国家林业局948项目(2013-4-44)
- 作品数：10 被引量：58H指数：5
- 相关作者：周军王大玮邓浪徐世宏高晓宇更多>>
- 相关机构：西南林业大学北方民族大学教育部更多>>
- 发文基金：引进国际先进农业科技计划教育部重点实验室开放基金云南省教育厅科学研究基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 猕猴桃WRKY转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：6
- 2018年
- 本研究旨在鉴定猕猴桃WRKY基因家族成员,为进一步研究Ac WRKY转录因子在猕猴桃生长和发育进程及生物和非生物胁迫中的调控作用提供信息。利用‘红阳’猕猴桃全基因组数据,通过生物信息学在线分析网站与软件利用的方法,对猕猴桃WRKY转录因子家族成员进行鉴定和系统分析。分析表明:从猕猴桃全基因组中共鉴定出89个Ac WRKY基因,分组鉴定和进化分析显示,Ac WRKY蛋白可分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ个类型。Ⅰ组共有19个成员,其锌指结构是CX_4CX_(22-23)HXH(C_2H_2类型);Ⅱ组共有61个成员,进一步分为Ⅱa、Ⅱb、Ⅱc、Ⅱd和Ⅱe共5个亚组,分别有4、7、27、11和12个成员,其锌指结构为CX_(4-5)CX_(23)HXH(C_2H_2类型);Ⅲ组有9个成员,其锌指结为CX_7CX_(23-24)HXC(C_2HC类型);Ac WRKY蛋白序列比对及保守基序分析表明,Ac WRKY结构域高度保守,但也存在一定的变异。染色体定位表明Ac WRKY基因不均匀分布于除9号染色体外的28条染色体上,有11个WRKY基因无法定位到染色体上,同时发现部分基因存在串联复制现象。同源拟南芥不同组织的基因表达模式分析表明,33个WRKY基因在植物根、叶、花和果四个器官中均有显著性表达,但相对表达水平存在差异。猕猴桃WRKY基因家族具有丰富的生物学功能,与其它已报道的物种WRKY基因相似,广泛参与植物营养和生殖生长以及环境胁迫等多方面的调控。
- 包昌艳邓浪周军王连春王连春王大玮周凡周凡
- 关键词：猕猴桃WRKY转录因子生物信息学分析
- 苹果白粉病危害防治及抗性资源研究进展被引量：10
- 2015年
- 苹果白粉病严重威胁苹果的安全生产,开展苹果种质材料的白粉病抗性鉴定对选育抗病品种有重要意义。介绍了苹果白粉病的病原菌、症状及其发生侵染规律,对白粉病防治技术及抗性资源等方面进行综述,分析了存在的问题展望了研究方向。
- 段淋渊周军王大玮徐世宏马玉梅张惠祥
- 关键词：苹果白粉病抗性基因
- 梨DREB基因家族全基因组鉴定及分析被引量：4
- 2018年
- 本研究为鉴定梨DREB基因,分析其生理特性和结构,并研究DREB蛋白的相互作用以及在不同逆境中的表达差异,通过生物信息学方法,对梨DREB转录因子进行了鉴定与分析。如利用本地BLAST、Pfam等搜索、鉴定DREB蛋白;采用Protparam、Signal P、SPOMA、MEME数据库、DNAMAN、MEGA6.0等对蛋白进行结构特性和进化关系分析;基于String数据库对DREB蛋白进行功能互作分析;并运用拟南芥Illumia RNA-Seq数据进行同源表达分析。从梨全基因组中鉴定了60个DREB基因,通过与拟南芥DREB基因聚类分析,共分为6个亚组（A1-A6）。编码的氨基酸残基数在99-496个之间,平均含有250个氨基酸残基,整体呈弱酸性。系统分析了Pbr DREBs蛋白的保守基序和基因结构,发现这些Pbr DREBs蛋白都含有一个典型的AP2/ERF结构域,这个结构域含有55个左右的氨基酸残基,大部分以YRG保守元件开始,到RAYD保守元件终止。对Pbr DREBs蛋白之间的功能联系网络进行了系统的研究,发现DREB转录因子在梨的生长发育过程及其多种逆境反应的信号转导中发挥着重要作用,且在逆境调控中各亚组成员之间也可能存在交叉作用,其中,A1亚组即CBF转录因子在蛋白质相互调控中起重要作用。并利用同源拟南芥RNASeq数据对Pbr DREBs蛋白进行了低温、干旱等非生物胁迫下的同源分析,表明DREB蛋白在多种胁迫中都起到了重要作用。初步鉴定出的梨60个DREB基因在功能、结构、特性等方面与拟南芥及其它已报道的物种DREB基因相似,并在低温、干旱等逆境中起到重要作用。
- 周凡李丹周军王大玮王大玮邓浪邓浪纪晴
- 关键词：DREB基因生物信息学分析
- 苹果花色素苷生物合成及调控的研究现状被引量：4
- 2015年
- 苹果果实颜色是影响消费者需求重要的品质性状,苹果的红色是由花色素苷积累水平决定的,花色素苷是次生代谢产物黄酮类化合物中的一类。文章综述了花色苷合成过程中结构基因、调控基因、环境因素、管理措施和组织机构对花色苷积累的影响,目的是为实现优质果实品质提供新的方法,包括视觉上的吸引力和营养价值的提升。
- 孟富宣周军辛培尧董娇徐世宏段淋渊
- 关键词：苹果花色素苷生物合成基因调控环境因素
- 苹果NAC转录因子的克隆与全基因组生物信息学分析被引量：4
- 2017年
- 本研究利用RACE技术,从"昭锦"栽培种苹果中克隆得到一个长度为1275bp的cDNA序列,包含一个完整开放阅读框,编码255个氨基酸。与GenBank中MdNAC22基因同源,命名为MdNAC。生物信息学分析表明:非编码区包含1个BOX4、2个CAAT-BOX、4个TATA-BOX、1个CCAAT-BOX、1个Skn-1motif和1个ARE,不具有miR164靶序列。相对分子质量为28.87kD,为碱性亲水性蛋白,具有NAC蛋白典型的结构域,无核定位信号和跨膜结构,蛋白质二级结构主要以β-折叠和β-转角为主,三级结构与OsNAC1蛋白类似,但其结构需要进一步优化。系统发育树分析与植物分类学结论大致相符。MdNAC基因定位于16号染色体上。基因芯片表达谱分析表明MdNAC在高温、高盐、低温、外源ABA下都能被显著诱导。这些为进一步进行其功能分析及转基因研究工作奠定了理论基础。
- 李德龙周军王大玮段安安高晓宇段淋渊
- 关键词：RACENAC染色体定位
- ‘巍山红雪梨’和‘美人酥’叶绿素、花色苷和类黄酮的动态变化分析被引量：7
- 2016年
- 【目的】探究云南红梨果实各部分(果皮、果肉和种子)花色苷、叶绿素和类黄酮的动态变化规律,力求为优质红梨的生产提供理论依据。【方法】以云南境内主栽的‘美人酥’和‘巍山红雪梨’2个品种为试材,取其不同发育期的果实,将其果皮、果肉和种子分离,对花色苷、叶绿素和类黄酮含量进行测定。【结果】‘美人酥’各部位花色苷含量为0.395~0.896 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位花色苷含量为0.047~0.854 g·L-1。‘美人酥’各部位叶绿素含量为0.011~0.132g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位叶绿素含量为0.023~0.203 g·L-1。‘美人酥’各部位类黄酮含量为0.689~2.564 g·L-1;‘巍山红雪梨’各部位类黄酮含量为0.182~0.974 g·L-1。红色砂梨各部位类黄酮含量>花色苷含量>叶绿素含量。花色苷在果实成熟过程中各部位含量都呈上升趋势而叶绿素含量呈下降趋势,类黄酮的含量在果皮中先升后降,在果肉中呈降—升—降的趋势。【结论】果实花色苷的变化规律有异于类黄酮和叶绿素,而类黄酮和叶绿素的变化规律相似。
- 高晓宇高晓宇邓浪王大玮王大玮李德龙罗万德周军
- 关键词：云南红梨花色苷叶绿素类黄酮
- 苹果DREB转录因子家族全基因组鉴定与分析被引量：11
- 2017年
- DREB转录因子属于AP2/ERF转录因子家族,能够与DRE/CRT顺式作用元件特异性结合,调控与逆境应答基因的表达,因而在植物应对低温、干旱、高盐等逆境胁迫中发挥重要作用。该研究利用苹果全基因组数据,通过生物信息学手段鉴定苹果DREB转录因子家族成员,并分析DREB转录因子家族保守域特点与功能及表达情况。结果表明:从苹果全基因组中共鉴定出60个DREB转录因子家族成员,与拟南芥和水稻相比基本一致,通过引入拟南芥DREB基因进行系统发生分析,进一步可以将其细分为6个亚组;结构域和保守元件分析表明,DREB基因家族含有一个AP2保守结构域;染色体定位表明,苹果DREB基因分布于11条染色体上,部分基因存在串联复制现象;基因结构分析显示,该亚家族基因不含内含子。利用同源拟南芥RNA-Seq数据分析结果表明,DREB转录因子家族对低温、ABA调节等非生物胁迫具有调控作用,同时在DREB亚家族中每个亚组响应不同的非生物胁迫;通过分析DREB基因在不同组织中的表达情况,结果显示DREB基因在植物根部中的表达量最强,其次是叶。
- 沈兵琪高晓宇王大玮周军邓浪周凡纪晴程慧
- 关键词：苹果DREB转录因子生物信息学
- 云南红皮梨bHLH转录因子的生物信息学分析被引量：12
- 2013年
- 具有碱性-螺旋-转角-螺旋结构的一大类基因被称为bHLH家族基因,其成员主要有c-MYC、MADL、MAX、MIXL和MNT基因;bHLH转录因子在细胞的增殖、分化和凋亡方面起着重要作用;对植物的生长发育、营养吸收、生物合成和信号转导等方面同样有着重要作用。在果肉、叶片和外果皮中,CsMYC2的表达与CHS、UFGT及ANS表达相关联,因此CsMYC2参与花色苷的生物合成调控,但是该基因在云南红皮梨花色苷合成调控中起着什么样的作用尚不清楚。利用生物信息学方法对云南红皮梨(Red Pyrus pyrifolia)bHLH基因进行分析,对不同植物间bHLH基因氨基酸序列的同源性比对,并且对该基因编码的蛋白质的理化性质、结构和功能等进行预测和分析。结果表明:该蛋白属于亲水性蛋白,其二级结构中的主要结构元件是α-螺旋和无规则卷曲,并散布于整个蛋白。这一结果为研究红皮梨bHLH基因的结构、功能以及红皮梨的着色机制奠定了一定的基础。
- 孟富宣周军辛培尧唐军荣董娇付海辉周林涛徐世宏
- 关键词：生物信息学
- 苹果绵蚜发生危害及抗性资源研究进展被引量：2
- 2014年
- 苹果绵蚜是一种重要的检疫性有害生物,目前在全国苹果产区均有分布并造成严重损失。综述了苹果绵蚜的发生为害特点、国内发生概况及经济损失、综合防治措施及抗性资源研究进展,旨在为抗性育种提供参考。
- 徐世宏辛培尧周军王大玮孟富宣段淋渊
- 关键词：苹果绵蚜经济损失抗性资源
- 基于转录组测序的云南‘火把梨’花青素相关基因分析
- 2019年
- 本研究以云南‘火把梨’转色前后的梨果皮为试验材料,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq TM 2000/MiSeq)对两种梨材料全转录功能基因组测序后组装,再通过GO、Swiss-Prot两大数据库进行花青素相关差异表达基因筛选,以了解可能与花青素合成相关的基因及其表达模式,同时将差异基因在NCBI数据库进行Blast序列比对,对其功能进行分析。最终共获得7.52 Gb数据,组装过滤后共获得75 227 538条Clean reads,3 920条差异表达基因,通过通路分析和Pathway功能注释,在花青素合成过程中的两条通路中共注释到30条与花青素合成相关的差异表达基因,初步对这些差异基因的功能进行鉴定和分析,对后期基因克隆及转基因等研究具有重要意义。
- 王大玮沈兵琪周凡周军
- 关键词：花青素转录组功能注释
