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直系同源蛋白在蛋白质互作网络中的特性及其受到microRNA调控的特点研究: 2009年; 目的直系同源蛋白具有非常重要的作用,研究其拓扑特性及其受到的microRNA调控是非常有意义的。方法本文采用Z-score测度,利用直系同源蛋白数据、蛋白质互作网络数据和microRNA靶基因数据,研究直系同源蛋白在蛋白质互作网络中的特性,及其受到microRNA调控的特点。结果研究结果发现直系同源蛋白在蛋白质互作网络中具有更高的连接度,其所对应的基因也受到更多的microRNA调控。结论研究结果揭示了直系同源蛋白具有更高的功能复杂性,而且microRNA倾向于调控较保守的、在网络中具有更高连接度的蛋白质。; 戴静珠李霞; 关键词：MICRORNA调控蛋白质互作网络保守性

前馈环中疾病基因的分布特性研究: 2009年; 目的研究人类基因转录调控网络的特异性模块及转录调控模块中不同位置上基因的功能。方法通过与随机网络比较得到人类基因转录调控网络中具有显著意义的调控模块,并利用超几何分布算法计算特异性模块不同位置上疾病基因的分布显著性。结果前馈环在人类基因转录调控网络中分布频率具有特异性(P<0.01),疾病基因在该类模块的特异调控子和功能反应子中比例显著偏高(P<0.01)。结论前馈环是人类基因转录调控网络的主要模块。其中,前馈环中特异调控子起信息传导作用,功能反应子为功能执行者,在疾病的发生发展中起重要作用。; 刘金凤高磊刘永宾李霞; 关键词：转录调控疾病基因

离子通道亚型与其基因共表达的关联研究: 2008年; 离子通道亚型与其基因共表达的关联对研究离子通道功能有重要意义。文章采用主成分分析和模糊C-均值聚类算法对数据进行分析,将方法应用到人类和小鼠两套表达谱数据,结果发现离子通道亚型中钾离子通道、钙离子通道、氯离子通道和受体激活型离子通道的表达谱聚类结果与生物学分类有较好的一致性,体现了离子通道亚型在mRNA水平上的共表达,并证实了通过离子通道表达谱能很好的对离子通道的功能亚型进行分类。; 杨德武李霞肖雪杨月莹王靖; 关键词：离子通道基因表达谱共表达

microRNA层面上癌症的公共机制被引量：3: 2009年; microRNAs(miRNA)是一类内源性的非编码小RNA。已有研究表明miRNAs的靶基因中有不少癌症的相关基因。为了全面研究miRNA与癌症的关系,作者将19种癌症的相关基因集合分别富集到494个miRNAs靶基因集合上,得到各类癌症所富集的miRNAs。结果发现19种癌症仅集中地富集在144个miRNAs上,由此验证了癌症在miRNAs上的公共机制。在此基础上,作者对癌症富集较多的8个miRNAs做了进一步研究,结果发现这8个miRNAs均为高度保守的miRNAs,且它们的靶基因集合一致富集在基因本体论(gene ontology,GO)的基本生物学过程上,并与转录因子活性以及蛋白激酶活性相关。另一方面,在基于miRNA构建的癌症网络中,前列腺癌与乳腺癌,结肠癌与乳腺癌之间共享较多的miRNAs,表明了这些癌症在miRNA层面上存在密切的关系。; 肖雪李霞张绍军; 关键词：MICRORNA 癌症

基于网络特征的药物靶蛋白识别被引量：1: 2008年; 蛋白质很少孤立得发挥作用,往往通过网络中彼此互作来共同行使功能.因此分析药物靶蛋白在生物学网络中的性质将十分有助于从信息学角度理解药物的作用机制.但目前尚无研究对药物靶蛋白在人类蛋白质互作网络中的拓扑特性给与具体的分析和描述.本文首先将药物靶蛋白映射到人类蛋白质互作网络中,进而分析了药物作用靶蛋白在互作网络中的5种拓扑指标,并与互作网络中全蛋白质组集合及非药物靶点集合的拓扑指标进行了对比.结果显示,药物靶蛋白之间具有更高的连通性,信息能够得到更快得传递.基于这些拓扑特征,将互作网络中的所有蛋白进行排序.发现排序在前100位的蛋白中有48个是Drugbank中记录的药物靶点,另外的52个蛋白中有9个蛋白已在TTD,Matador等数据库中被记录为药物靶点,还有部分蛋白通过文献检索被证实为药物靶点.; 朱明珠高磊李霞刘志成; 关键词：药物靶点拓扑特征

同胞对间全基因组表达差异与SNP位点血缘一致性相关分析被引量：1: 2009年; 研究影响基因表达差异的调控机制对研究人类复杂性状的遗传机制具有重要意义。采用logistic回归分析方法,对基因在家系同胞对间是否存在较大表达差异与同胞对在SNPs位点共享同源等位基因的概率做回归分析,从而克服线性模型的束缚,并且考虑到多个SNPs对基因表达的共同作用。选取14个CEPH三代家系的378个同胞对作为研究对象,对个体间差异显著的3 554个基因在2 492个SNPs位点上进行全基因组扫描,得到与3 101个基因在同胞对间是否存在较大表达差异显著相关的SNPs位点(P<0.001),并分析基因相应的cist、rans调控位点。结果表明,人类基因在同胞对间是否存在较大表达差异,与SNP位点血缘一致性有显著相关;结果还发现,存在多个基因的表达水平,在同胞对间是否存在较大差异都与同一SNP显著相关;将这些基因进行聚类,并且对其进行功能富集研究,发现在某些GO注释上存在显著富集现象。; 林慧高磊华琳李冬果李霞; 关键词：SNPS IBD LOGISTIC回归

结合蛋白质互作与功能类的可分性预测蛋白质功能: 2009年; 当前蛋白质功能注释体系的欠完备性限制了生物学及医药研究的进一步发展和应用,有必要将基因本体功能知识体系(GO)的功能注释信息进一步深化,把蛋白质注释到GO中更具体的功能节点。为此,提出一种结合互作信息的新的预测策略,将酵母蛋白质准确地预测到更具体的功能类中。针对GO中的每个候选预测空间来构建分类器,并选用功能类分离性指标对候选预测空间进行评价,选出该指标大于一定阈值的候选预测空间,再将父节点中的蛋白质预测到子节点中。通过扩展深化预测的范围,可将预测空间一直上溯到根节点,对蛋白质功能进行深层预测,得到很好的预测结果。以上溯两层的预测空间为例,平均真阳性率和覆盖率分别达到94.02%和95.82%。; 朱明珠高磊李彦辉马文才朱晶张敏郭政李霞

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