国家自然科学基金(31070063)
- 作品数：3 被引量：2H指数：1
- 相关作者：耿存亮王禄山潘龙强慕宇光龚斌更多>>
- 相关机构：山东大学南洋理工大学山东省计算中心更多>>
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- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术更多>>
- Gromacs在神威蓝光超级计算机上的部署及应用
- 2013年
- Gromacs是一个大型的分子动力学模拟软件。国家超算济南中心拥有两套高性能计算系统,分别为基于Intel CPU构建的高性能计算集群(理论峰值超过100T),以及基于国产SW1600 CPU构建的MPP超级计算系统(理论峰值超过1P)。本文介绍了Gromacs软件包在两个高性能计算平台的移植、部署,并以生物大分子作为实例在两个平台上进行了分子动力学模拟测试。
- 朱效民尚远王利
- 关键词：分子动力学模拟
- 生物大分子的分子动力学模拟过程在百万亿次集群上的部署优化被引量：1
- 2012年
- 分子动力学模拟作为研究生物大分子功能和性质的新工具,已广泛应用于蛋白质和核酸等物质的分子动态学行为研究,但目前常规分子动力学模拟时间尺度较小,不能达到生物大分子分子动态行为的有效取样范围。温度副本交换分子动力学可同时运行多个独立模拟,明显提高模拟时间的可及尺度,但需要千核以至万核的计算资源,目前已发表的相关文献其模拟体系使用的计算资源均较小。本文利用国家超算济南中心的神威4000A百万亿次集群,首先进行单副本的分子动力学模拟,然后利用外切纤维素酶催化结构域的模拟体系(约5万原子)进行多达128个温度副本的分子动力学模拟,一次模拟任务最多成功利用6 720个CPU核心同时进行计算,最高总运算速度累计达到2 274 ns/d,这为分子动力学模拟利用上万核心进行计算提供了新的思路。
- 潘龙强耿存亮慕宇光刘鑫胡毅潘景山周亚滨龚斌王禄山
- 关键词：分子动力学模拟
- 持续性催化酶类机理研究及其分子动力学模拟被引量：1
- 2012年
- 酶分子催化机理研究是生命科学研究领域一个重要的问题.近80年来,过渡态理论在解释酶催化机理问题上占据了主导地位,结合热力学循环、锁钥学说、诱导契合学说以及酶活性中心柔性学说等理论,可以很好地解释多种酶分子的催化过程.近年来,随着蛋白质结构解析方法、单分子分析检测技术及计算机模拟技术的发展,人们对酶分子催化机理的认识愈加深刻.但持续性催化酶类的催化动力研究表明,过渡态理论的解释并不充分.本文对酶催化机理研究的相关进展进行了综述,并针对持续性酶类催化动态过程的特点提出了可能的研究方向及可行的研究方法.
- 黄彬耿存亮潘龙强王禄山张冬菊高培基
- 关键词：过渡态理论外切纤维素酶分子动力学模拟
