公益性行业科研专项(200805037)
- 作品数：9 被引量：60H指数：5
- 相关作者：赫崇波高祥刚刘卫东李云峰刘莹更多>>
- 相关机构：辽宁省海洋水产科学研究院辽宁师范大学大连海洋大学更多>>
- 发文基金：辽宁省海洋与渔业厅科研计划项目公益性行业科研专项辽宁省科学技术计划项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 不同苗种来源的中国虾夷扇贝群体的遗传多样性分析被引量：3
- 2009年
- 虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)于1982年从日本引入中国并展开规模化养殖。由于引入的亲贝数目有限,使虾夷扇贝在人工育苗养殖过程中群体遗传多样性水平下降。本研究使用7对微卫星引物对日本原种贝(♀、♂)自交后的子代群体(RZ)、国内种贝(♀、♂)自交后的子代群体(DZ)、日本原种贝(♂)与国内种贝(♀)的杂交群体(ZH)和国内自然海区(中国旅顺月亮湾)天然繁殖群体(HC)4个不同的虾夷扇贝群体的遗传多样性进行了研究。实验结果表明,4个群体的平均有效等位基因数为3.2～3.8,平均期望杂合度为0.6718～0.7017,日本野生群体做为种贝繁殖的苗种(RZ)与中国养殖群体相比,遗传多样性水平较高,除了DZ群体外其他群体的遗传多样性并无显著的变化。
- 刘莹刘卫东李文姬鲍相渤张明李云峰高祥刚赫崇波
- 关键词：微卫星种质资源杂交
- 紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测被引量：9
- 2011年
- 利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径。本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%。根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083～0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7～0.615 4和0.155 4～0.503 2。序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变。研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析。
- 李宏俊梁瑜邢坤苏浩高祥刚隋立军赫崇波
- 关键词：紫贻贝单核苷酸多态性表达序列标签熔解曲线
- 虾夷扇贝线粒体非编码区2(NcR2)序列多态性研究被引量：1
- 2009年
- 利用PCR产物直接测序法对大连獐子岛(ZZD)、大连旅顺口(LSK)、日本青森县(QSX)及俄罗斯海森崴(HSW)4个群体40个虾夷扇贝的线粒体DNA序列变异进行分析。共测定了40个序列,得到14个单元型。除NcR2序列外,其他序列无变异存在。在NcR2序列中,有15个变异位点,包括9个转换位点、2个颠换位点、4个插入/缺失位点。ZZD群体含有的单元型最多,为6种,HSW群体含有5种,LSK群体和QSX群体各含有3种,大连的2个群体中均具有与日本群体相同的单元型H2,表明它们之间关系较近。ZZD群体的单元型多态性比例最高(60%),HSW次之,LSK与QSX群体最低,均为30%,说明獐子岛群体的遗传多样性较高。
- 刘莹刘卫东高祥刚赫崇波
- 关键词：虾夷扇贝线粒体DNA
- 文蛤肠、外套膜和肝胰脏组织cDNA文库构建及其ESTs序列分析被引量：7
- 2010年
- 利用SMART cDNA文库构建试剂盒构建了文蛤(Meretrix meretrix)肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。经测定原始文库滴度分别为2.10×106、1.70×106和1.60×106,重组率高于95%,肠组织文库插入片段长度均大于1000bp,外套膜和肝胰脏组织文库的插入片段长度大于1kb的占87.5%,文库质量符合标准要求。随机选取文库的3168个克隆进行5′端测序,获得高质量表达序列标签(Expressed Sequence Tags,ESTs)3029个(肠:1005,外套膜:1019,肝胰脏:1005),测序成功率95.58%。经质量控制和拼接得到1796个单基因簇(Unigene),其中306个叠联群(Contigs),1490个单一序列(Singletons)。通过Blastx搜索比对、查询和注释分析,共得到已知基因696个(肠:216,外套膜:235个;肝胰脏:245个),占总数38.75%。在1796个单基因簇(Unigene)发现微卫星序列55条,这些存在微卫星位点的序列占整个ESTs数据库的3.1%。
- 高祥刚李云峰宋文涛王健傅立元刘卫东鲍相渤赫崇波
- 关键词：文蛤CDNA文库表达序列标签
- 文蛤胞内铜锌超氧化物歧化酶基因的克隆与序列分析被引量：3
- 2010年
- 文蛤(Meretrix meretrix)是我国重要的滩涂养殖贝类之一,由于病害等原因,特别是红肉病的蔓延,文蛤增养殖业的发展受到严重制约。铜锌超氧化物歧化酶(Cu/Zn-SOD)是活性氧清除酶系中最重要的酶,在生物体内参与清除氧自由基,防御分子损伤和机体衰老等诸多生物事件。通过构建SMART全长cDNA文库和RACE的方法,克隆得到了文蛤胞内Cu/Zn-SOD(icCu/Zn-SOD)的全长cDNA序列。生物学软件分析表明,该序列全长为1383bp,5′UTR为45bp,3′UTR为876bp,开放阅读框长度为462bp,编码153个氨基酸,Cu原子分别与His46、His48、His63、His119配位,Zn则与His63、His71、His80和Asp83配位,半胱氨酸Cys57和Cys145之间形成唯一的链内二硫键。蛋白质结构中心是由8条反向平行的β折叠围成的圆桶状结构。文蛤icCu/Zn-SOD与紫贻贝等其它9种海洋贝类的Cu/Zn-SOD具有较高的同源性。
- 朱丹李宏俊高祥刚苏浩赫崇波
- 关键词：文蛤铜锌超氧化物歧化酶表达序列标签CDNA文库
- 双壳贝类线粒体基因组结构的比较被引量：15
- 2009年
- 利用比较基因组学和生物信息学方法,比较分析了已登录到GenBank中的14种海产双壳贝类和2种淡水双壳贝类的线粒体基因组的结构特征。结果发现,双壳贝类线粒体的基因组结构、基因排列顺序均互不相同;不同目、科和属之间线粒体基因组的大小、基因排列方式以及基因种类也存在明显的差异,尤其是基因排列方式没有明显的规律。对16种双壳贝类的线粒体基因组全序列、编码基因序列进行系统分析,分别得到了不同的聚类结果,即用基因组全序列聚类时,16种贝类的聚类结果与传统的形态学分类地位基本相同;而将16种贝类的所有蛋白质编码基因和2个rRNA基因按照一致顺序排列起来进行聚类时,所得的系统分类情况与这些贝类传统的形态学分类地位相差较大。
- 宋文涛高祥刚李云峰刘卫东刘莹赫崇波
- 关键词：双壳贝类线粒体全基因组基因组结构多态性
- 虾夷扇贝外套膜和肾脏组织cDNA文库构建以及EST的初步分析被引量：21
- 2010年
- 利用SMARTcDNA文库构建试剂盒首次构建了健康虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)外套膜和肾脏2种组织的cDNA文库。2个文库容量分别为2.30×106CFU/mL和1.20×106CFU/mL,重组率均超过98%,平均插入片段长度均大于1kb,文库质量符合标准要求。将随机选取的4009个克隆进行5′端测序,得到3884个有效序列(外套膜923个,肾脏2961个),测序成功率96.9%。经过质量控制和拼接,共得到2007条单基因簇(Unigenes),包含363个序列重叠群(Contigs)和1644条单一序列(Singletons)。通过BLASTx和BLASTn搜索比对,共有659个Unigenes(外套膜157个;肾脏502个)获得了基因注释(E
- 李云峰刘卫东高祥刚李文姬刘莹傅立元李宏俊王健鲍相渤赫崇波
- 关键词：虾夷扇贝CDNA文库免疫相关基因EST-SSR
- 虾夷扇贝β-actin基因的克隆和序列分析被引量：1
- 2010年
- 为进一步研究虾夷扇贝功能基因的表达调控。利用SMART cDNA文库构建试剂盒成功构建了健康虾夷扇贝外套膜和肾脏两种组织的cDNA文库。对随机选取的4009个克隆进行5′端测序,比对,筛选出1条β肌动蛋白同源序列,对此EST序列两端进行扩增、测序,得到肌动蛋白基因cDNA全长序列。肌动蛋白基因cDNA全长1536bp(不包括polyA),5′端非编码区84bp,3′端非翻译区321bp,阅读框1131bp,编码377个氨基酸。在基因组DNA中,该基因被一个内含子分为两段,内含子位于第41和第42个氨基酸之间,长度为1498bp。系统发育分析显示该肌动蛋白属于β类型。本研究得到的虾夷扇贝β-肌动蛋白基因可以被用于作为定量某种虾夷扇贝mRNA的标准,这为继续研究虾夷扇贝其它功能基因,及其分子生物的进一步研究、促进其他相关分子发育和系统进化研究奠定了基础。
- 傅立元高祥刚李云峰王健赫崇波
- 关键词：虾夷扇贝CDNA文库Β-肌动蛋白基因克隆
- 文蛤金属硫蛋白基因的克隆与分析被引量：6
- 2009年
- 金属硫蛋白是一种普遍存在于生物体内的低分子量、半胱氨酸含量丰富、易于被外界刺激诱导的金属结合蛋白。采用表达序列标签(EST)法,首次获得了文蛤金属硫蛋白(Mm-MT)的全长cDNA序列,序列全长657bp,开放阅读框长度为231bp,可以编码76个氨基酸。编码的氨基酸中半胱氨酸含量丰富,达27.6%,含有软体动物等无脊椎动物金属硫蛋白的特征序列。序列特征分析表明,该序列具备金属硫蛋白的典型特征,是金属硫蛋白家族成员。
- 高祥刚赫崇波李云峰王健朱丹刘卫东鲍相渤
- 关键词：文蛤金属硫蛋白基因ESTCDNA文库
- 文蛤(Meretrix meretrix)cDNA文库的构建及ESTs序列的初步分析
- 本研究利用SMART cDNA Library Construction技术,分别构建了文蛤肠、外套膜和肝胰脏组织的cDNA文库。测定结果表明,原始文库滴度分别为2.10×10～6,1.70×10～6和1.60×10～6...
- Aimin WangYan WangZhifeng GuSifa LiYaohua ShiXiming Guo李宏俊赫崇波
- 关键词：文蛤CDNA文库表达序列标签免疫基因微卫星标记
- 文献传递
