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质子化甘氨酸二聚物与水分子的相互作用: 2011年; 采用密度泛函方法(B3LYP),在6-31+G*基组水平上优化质子化的甘氨酸二聚物结合一分子水形成的所有复合物。比较这些复合物的相对能量,并计算了中性与两性复合物相互转化所需要的活化能。结果显示,当水分子结合在H2,H5,H6(左侧甘氨酸)上时,两性复合物要比中性复合物稳定。水分子结合到H5和H6位置时,GGH-cs构型的复合物很容易转化为GGH-zw构型的复合物。; 陈金鹏赵永平刘静静艾洪奇; 关键词：质子化活化能

金属离子与腺嘌呤异构体复合物的稳定性: 2011年; 在B3LYP/6-311++G**//6-31+G*基组水平上,结合PCM模型系统优化了气相和液相环境中14种腺嘌呤异构体与4种金属离子(Na+,K+,Mg2+,Ca2+)形成的132个稳定复合物的结构.通过能量对比,得出了这些复合物在气液两相中的稳定性顺序及每种异构体与金属离子的最佳结合位置,给出了液相中这些不同金属离子复合物的最稳定结构.与气相相比,溶剂效应导致液相中复合物稳定性顺序发生了很大变化.从气相中的结合能(EBE)、液相中的溶质-溶剂相互作用能(Epol)和HOMO轨道的变化等方面进行了系统阐述.; 陈金鹏齐中囡杨爱彬艾洪奇; 关键词：B3LYP

胞嘧啶与金属离子Cu^(+/2+),Zn^2复合物的稳定性研究: 2012年; 用M06/6-31+G*方法和PCM(polarized continuum model)溶剂模型研究了CnCu+/2+和CnZn2+配合物在气液两相中的稳定性顺序,重点从溶剂效应和电荷分布等方面讨论分析了与生物环境相关的液相中各配合物的稳定性。结果表明,CnCu+受溶剂效应和电子转移的影响不大,气液两相中最稳定的配合物均为C1Cu+,后面的配合物稳定性顺序基本一致;CnCu2+在气相中最稳定的也是C1Cu2+,受溶剂效应和电子转移的影响(溶液中C4CuII+→C4CuII2+过程比C1Cu+→C1Cu2+进程有更多的电荷转移(0.14 vs 0.07)),液相中最稳定的配合物变为C4CuII2+。CnZn2+在气液两相中最稳定的配合物均为C1Zn2+,这与CnCu+最稳定的配合物规律一致,但后面的配合物稳定性顺序变化较大,其中稳定性顺序中排第二位和第三位的配合物由气相中的C7ZnI2+和C6ZnI2+变为液相中的C4ZnII2+和C5ZnI2+。C4MII+/2+和C5MI+/2+因结构对称且电荷分布相似,稳定性基本一致。; 刘静静艾洪奇赵磊石虎; 关键词：胞嘧啶金属离子气液两相溶剂效应配合物稳定性

质子化作用对Aβ_(1—16)单体结构特征和聚集机理的影响被引量：1: 2013年; 利用副本交换分子动力学模拟研究了Aβ肽(β-Amyloid peptide)N末端部分Aβ1—16单体在pH为7.0,6.3及5.5水溶液状态下的结构特征以及聚集机理.通过建模确定了不同pH状态下Aβ1—16肽链的质子化位置(残基),通过模拟比较了不同酸性溶液状态下Aβ1—16单体的结构和能量变化.结果表明,在中性条件下,Aβ1—16单体保持自由卷曲结构,而在酸性状态下,其结构由最初的无序状态向有序状态转变,模拟过程中β-折叠结构会间歇性产生,预示着单体可以发生自聚集现象.本文所得结论,即酸性状态下的Aβ1—16单体质子化位及模拟过程中的结构变化,可用于酸性状态下金属离子与Aβ1—16可能的残基结合位及结合数量的有效预测和评估.; 石虎程珊珊艾洪奇; 关键词：分子动力学模拟质子化作用结构特征

金属离子(Na^+、K^+、Ca^(2+)、Mg^(2+)、Zn^(2+))与鸟嘌呤异构体配合物的稳定性被引量：6: 2010年; 在B3LYP/6-311++G**水平上用极化连续介质模型(PCM)系统研究了金属离子(M+/2+=Na+,K+,Ca2+,Mg2+,Zn2+)和十三种鸟嘌呤异构体形成的配合物GnxM+/2+(n为鸟嘌呤异构体的编号,x表示M+/2+与鸟嘌呤异构体的结合位点)在气(g)液(a)两相中的稳定性顺序.着重探讨了液相中配合物的稳定性差异,并且从溶质-溶剂效应、结合能、形变能及异构体的相对能量等几个方面分析了造成稳定顺序发生变化的原因.报道了溶液中这五种金属离子与鸟嘌呤异构体结合形成的六种基态配合物:aG1N2,N3Na+,aG1N2,N3K+,aG1O6,N7Ca2+,aG1N2,N3Mg2+(aG1O6,N7Mg2+),aG2N3,N9Zn2+.可以看出,除了在Zn2+配合物中鸟嘌呤异构体为G2外,构成其余四种金属离子配合物的鸟嘌呤异构体都是G1,但结合位点不同.同时对气相中各类配合物稳定性也进行了系统的排序,并报道了几种较稳定的配合物,如:gG3N1,O6K+,gG5N1,O6K+,gG3N1,O6Ca2+/Mg2+,gG4O6,N7Ca2+/Mg2+.; 赵永平艾洪奇陈金鹏杨爱彬齐中囡; 关键词：金属离子结合能

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山东省自然科学基金(Y2008B56)