通过系统进化树分析后,18个Dof基因可以明显的分为三类,此外玉米Dof基因的数目远远小于水稻和拟南芥,基因复制现象较少是玉米Dof基因数量较少的原因之一,MEME分析证实了Dof基因含有三个保守的motif。对玉米Dof类型基因的系统分析,将有助于玉米Dof类型基因的克隆和功能的进一步研究。; 江海洋骆晨江腾程备久朱苏文; 关键词：玉米生物信息学

高粱生长素反应因子(ARF)基因的全基因组分析与进化研究被引量：14: 2010年; 生长素在植物发育中的各个阶段都起着重要作用,而生长素反应因子(auxin response factors,ARF)特异性的调节生长素反应基因的表达,是植物细胞中重要的一类转录因子家族。在拟南芥、玉米、水稻等模式作物中先后克隆了一些ARF基因,但是高粱作为一种重要的经济作物,这方面的研究未见报道。随着高粱全基因组序列的公布,利用基因组序列分析ARF基因的数目、结构、进化具有重要的意义。利用公布的高粱全基因组数据,利用DNATOOLS、BLAST、MEGA4.0以及Genomepixelizer等生物信息学软件对高粱(Sorghum bicolor)生长素反应因子ARF基因的数量、物理位置、系统进化树、氨基酸序列及保守基序(motif)的保守性等进行分析。结果表明,在高粱全基因组中共有26个ARF基因,26个ARF基因根据其进化关系分为A、B、C 3类;通过对全基因组内ARF基因进行物理位置和基因家族分析,发现高粱基因组中ARF基因存在明显的基因复制现象,基因的复制对高粱基因组中ARF基因数量扩张起到了重要的作用。; 江海洋魏巍刘艳朱苏文程备久; 关键词：高粱进化分析

苜蓿全基因组WRKY转录因子基因的分析被引量：31: 2011年; 蒺藜苜蓿的基因组较小,遗传转化相对容易,是国际上广泛用于研究豆科植物的模式植物,其全基因组测序已经完成。WRKY转录因子是近年来在植物中发现的N-端含有WRKYGQK高度保守氨基酸序列的新型转录调控因子,调节启动子中含W-box元件的调节基因和(/或)功能基因的表达,从而参与植物的各种防卫反应。本研究以苜蓿基因组序列(Mt2.0)为材料,利用生物信息学方法分析苜蓿全基因组WRKY转录因子基因的数目、种类、系统发生学、保守基序,结果表明,苜蓿中共有28个WRKY基因,其中5个基因含有2个WRKY结构域,共含有33个WRKY结构域,根据其结构域特点可以分为3个大类,同时与水稻WRKY基因进行了比较研究,发现基因数目远少于拟南芥和水稻,同时研究证实苜蓿与水稻WRKY基因的起源和进化关系存在较大差异,显示出苜蓿WRKY进化有其独特的特点,此外分析苜蓿WRKY基因的保守motif共有46个,筛选得到WRKY结构域的5个保守motif。该研究对苜蓿WRKY基因功能的研究及进化具有重要的意义。; 江腾林勇祥刘雪江海洋朱苏文; 关键词：苜蓿 WRKY 系统发生树生物信息学

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安徽省自然科学基金(090411023)